В 1646 году в результате военного похода Зубова Б. на тёлёсов, взаимоотношения между Теленгетским Улусом и Россией ухудшились. Хан Кока считал тёлёсов своими кыштымами, и не мог потерпеть военных действий против его ханства. Он с протестом и с запросом посылает своего посла Ч. Битенева в Кузнецк, а затем в Томск выяснить причины военных действий. В Кузнецке сослались на распоряжение томского воеводы Щербатова. Щербатов же отрицал свою причастность к организации похода. Не удовлетворившись объяснениями Томского и Кузнецкого воевод, хан Кока прекратил торг в Томске, отказался от совместных военных действий против тайши Кулы и в конце 1646 года совершил поход на Боянскую, Тогульскую, Тюлюберскую волости и подгорных абинцев.
В своей работе «Древние тюрки», Л.Н. Гумилёв ошибочно определяет дату объединения тёлёсов с теленгетами. Он определяет её серединой 18 века: «Объединение тёлёсов с теленгетами произошло лишь в середине 18 в., когда теленгеты, бывшие подданными ойратов, бежали на Алтай из Западной Монголии от маньчжуров, которым император Цян лун повелел перебить ойратов до последнего человека» [82]. На самом же деле, хан тёлёсов Айдар, подвергшийся неоднократным попыткам русских привести его под высокую руку российского царя, принял решение добровольно войти в состав Теленгетского ханства, не подвергая свой народ колонизации со стороны русских.
В 1648— 1649 годах была предпринята попытка, втянуть хана Коку в воеводскую распрю, но он не принял ни сторону О. Щербатова, ни И. Бунакова. В эти же годы хан Кока не только усилил сбор албана с двоеданцев, но и регламентировал свою и Российскую доли. «Заказал твой государев ясак платить по десять соболей с человека не велел, а велел платить твой государев ясак по 5 соболей с человека, а по 5 соболей велел Кока к себе приносить» [83].
В начале 1650 года томские воеводы получили царскую грамоту, обязывающую привести к шерти лично самого теленгетского хана Коку на прежних условиях договора о военно-политическом союзе между Теленгетским Улусом и Россией. В апреле месяце того же года в Ургу хана Коки прибывает посольство во главе с боярским сыном Петровым. В тот же день И. Петров получил аудиенцию хана Коки. После переговоров с российским послом, хан Кока лично подтвердил действие договора о военно-политическом союзе между Теленгетским Улусом и Россией. Подтверждая лично действие договора о военно-политическом союзе, хан Кока преследовал цель объединения Теленгетского ханства, изоляции сродного брата, башчи Майчыка, и усиления своего влияния на Коксежский Улус. В подтверждение даной шерти, он обещал И. Петрову прислать своих послов в Томск. Надежды на нормализацию экономических и военных отношений в связи с заключенным договором в 1650 году не оправдались.
Уже в 1651 году хан Кока посылает своих послов с протестом по выдаче 11 беглых семей, подданых Теленгетского ханства и по поводу отравления его шурина Едерека людьми чатского мурзы Бурлака Аиткулина. Российская сторона отказалась выдать хану Коке его беглых улусных людей. По поводу отравления Едерека, не приняла каких-либо мер в отношении чатского мурзы Б. Аиткулина. В том же году, нарушив границы Теленгетского ханства, вооруженный отряд под командованием казака А. Попова с целью разведки проник в верховья реки Катуни.
Все попытки хана Коки урегулировать возникшие проблемы путем переговоров и посольских отношений не дали желаемого результата. И в 1652 году с согласия башчи тёлёсов Айдара, хан Кока переселяет весь народ Телеской волости в пределы Теленгетского ханства, а также возобновляет сбор албана с кузнецких волостей и улусов, прекращает торговлю с Российскими уездами.
Через семь лет после похода Бориса Зубова против тёлёсов, русские воеводы вновь посылают свой отряд в черневую тайгу на побережье Телецкого озера: «В 1653 году сюда прибыли русские для сбора ясака с народов, кочующих в окрестностях озера, но нашли берега его совсем безлюдными. Телесы перекочевали в не известные русским места» [84]. Тёлёсы вернулись в прежние места обитания после разгрома Джунгарского ханства Китайской империей в 1755 году. Во времена владычества джунгарских ханов тёлёсы принявшие теленгетское подданство в первой половине 17 века, были уведены вместе с основной массой мундусов на территорию современного Киргизстана в «глубь Джунгарского ханства». В 1745 году российская экспедиция, возглавляемая П. Шелегиным, обследовала территорию прилегающую к Телецкому озеру «В Чулышманской долине экспедиция встретила около трёх десятков телеутских юрт…» [85].
В 1653 году кузнецкий воевода Ф.Баскаков в январе и марте месяцах проводит две карательные операции против Теленгетского ханства. В последней карательной операции Баскаков Ф. использует хорошо вооруженный огнестрельным оружием отряд в составе 200 казаков с атаманом П.Дорофеевым. Хан Кока, узнав о погроме атаманом Дорофеевым его братьев и кыштымов, выступил с резким протестом и требованием объяснения не объявленной войны против Теленгетского ханства. Томские воеводы по протесту хана Коки в августе 1653 года проводят следствие. Материалы следствия были направлены из Томска в Москву в Сибирский приказ. Указ по итогам проведенного следствия пришел в 1654 году за подписью дьяка Третьякова. В Указе было категорически запрещено воеводам без разрешения Москвы, военных действий в отношении Теленгетского ханства не производить. Пленных теленгетов и их кыштымов возвратить Теленгетской стороне. В отношении же Баскакова Ф., не были предприняты какие-либо меры наказания. Баскаков Ф. оставался Кузнецким воеводой еще в течение двух лет.
Вторая половина пятидесятых годов 16 века сопровождалась рядом войн между Теленгетским и Джунгарским ханствами.
Русские не хотели упустить затруднительную ситуацию, которая сложилась в эти годы в Теленгетском ханстве. Противостояние хану Коке младших башчиларов по Абаковской ветви Конаевской ханской династии, и сродного брата, хана Малого Теленгетского ханства Майчыка, которые в своих выступлениях против него привлекали на свою сторону ойратских тайш. После поражения хана Коки в 1655 году от Джунгарского ханства, в Ургу прибыло Российское посольство возглавляемое Я.Поповым, чтобы вновь привести его к шерти. Склонение хана Коки к возобновлению военно-политического союза с Россией, носило в себе две основные цели:
— использование Теленгетского ханства как буферного государства;
— возобновление торгового обмена.
Миссия российского посла Попова Я. не достигла поставленной перед ней цели.
Находясь в критической ситуации, хан Кока Абаков отказался от заключения с Россией военно-политического союза. Российская сторона ни разу прежде не выполняла своих обязательств по «обережке», и на этот раз ни за что не решится на совместные военные действия против Джунгарского ханства, т.к. томские и кузнецкие воеводы имеют от царя прямой указ: не чинить с ними ни каких «задоров».
В период с 1655 по 1656 год хан Кока ведет перговоры со своим сродным братом, ханом Малого Теленгетского ханства, Майчыком и киргизскими башчиларами о совместных военных действиях против Джунгарского ханства и России. В 1656 году, в октябре месяце хан Кока не принял российское посольство возглавляемое А. Сартаковым. В начале 1657 года хан Кока принял под свою высокую руку Майчыка с его Улусом в состав Большого Теленгетского ханства. Таким образом, хан Кока благодаря последовательной и мудрой политике добился прекращения внутренних междоусобных войн и восстановления единого Теленгетского ханства. В период междоусобных войн, среди мундусских князей, русские активизировали свою колонизаторскую деятельность, внушая теленгетским кыштымам мысль о том, что Теленгетское ханство распадется на ряд мелких улусов, и потеряет свою былую мощь, не сумеет постоять за своих подданых, склоняли кыштымов к добровольному переходу в подданство Российского государства. В эти годы среди теленгетских сеоков и кыштымов, был пущен слух порочащий мундусов, о их невозможности руководить государством и своими подданными. В эти годы, когда шли внутренние распри между мундусскими князьями, русская сторона распространила среди сибирских тюрков поговорку: «Мундус jуулуп Эл болбос. Бука jуулуп мал болбос» (Когда мундусы собираются вместе-не быть государству. Когда собираются вместе быки-не быть скоту), которая до сих пор бытует среди тюрков Сибири, современных алтайцев и киргизов, напоминая о тех прошедших событиях в 17 веке.