Но когда до Испании дошло известие, что Жак де Моле сознался в предъявленных ему обвинениях, Яков II тоже приказал арестовать тамплиеров и все их имущество в своем королевстве. Однако некоторые рыцари отказались подчиниться и покинуть свои замки: в отличие от французских коллег в Арагоне многие тамплиеры успели вооружиться и подготовиться к обороне. Правда, одна из их крепостей, Пензикола, вскоре была взята королевской гвардией, а магистр Арагона Эксемен ди Ленда арестован, но в руках ордена остались мощные замки Аско, Кантавейя, Виллель, Кастеллота, Каламера и Монзон, а командор Руссильона Рамон Са Гуардиа крепко удерживал крепость Миравет. Оттуда он отправил королю Якову II письмо, в котором напомнил о крови, пролитой тамплиерами в войнах с маврами и совсем недавно — в битве под Гранадой. И о том, что во время охватившего всю Испанию жестокого голода две тысячи человек были спасены от смерти в замке тамплиеров Гардени и еще шесть тысяч — в Монзоне. И о том, что при вторжении в Арагон французов, пытавшихся захватить Барселону, именно храмовники сумели отстоять независимость королевства. Перечислив все это, они просили короля освободить магистра и других тамплиеров, которые «всегда были верноподданными католиками и добрыми христианами».
Однако арагонский король, по-прежнему не веривший в виновность храмовников, хотел воспользоваться ситуацией и закрепить за собой имущество ордена, прежде чем оно будет экспроприировано в пользу церкви. Он предложил папе Клименту дать его племянникам земельные владения в Арагоне, если тот уступит ему (Якову II) права на собственность ордена тамплиеров в Испании. Вероятно, хорошо зная непомерную алчность Якова II, Рамон Са Гуардиа писал, что «искренно сочувствует королю и всем католикам по поводу того ущерба, который они понесли в связи с этим делом, — даже большего, чем мы сами, непосредственно столкнувшиеся с этим злом». Вместе с тем он выразил опасение за душу короля, если тот позволил ввести себя в заблуждение, будто действует от лица Бога, а нс дьявола. Как и Пьер Булонский, командор задал Якову II вопрос: разве можно согласиться с предъявленными обвинениями, если членами ордена являются выходцы из самых знатных фамилий, причем многие из них состоят в братстве не менее шести лет, но пикт о из них ни разу нс сообщил о замеченных злоупотреблениях?
В начале февраля 1308 года король Яков II тем нс менее отдаст приказ захватить замки, оставшиеся в руках тамплиеров. Нс желая или не имея достаточных сил для фронтальной атаки на укрепления, он решил взять их измором. Рамон Са Гуардиа, продолжавший свою переписку с испанским королем, предупредил, что братья-рыцари готовы принять мученическую смерть, если Яков II нс гарантирует им защиту от посягательств папы Климента V до тех пор, пока тот остается под влиянием Филиппа Красивого. Однако Яков не пошел на компромисс, а в ноябре капитулировал гарнизон Миравета, где кончились запасы продовольствия. Замок Монзон сопротивлялся до мая следующего года, а в конце июля была взята и последняя цитадель тамплиеров в Арагоне — крепость Каламера.
Судебное расследование по делу арагонских тамплиеров продолжалось, но, поскольку по местным законам пытки были запрещены, никаких признаний от арестованных добиться нс удалось. Задержанные тамплиеры содержались в относительно комфортных условиях и достаточно прилично питались. Перед инквизиторами Рамон Са Гуардиа повторил те же доводы, что и в своих посланиях к Якову II. Он твердо заявил: обряд вступления в орден носил строго канонический характер и полностью соответствовал основам католицизма. Обвинения в отрицании Христа он назвал «ужасной, отвратительной и жестокой выдумкой». Он также сказал, что «все братья, уличенные в противоестественном грехе» (содомии), строго наказывались «лишением права носить орденское облачение и бессрочным тюремным заключением… с цепными кандалами на ногах и шее…» К этому командор добавил, что все обвинения против тамплиеров построены на «клевете и жестокосердии», а те, кто в них сознался, — просто лжецы.
Недовольный результатами следствия, папа в марте 1311 года приказал архиепископу Таррагонскому и епископу Валенсийскому прибегнуть к пыткам. Однако методы, столь хорошо зарекомендовавшие себя во Франции, в Испании почему-то оказались не столь действенными: восемь храмовников, которых пытали в Барселоне, по-прежнему не давали признательных показаний. И в ноябре 1312 года местный церковный совет в Таррагоне вынужден был признать тамплиеров невиновными.