Шереф ад-дин уверяет, что сейид всюду сопровождал Тимура; впоследствии они были похоронены в одном мавзолее, причем лицо Тимура было обращено в сторону сейида. В рассказах об отдельных событиях царствования Тимура имя сейида, однако, встречается редко. В 1383 г. он вместе с другими представителями духовенства увещевал Тимура, когда тот слишком предавался горю после смерти сестры и не хотел заниматься государственными делами; в 1391 г. он произнес молитву перед битвой с Тохтамышем; в 1392 г. он неудачно выступал посредником между Тимуром и мазандеранскими сейидами. В конце 1403 г., незадолго до своей смерти, он прибыл к Тимуру в Карабаг; Тимур вышел из своего шатра, чтобы его встретить; оплакивая Мухуммед-Султана, сейид снял с головы чалму и начал рыдать; Тимур обнял его, и оба вместе долго плакали. Битву с Тохтамышем Ибн Арабшах переносит на берег Сыр-Дарьи (в действительности она произошла к западу от Урала) и приписывает сейиду в этой битве более яркую роль. Войско Тимура было уже близко к поражению, когда явился сейид, ободрил Тимура, сошел с коня, набрал горсть мелких камней, снова сел на коня и бросил камни в лицо врагам с громким криком: «Ягы качты» (по-турецки: враг бежал). Тимур и все его воины повторили тот же крик, бросились на врагов, и войско Тохтамыша было разбито. Ибн Арабшах приводит изречение Тимура, будто бы объясняющего все свои успехи молитвой шейха Шемс ад-дина Кулаля, заботой шейха Зейн ад-дина Хавафи и благословением, исходившим от сейида Береке.
Из слов Шереф ад-дина можно вывести заключение, что строившийся в 1404 г. мавзолей, «смежный с суфой ханаки», до прибытия в Самарканд тела сейида Береке стоял пустым; прежде всего там похоронили сейида, потом у ног его положили Тимура, наконец, перенесли в то же здание тело Мухаммед-Султана. Трудно согласить это со словами того же автора, что в 1404 г. строилось «куполообразное здание для погребения» Мухаммед-Султана и что тело Тимура еще в феврале 1405 г. было положено «в куполообразное здание для погребения»; трудно допустить, что речь идет о двух различных зданиях. Гораздо правдоподобнее, что тело Тимура при Халиле покоилось в мавзолее, построенном для Мухаммед-Султана, и что только перенесением в Самарканд тела сейида были созданы новые условия, не имевшиеся в виду при постройке 1404 г. Как ни велико было уважение Тимура к сейидам и шейхам, известия о мавзолеях в Шахрисябзе и сохранившиеся до сих пор мавзолеи тимуровской эпохи в Самарканде показывают, что считалось совершенно достаточным строить мавзолеи для членов царствующего рода рядом с могилами святых; этим похороненному в мавзолее было обеспечено покровительство святого и в то же время давался простор для той полуязыческой пышности, которой был окружен гроб Тимура до 1409 г. и которая едва ли была бы возможна непосредственно над гробом мусульманского святого. По мере укрепления в Средней Азии идеи шариата, старались установить более тесную связь между сейидами и представителями светской власти; в XIX в., как известно, бухарские эмиры и хивинские ханы даже насильно брали себе жен из потомков пророка, чтобы их потомки могли присоединить к своим титулам титул «сейид». В XV в. до этого еще не доходило; но уже в XV и XVI вв. государи находили нужным переносить в мавзолеи своих предков тела сейидов. Этим, вероятно, объясняется факт, что и в Шахрисябзе прах отца Тимура, как мы видели, лежит в одном мавзолее с прахом нескольких сейидов.
К числу таких ревностных сторонников шариата принадлежал и Шахрух. К сожалению, ни один автор, кроме Ибн Арабшаха, не упоминает о переменах, произведенных им в мавзолее Тимура; смутным отголоском этих перемен является, может быть, фантастический рассказ Абу Тахир-ходжи, будто Шахрух перенес тело своего отца в другое место «из страха перед врагами». Во всяком случае более чем вероятно, что соединение в одном мавзолее гробницы сейида и гробницы Тимура было вызвано благочестием Шахруха, а не желанием самого Тимура, тем более что в тот же мавзолей некоторое время спустя был перенесен прах еще другого сейида. В западной части мавзолея, на особом возвышении (суфе), находится гробница сейида Омара, четвертого сына сейида Кулаля. О жизни сейида или «эмира» Омара известно только, что он большей частью занимал должность мухтасиба (не сказано, в каком городе) и строго следил за точным соблюдением предписаний о дозволенном и запрещенном; умер в 803/1400-01 г. Источники ничего не сообщают ни об отношениях между ним и Тимуром, ни о причинах перенесения его праха в Гур-эмир. В.Л. Вяткин предполагает, что этот сейид «до постройки еще мавзолея был похоронен в данной местности, а потому когда произвели постройку, то не пожелали нарушать покоя этого сейида». Но в год смерти сейида Омара медресе Мухаммед-Султана, как мы видели, по всей вероятности уже существовало; погребение сейида в пределах этого медресе тоже требовало объяснения, которого источники нам не дают; об отношениях между ним и Мухаммед-Султаном известно столь же мало, как об отношениях между ним и Тимуром. Трудно объясним, но в то же время крайне любопытен самый факт погребения Тимура, пиры которого были сплошным нарушением правил шариата, в одном мавзолее со строгим мухтасибом.
Из слов Ибн Арабшаха о лицах, приставленных к мавзолею Тимура и к «медресе», в состав которого мавзолей входил, ясно видно, что медресе после смерти Тимура более не служило для целей преподавания, как при жизни Мухаммед-Султана. Здание, в котором находилась гробница Тимура, продолжали, однако, называть «медресе» еще при Бабуре. В том же медресе стали хоронить и других представителей династии; мавзолей постепенно становился усыпальницей Тимуридов, хотя, по недостатку места или по другим причинам, утратил это значение задолго до завоевания Самарканда узбеками. Было бы интересно выяснить, когда и почему Гур-эмир как усыпальница Тимуридов заменил собой Шахрисябз; но и на этот вопрос источники не дают нам ясного ответа. После смерти Тимура следующий случай погребения члена династии в «медресе Мухаммед-Султана», о котором говорят письменные источники, произошел в 1419 г.; в этом году (822 г. х.) умерла молодая жена Улугбека, Огэ-бегум, дочь. Мухаммед-Султана, и была похоронена «рядом со своим отцом в его медресе». Именно эта гробница в Гур-эмире, насколько известно, не сохранилась. Из лиц, умерших еще раньше, до 1409 г., в Гур-эмире похоронены внук и наследник Тимура Пир-Мухаммед и сын Тимура Мираншах. Из них Пир-Мухаммед был убит в северной части нынешнего Афганистана 14 рамазана 809/22 февраля 1407 г.; о его погребении нет никаких известий. Мираншах погиб в Азербайджане во время войны с Кара-Юсуфом туркменским, в апреле 1408 г., и был похоронен там же, в месте Сурхаб; «через некоторое время» некий Шемс Гури в одежде дервишей перенес его кости в Мавераннахр, где они были похоронены в Шахрисябзе; о перенесении их впоследствии из Шахрисябза в Самарканд ничего не сообщается; во всяком случае из этого видно, что Шахрисябз и при существовании Гур-эмира в течение некоторого времени оставался местом погребения представителей династии. Достоверно известно только время перенесения в Гур-эмир тела Шахруха. Шахрух умер в западной Персии в воскресенье 25 зу-л-хиджжа 850/12 марта 1447 г.; перенесение тела в столицу Шахруха, Герат, было несколько задержано смутами; в Герате Шахрух был похоронен в медресе, выстроенном его женою Гаухар-Шад, в одном и том же мавзолее со своим сыном Байсункаром, умершим в декабре 1433 г. В 1448 г. Гератом на короткое время завладел Улугбек, покидая город, он взял с собой тело Шахруха. Из Бухары, где он проводил зиму 1448/49 г., Улугбек отправил тело своего отца в Самарканд, где оно было похоронено в мавзолее «великого эмира», т.е. Тимура. Этим рассказом косвенно подтверждается местное предание, до сих пор не находившее себе прямого подтверждения в письменных источниках, что Гур-эмир был предметом особенных забот Улугбека, вообще украшавшего Самарканд, по примеру своего деда, величественными зданиями. По-видимому, создание из Гур-эмира усыпальницы в такой же степени было личным делом Улугбека, как удаление языческого убранства первого мавзолея и погребение рядом с Тимуром сейидов - личным делом Шахруха. При Улугбеке, правившем в Самарканде еще при жизни Шахруха, в 1409 г., очевидно были устроены существующие в настоящее время вторичные надгробия; из надписи на знаменитом нефрите, в новейшее время, к сожалению, изувеченной, известно, что этот нефрит был привезен в Самарканд Улугбеком после его знаменитого похода через Среднюю Азию до Юлдуза, совершенного в 828/1425 г. Самый подробный рассказ об этом походе сохранился в труде Мирхонда; в этом рассказе упоминается и о перевозке камней, причем вполне подтверждается мнение Н.И. Веселовского, что мы имеем здесь не монолит, впоследствии разбитый надвое, как утверждает предание, но два отдельных куска, плотно пригнанных друг к другу. По словам историка, еще Тимур велел перенести в Самарканд эти куски, которых тогда было три, но ему удалось увезти только один; два других были увезены Улугбеком. Историки не упоминают о факте, известном нам из надписи, - что привезенные камни были уложены на гробницу Тимура.