Тохтамыш в конце 80-х годов явно искал случая для столкновения с Тимуром, стремясь отвлечь его от иранских дел. В 1387-1388 гг. Тохтамыш, используя отсутствие Тимура, совершил нападение на Мавераннахр и начал подстрекать Хорезм к восстанию против Тимура. Хорезмшах Сулейман Суфи легко пошел на это, чем вызвал гнев Тимура. В 1388 г. Тимур совершил последний поход на Хорезм. Заняв Ургенч, Тимур ликвидировал династию Суфи и приказал переселить жителей Ургенча в Самарканд, а самую столицу сровнять с землей и посеять на ней ячмень. В течение десяти дней войска Тимура грабили богатый и прекрасный город. Много жителей Ургенча, особенно ремесленников, было переселено в Мавераннахр, однако город не мог быть сровнен с землей и сохранил несколько своих прекрасных зданий. В 1391 г., во время похода против Тохтамыша, Тимур отдал распоряжение восстановить город. Так прекратило самостоятельное существование небольшое, но богатое и культурное Хорезмское княжество. С тех пор Хорезм вошел в состав сначала государства Тимура, а потом - государства среднеазиатских Тимуридов. Таким образом, все земли Средней Азии, за исключением Семиречья и низовий Сыр-Дарьи, были объединены в руках Тимура.
Войны Тимура с Тохтамышем не преследовали захвата земель, за исключением небольшой группы сырдарьинских городов, лежавших ниже Саурана. Тимур стремился лишь к полному ослаблению Улуса Джучи, так как видел в могущественной Золотой Орде постоянную угрозу создаваемому им в Средней Азии государству. Против Тохтамыша, после 1380 г. ставшего могущественным ханом, Тимур провел три крупных похода - в 1389, в 1391 и 1394-1395 годах. Походы эти, так же как и походы на Хорезм, перемежались с походами в Иран, на Кавказ и к южным границам Руси. Для удобства изложения мы пока сосредоточили внимание на борьбе Тимура с Золотой Ордой.
Из указанных походов против Тохтамыша два последние должны остановить наше внимание. В 1391 г. Тимур выступил из Самарканда, зиму провел в Ташкенте и направился с 200-тысячным войском в степи теперешней Казахской ССР. В апреле 1391 г. у горы Улуг-таг, в районе расположения современного Карсакпайского рудника, Тимур приказал высечь на камне надпись, в которой говорится, что султан Турана Тимур с двумястами тысяч пошел по кровь Тохтамыша-хана. Надпись эта была обнаружена около десяти лет тому назад и ныне хранится в Ленинграде, в Государственном Эрмитаже. После долгих переходов огромное войско Тимура встретилось с войсками Тохтамыша в местности Кундузча, между Самарой и Чистополем. Здесь произошла 18 июня 1391 г. жаркая битва, закончившаяся полным поражением Тохтамыша.
Однако, ресурсы Золотой Орды были еще велики, и Тимур, выиграв сражение и захватив огромную добычу, не сломил самого золотоордынского государства. Борьба между ними продолжалась. В 1395 г. произошло новое сражение между Тимуром и и Тохтамышем на Северном Кавказе, в долине р. Терека. Здесь Тохтамыш также потерпел поражение. На этот раз силы Тохтамыша были настолько ослаблены, что Тимуру была открыта свободная дорога в Поволжье, к самому сердцу Золотой Орды - ее столице, г. Сараю Берке. Большой и богатый город был захвачен, предан грабежу и сожжен, причем из него была вывезена огромная добыча, в состав которой, кроме разнообразных материальных ценностей, входило большое количество пленных - мужчин, женщин и детей, обращенных в рабство. Пострадало не только Нижнее Поволжье с его главными городами - Сараем Берке и Хаджи-Тарханом (Астрахань), - но и Крым с его приморскими городами (например, Каффа), а также Азак (Азов) и Северный Кавказ. Если же принять во внимание, что за семь лет до этого Ургенч был опустошен, то станет ясным, что у Тимура был определенный план - подорвать хозяйственную, особенно торговую, жизнь наиболее культурных областей, входивших в состав Золотой Орды. Известно, что опустошения и разрушения здесь были настолько велики, что все эти места долго не могли экономически возродиться.
Разгром на Тереке и опустошение Сарая Берке в 1395 г. нанесли Золотой Орде непоправимый удар. Хребет государства, причинившего столько зла Древней Руси, был переломлен. Золотая Орда после 1395 г. явно стала клониться к упадку. Разгром Мамая в 1380 г. на Куликовом поле был первым и главным клином, вбитым в Золотую Орду; поражение на Тереке в 1395 г. и разгром Сарая были вторым ударом. Тимур вел борьбу с Золотой Ордой ради среднеазиатских интересов и без контакта с московским князем, о котором не имел ясного представления; однако объективно он сделал полезное дело не только для Средней Азии, но и для Руси. Тимур не понимал, какое значение для русской истории имел его удар по Золотой Орде, да и о Руси своего времени не имел в какой-нибудь мере соответствующих действительных знаний. Русская же летопись сохранила о Тимуре очень плохое воспоминание, так как в том же 1395 г. он поджег и ограбил несколько южнорусских городов. Если борьба Тимура с Хорезмом и Золотой Ордой была вызвана интересами объединения Средней Азии в сильное государство, то его походы в Иран, Закавказье и более отдаленные страны носили чисто грабительский характер. Иран во второй половине XIV в. не представлял единого государства. После падения Хулагидского государства (1256-1336) в стране было несколько владений. Среди них прежде всего нужно отметить государство Джалаиридов (1336-1411) в Азербайджане и государство Сербедаров в одной из больших областей Хорасана - Себзеваре, просуществовавшее с 1336 по 1381 годы.
Известное же владение Куртов с центром в Герате после падения Хулагидов просуществовало как самостоятельное владение всего несколько десятилетий, также до 1381 года. Перечисленные феодальные династии не доросли еще до сознания необходимости объединения всех этих владений в одно сильное иранское государство, в силу чего в Иране не было могущественной власти, которая могла бы противостоять войскам Тимура. Походы Тимура в Иран с первых лет носили завоевательный характер. Таков был и поход его на Герат в 1381 году. Гератом владел в то время Гияс ад-дин Пир Али из династии Куртов. Это был человек добрый, к людям весьма благорасположенный, характера не очень твердого, но храбрый. Несмотря на прекрасные укрепления Герата (внешние и внутренние стены) и неприступность знаменитой цитадели Ихтияр ад-дин, Гияс ад-дин не сумел воодушевить гератцев на борьбу, и жители не оказали упорного сопротивления, так как поверили обещаниям Тимура, что он им предоставит неприкосновенность и гарантирует жизнь, если они будут сидеть дома и не примут участия в защите города.
Понятно, что в такой обстановке Тимуру легко было взять один из наиболее укрепленных городов Хорасана. Наложив на жителей огромную дань, Тимур приказал наиболее именитым жителям Герата (улемам, имамам и др.) покинуть город и отправиться в Шахрисябз, который в то время Тимур всячески старался возвеличить и украсить. Тогда же в Шахрисябз (Кеш) отправлены были известные гератские ворота (точнее, двери ворот), убранные железными резными полосами, покрытые надписями. Двери эти в момент составления сочинения Шереф ад-дина Али Иезди, т.е. в 1425 г., находились еще в Шахрисябзе.
Боясь возможного восстания жителей, которые разочаровались в Тимуре (дань была очень тяжела), Тимур приказал срыть укрепления города (городские стены с башнями), снять ворота и т.д. Не тронута была только цитадель Ихтияр ад-дин. Предположения Тимура оправдались: в 1383 г., т.е. через два года, гератцы восстали, однако победить не сумели и были жестоко подавлены. На этот раз они заплатили значительно большую дань. В том же 1383 г. династия Куртов была низложена, а через шесть лет, в 1389 г., Мираншах, сын Тимура, на пиру коварно убил последних представителей династии Куртов.
Почти одновременно с падением Герата, в 1381 г., прекратило самостоятельное существование и государство Сербедаров. Последний сербедарский государь Али Муайад по собственной инициативе передал земли и власть Тимуру. Этот факт сам по себе говорит о том, что у Тимура были какие-то весьма дружественные связи с хорасанскими сербедарами. Два года спустя Тимур захватил силой Сеистан, также включив его в состав своего государства. К середине 80-х годов XIV в. огромная часть Восточного Ирана принадлежала Тимуру. На этом его движение вглубь Ирана не остановилось. Мы имеем в виду его длительные походы в Иран. Сначала «трёхлетний» - с 1386 г., затем «пятилетний» - с 1392 г., наконец, «семилетний» - с 1399 года. Походы эти были успешны и завершились покорением всего Ирана. Целью этих походов было завоевание чужих территорий и получение богатой добычи. Они не могут быть оправданы никакой нуждой объединительной деятельности Тимура в Средней Азии. В этих походах военачальники Тимура и простые воины его были жестоки и безжалостны к населению, терявшему не только свое имущество, но и свою свободу, а часто и жизнь. Всякий раз из длительного похода Тимур возвращался в Шахрисябз (Кет) или Самарканд, отягченный большой и богатой добычей.