И третий вопрос в расписании заседаний — обсуждение судьбы ордена Храма. Для Климента V было весьма важно, чтобы Собор поддержал ликвидацию ордена. Поэтому он так усиленно добивался от инквизиторских комиссий в различных странах все новых и новых доказательств, настаивая на применении пыток в тех случаях, когда не удавалось добиться признаний обычным путем. Все это потребовало намного больше времени, чем предполагалось, из-за чего и пришлось задержать открытие церковного Собора на целый год. Когда же все доказательства были собраны и проанализированы самим папой и его советниками, то выяснилось, что они выглядят неубедительно. Фактически только во Франции удалось добиться заслуживающих определенного доверия признаний; а вот доказательства еретических настроений среди тамплиеров, добытые в других местах — особенно в Англии, Арагоне и на Кипре, — не могли стать основой для серьезных обвинений.
Помимо подготовки аннотаций многочисленных отчетов следственных комиссий, папа Климент поручил двум кардиналам — Жаку Дюэзу, своему гасконскому приятелю, и Гильому Ла Мару, епископам Авиньона и Анжера — изложить свое мнение относительно того, как следует поступить с тамплиерами. Оба прелата сочли вину ордена доказанной, а посему он должен быть распущен, и не путем голосования на Соборе, а личным указом папы как главы церкви — данной ему властью. Они также отвергли право ордена защищаться и доводы тех, кто заявлял, что столь благородные христиане «не могут быть извергнуты из тела церкви без предварительного обсуждения и полноправного правосудия». Позиция кардиналов отражала настроения Папской курии и окружения французского короля. Поверенный короля Якова II, присутствовавший на Соборе, писал ему: «Исходя из того, что мы здесь слышали от кардиналов и священников, нельзя обвинить весь орден, поскольку имеются доказательства вины лишь некоторых его членов». Цистерцианский аббат Жак Теринэ сомневался, могут ли люди столь знатного рода и постоянно рисковавшие жизнью для защиты Святой земли быть еретиками. Он также обратил внимание на многочисленные неясности и расхождения в задокументированных показаниях. Английский клирик Вальтер Гисборо писал, что «большинство прелатов было на стороне тамплиеров, за исключением представителей французского духовенства, которые, судя по всему, просто боялись своего короля, затеявшего весь этот скандал».
Климент оказался в трудном положении — формально он пригласил храмовников на Собор для защиты ордена, хотя в уме держал совсем иное. В конце октября случилось еще одно неожиданное и неприятное для верховного понтифика событие — на Собор явились семеро братьев, чтобы взять на себя защиту ордена. Кроме того, они утверждали, что в окрестностях Вьенна скрываются от полутора до двух тысяч тамплиеров, которые готовы прийти им на помощь.
Папа приказал их арестовать и распорядился создать комиссию из пятидесяти человек, чтобы решить, имеют ли право тамплиеры на самостоятельную защиту; и если решение будет положительным, то могут ли в роли защитников выступать только прибывшие сюда тамплиеры или же необходимо вызвать их братьев из других христианских государств? А если это окажется слишком трудным, может ли папа выбрать для этой цели одного из них? Подавляющим большинством голосов комиссия постановила: тамплиеры имеют право на такую защиту. Против, как обычно, выступили французские епископы, близкие к королю Филиппу, во главе с Жилем Эйсленом.
Однако это решение выглядело трудновыполнимым, поскольку во Вьенне заметно ухудшились бытовые условия и истощились запасы еды, что вызвало резкое подорожание продуктов. В городе к тому же вспыхнули эпидемии, уже унесшие жизни нескольких святых отцов. В этих обстоятельствах упрямство комиссии вызвало откровенное недовольство Климента V и буквально взбесило Филиппа Красивого. Чтобы повлиять на решение Собора, французский король применил тот самый прием, который уже помог ему четыре года назад, — он назначил на февраль 1312 года заседание Генеральных штатов, но не в Туре, а в Лионе, который располагался в двадцати километрах выше Вьенна по реке.