В сближении Танеева с петербуржцами сыграло роль и начавшееся в 1897 году дело Конюса, подошедшее к завершению осенью 1899 года.
Повод для конфликта был настолько малозначителен, что сам по себе едва ли смог бы вызвать бурю. Речь зашла первоначально о чрезмерных контингентах учащихся в классах специальной теории.
Но взрывчатая атмосфера к этому времени, видимо, была уже накалена до предела. Обычно молчаливый и несколько даже угрюмый Георгий Эдуардович Конюс с неожиданной резкостью восстал против самодержавного диктата Сафонова.
Спор разгорался. Были затронуты и учебные программы, и устав, и, наконец, права директора, то есть уже личные качества Сафонова. Главным оппонентом в защиту Конюса выступил Сергей Иванович Танеев. В столкновение пришли разные принципы и несхожие человеческие характеры. Каждая из сторон в чем-то была права, а в чем-то заблуждалась.
Сафонов, властный и деспотичный по натуре, стремился к единоначалию. Вводил новые правила, положения. Он был горяч, вспыльчив, не терпел возражений.
Танеев свято чтил законность, устав, традиции, воз-пнкшие еще при жизни Николая Рубинштейна, был тверд в убеждениях, сдержан и собран. Он вступил в борьбу не столько за Конюса, сколько за верность уставу, коллегиальность управления. На стороне Танеева выступили Модест Ильич Чайковский, Ларош и Александр Зилоти, находившийся в ату пору за границей, в Москве — некоторые из членов местного отделения РМО, в том числе огромный, шумливый и громогласный профессор истории церковного пения Степан Васильевич Смоленский. Одновременно глухой ропот против самоуправства пошел по консерваторским классам и коридорам. Конюс был весьма популярен среди учащихся. Протест принял формы доселе еще небывалые.
В очередном симфоническом собрании РМО, когда главный дирижер поднялся на эстраду, довольно сдержанные аплодисменты неожиданно покрыл пронзительный свист с разных концов зала. Сафонов, побагровев, даже пошатнулся, однако устоял и, метнув в публику разъяренный взгляд, подошел, словно ничего не произошло, к дирижерскому пульту.
Когда события вступили в критическую фазу, Сафонов срочно выехал в столицу. Он использовал все свое влияние и связи вплоть до «августейшего» президента РМО, все тайные пути, неведомые простым смертным. Эту работу он проделал с большим искусством. Усилия ему противостоять были тщетны.
Конюс проиграл свое дело и вынужден был уйти. Даже печать, пытавшаяся его частично реабилитировать, была умело заглушена.
В декабре Сергей Иванович писал Митрофану Беляеву: «На мое участие в конюсовском деле я смотрю иначе, чем Вы. Нисколько не жалею, что принял в этом деле активное участие, и впредь в подобных случаях буду поступать так же. Наглость и дерзость лиц, облеченных властью, только потому и достигли таких размеров в нашем обществе, что проявление этих свойств совершается беспрепятственно, встречает поддержку и поощрение, а в лучшем случае разве лишь пассивное к себе отношение. Соображения вроде «один в поле не воин», «нельзя прать против рожна» и т. п. я считаю правилами вредными, ибо этими же правилами руководствуются и те, кто для угождения начальству забывает свое человеческое достоинство.
Всякое усилие в направлении противодействия насилию я считаю полезным, независимо от того, приведет ли оно к преследуемой в данном случае цели или нет… Всякий человек, как бы ни были ограниченны его силы, должен действиями своими способствовать повышению нравственного уровня общества, к которому он принадлежит, а не понижать его.
Если участие в деле Конюса воспрепятствовало мне написать какое-нибудь лишнее сочинение, то это не беда. На свете так много симфоний, опер, сонат и т. п., что, будет ли одной больше или меньше, совершенно безразлично. Зато я освободился от этого душевного гнета и чувства приниженности, которому неминуемо бы подвергся, если бы остался пассивным зрителем наших консерваторских дел…»
Предпринятый Танеевым еще в 1889 году обширный исследовательский труд по теории контрапункта не был, как некоторым казалось, сводом мертвых догм, оторванных от жизни, и схоластических правил. Еще в молодые годы композитор поставил своей задачей выявить универсальные законы, управляющие построением музыкального сочинения. Полифонии и ее законам он отводил первостепенную роль. К этому Танеева побуждали и свойства его собственного композиторского дарования, тяготеющего к полифоническому изложению музыкальных мыслей, и вместе с тем неразработанность многих вопросов теории полифонии и отсутствие в современной ему литературе обобщающего труда по теории контрапункта.