Первым перед церковной следственной комиссией в составе трех кардиналов, присланных папой из Пуатье в Париж, предстал Жак де Моле. И он сразу отрекся от предыдущих показаний. По словам одного из очевидцев, он задрал подол рубахи и продемонстрировал следы жестоких пыток на теле; кардиналы «горестно вскрикнули и потеряли дар речи». Вскоре последовали отказы от показаний и других обвиняемых — однако, похоже, это не слишком удивило членов папской следственной комиссии. К тому же недавно назначенные десять новых кардиналов (в том числе девять французов) опасались пойти против мнения инквизиции и королевских легатов, тем более что папа Климент выразил поддержку французскому королю. Но внутри Папской курии вспыхнули острые разногласия, усиленные давлением сторонников тамплиеров, в частности брата Жака де Моле, настоятеля собора в Лангре. Более того, многие руководители храмовников были в хороших отношениях с тремя кардиналами — членами папской комиссии, посланной в Париж. Кстати, именно во время их совместного обеда с Гуго де Перо тот опроверг свои предыдущие показания, данные, судя по всему, под пыткой.
Следует отметить, что подобные отказы для самих обвиняемых были сопряжены с другой страшной опасностью: согласно правилам святой инквизиции, упорствующего еретика, отказавшегося от прежних показаний, передавали светским властям для сожжения на костре. Но Жак де Моле, по-видимому, верил в справедливость папы Климента V, и поначалу эта вера казалась небезосновательной. Когда король Филипп по дороге в Пуатье вдруг узнал, что кардиналы отказываются признать обоснованность обвинений в адрес тамплиеров, он тут же вернулся в Париж и написал Клименту V резкое письмо, угрожая выдвинуть против того аналогичные обвинения. Однако нервы у папы оказались достаточно крепкими, и он ответил, что скорее сам умрет, чем осудит невинных, и в феврале 1308 года велел инквизиторам приостановить пытки тамплиеров.
Когда следствие перешло под контроль римского понтифика, всех арестованных тамплиеров перевели в королевские тюрьмы. Оливье де Пенн, командор Ломбардии, единственный из них, оставленный папой Климентом под домашним арестом в Пуатье, бежал в ночь на 13 февраля; за его голову был обещано вознаграждение в десять тысяч флоринов. В руки королевских чиновников перешло и все имущество, принадлежавшее ордену, а у папы для подобных действий не было в распоряжении никаких воинских подразделений. К тому же Пуатье находился ближе к Парижу, чем к Ананьи, поэтому юридическая власть папы оказалась слабее фактической власти короля.
Король Филипп умело апеллировал к общественному мнению, а поскольку Климент V так и не отважился решительно ответить на его угрозы, то королевские глашатаи и вся администрация рьяно принялись клеймить и поносить всех, кто пытался выступить в защиту тамплиеров. Были срочно изданы анонимные памфлеты, направленные против папы и намеренно разжигавшие возмущение французов его слабоволием. В одном из таких обращений, написанном, вероятно, уже упоминавшимся адвокатом из Нормандии Пьером Дюбуа, говорилось, что папа Климент развел семейственность и погряз в коррупции, а посему не способен вершить правосудие. И что лишь обильными взятками тамплиеров можно объяснить тот факт, что он до сих пор не решается признать их очевидную вину.
Королевская пропаганда решила задействовать в этом деле и две весьма влиятельные организации французского королевства — Парижский университет и Генеральные штаты (французский парламент). В феврале 1308 года Филипп Красивый официально запросил парижских докторов теологии: как ему поступить с тамплиерами? Имеет ли он право предать их суду без согласия папы римского? И как поступить с их собственностью, если храмовников признают виновными? Однако полученный ответ не вполне соответствовал королевским желаниям: похвалив Филиппа за религиозное рвение, ученые, однако, подтвердили, что орден Храма находится под юрисдикцией римского понтифика, и напомнили королю, что власть его не беспредельна. Таким образом, активные действия против еретиков король мог предпринять лишь с благословения и согласия католической церкви.
Недовольный этими научными теологизмами, король Филипп решил собрать Генеральные штаты, представлявшие дворянство, духовенство и буржуазию. Заседание, на котором он собирался заручиться поддержкой парламента в борьбе с тамплиерами, было назначено в городе Тур через три недели после Пасхи. Королевские чиновники строго проследили, чтобы там были представлены все города Франции, где имелся хотя бы один рынок, а вассалам короля и представителям высшего духовенства были направлены именные приглашения. Документов этого заседания не сохранилось, но точно известно, что Гильом Ногаре выступил там с пространной обличительной речью, направленной не только против ордена Храма, но и предыдущего папы Бонифация VIII.