Чтобы узаконить действия французского монарха, необходимо было получить разрешение понтифика. Оно позволило бы Филиппу лишить тамплиеров не только неприкосновенности, но и благословения Церкви. Климент V взял в свои руки контроль над процессом. 27 октября он высказал королю необычайно смелый упрёк за то, что монарх вымешивается в церковные дела. Филипп выступил против религиозного ордена, который должен был нести ответственность за ересь перед Папой. Только Церковь могла наказывать тех, кто совершил против неё преступление. Её исполнительной властью была инквизиция. Упрекнув короля в неправомочных действиях, Папа упустил из виду, что к монарху за помощью обратился Гийом Парижский. Со своей стороны, тамплиеры обратились к Папе за защитой от преследований короля. Они питали надежду, что Папа защитит их от Филиппа и поможет им оправдаться, или, по крайней мере, предаст их справедливому суду. Де Моле в течение нескольких лет тщетно надеялся на помощь понтифика.
Продемонстрировав таким образом свою независимость, Климент V сразу же вновь стал исполнять королевскую волю. 22 ноября 1307 года он издал буллу Pastoralis praeeminentiae. Данным указом королям Англии, Ирландии, Кастилии, Арагона, Португалии, Италии, Германии и Кипра приказывалось взять под стражу всех тамплиеров, находящихся на территории этих стран, и наложить арест на собственность ордена. Процедуру необходимо было провести от имени Папы. Климент V заявил, что он лично займётся расследованием дела и будет очень рад, если обвинения окажутся необоснованными. Понтифик оказался в центре бури, которую вызвал Филипп. Безусловно, король надеялся, что тамплиеров арестуют, а расследование займёт всего лишь несколько недель. Однако из-за вмешательства Папы оно затянулось на семь лет.
Во Франции первое следствие по делу храмовников под руководством Папы началось в декабре 1307 года. Понтифик отправил для разбирательства двух кардиналов. Они, как и требовалось, осведомились у инквизиторов и легистов короля о том, как ведётся расследование, а потом известили Климента V, что процедура проводилась в соответствии с законами. Раздражённый понтифик отправил их назад и приказал расспросить самих преступников. Кардиналы вскоре сообщили ужасные новости. Жак де Моле, Гуго де Перо и шестьдесят других братьев отказались от своих признаний, сделанных под пыткой.
По мнению инквизиции, подсудимые были виновны. Было бессмысленно и почти невозможно доказывать обратное. Ложное обвинение было преступлением. Не было никакой возможности организовать защиту тамплиеров; кроме того, запрещалось созывать специальные соборы. Свидетели не желали давать показания в пользу храмовников, поскольку не хотели приобрести репутацию сообщников. Те, кто выступал на стороне обвинения, могли остаться анонимами. Подсудимому разрешалось составить список своих врагов. Если их имена совпадали с именами обвинителей, то истинность филиппик бралась под сомнение. Единственным выходом, который был у заключённых, являлось признание. В том случае, если подсудимый отрицал свою виновность, неизбежно следовали пытки. В редких случаях, когда осуждённый даже под пытками продолжал упорствовать, его как еретика отлучали от Церкви. Считалось, что ему помогал сам дьявол, и впоследствии заключённого сжигали на костре. Если осуждённый, сделав признание под пытками, потом отрицал его, то несчастного также сжигали на костре, поскольку полагали, что он упорствует в ереси. Признание и покаяние были необходимы, чтобы вернуться в лоно Церкви прежде, чем приговор будет приведён в исполнение. Наказание могло быть разным: от денежных штрафов, если преступление не было серьёзным, до пожизненного заключения, если преступление было крупным.
В феврале 1308 года Климент V заставил французскую Инквизицию временно прекратить допросы, чтобы собрать воедино все свидетельские показания и судебные записи, включая самые последние. 21 декабря 1307 года понтифик издал буллу, чтобы успокоить госпитальеров. Указ подтверждал статус ордена и гарантировал ему защиту. Папа настаивал на том, что судебное разбирательство по делу тамплиеров должно быть проведено под его руководством специальной комиссией. Филипп положил на чашу весов свою репутацию, личную безопасность и даже, можно сказать, королевскую власть. Отступление было невозможно. Монарх настаивал на виновности ордена, возможно, он поверил в истинность собственных обвинений. Вместе с Гийомом де Ногаре король организовал кампанию против Папы: в различных памфлетах они возводили клевету на понтифика и поносили его, обвиняя в том, что тот защищал еретиков, поскольку и сам был грешником. Филипп вновь обратился за помощью к легистам Парижского университета, чтобы получить судебное решение, подтверждающее законность его прав на ведение дела тамплиеров. Однако после месяца дискуссий 25 марта они сообщили ему, что он не может судить храмовников и налагать арест на собственность ордена. Тогда в мае 1308 году Филипп собрал Генеральные штаты. После недельной сессии, во время которой де Ногаре предъявил свои обвинения, 2000 представителей знати, церковников и простого народа поддержали действия короля и высказались за уничтожение ордена.
Позже в том же месяце Филипп отправился в Пуатье с небольшим вооружённым отрядом, чтобы обсудить этот вопрос с Климентом V. 29 мая Папа публично провёл консисторию, на которой присутствовали кардиналы, королевские советники, а также стоящие ниже по званию церковники и миряне. Гийом де Плезиан выступил с речью, в которой издевался над понтификом и даже угрожал ему. Однако Папа ответил, что не изменит своего решения и будет тщательно по закону расследовать дело тамплиеров. Он выразил свою ненависть к ереси, но при этом подчеркнул, что его долг состоит в обеспечении правдивого и беспристрастного приговора. 14 июня де Плезиан выступил с ещё более злобной речью. Однако Климент V твёрдо стоял на своём решении. Затем Филипп попытался найти компромисс. Безусловно, он подчинится власти Папы, но, поскольку Церковь не владеет местом, где можно было бы содержать заключённых, король поможет понтифику, и в распоряжение тамплиеров будут предоставлены камеры французских тюрем. 27 июня король организовал встречу Папы и 72 избранных тамплиеров, чтобы они, представ перед понтификом, признали свою вину. В конце концов, такая возможность дала Клименту V некоторую свободу в принятии решения. Он сказал, что признания были убедительными, и договорился с Филиппом о некоторых уступках в вопросе конфискации собственности. Затем понтифик разделил следствие на две самостоятельные группы.
Во-первых, суд над орденом должна была осуществлять специальная папская следственная комиссия. Климент V заявил, что она доложит результаты следствия на Соборе в Вене, который был назначен на октябрь 1310 года (Собор отложили до октября 1311 года). Во-вторых, был возобновлён процесс под началом Инквизиции, деятельность которой была приостановлена в феврале. Она должна определить вину или невиновность отдельных тамплиеров. Это расследование должно было проводиться на уровне епархий провинциальными советами, во главе которых стоял местный епископ. Однако, как уже говорилось о мирской инвеституре, должность местного епископа была выборной и передавалась с санкции короля. Таким образом, Филипп контролировал процедуру дознания в провинциях.
Несмотря на различные уловки, к которым прибегал Климент V, чтобы сохранить лицо и создать видимость своей независимости, его мало заботила судьба храмовников. И понтифик, и король плясали под дудку Гийома де Ногаре. 12 августа 1308 года Климент V издал буллу Faciens misericordiam, в которой излагались обвинения, предъявленные тамплиерам. В указе было перечислено всего 127 обвинительных пунктов, многие из них повторяли друг друга, самыми серьёзными были следующие:
• во время церемонии принятия в орден (иногда после неё) новый член ордена должен был отречься от Христа или от того, что Христос был распят, или (иногда) от Иисуса, Бога, Девы Марии и святых;
• согласно доктрине тамплиеров, Иисус не является истинным Богом, он лжепророк, который не страдал на кресте и умер во искупление не общечеловеческих, но собственных грехов; ни посвящающий, ни новый член ордена не могут спастись через Иисуса;