Заключение в темницу сестры было не единственным, что омрачило последние годы долгой жизни короля остготов. У него были проблемы с наследниками. Он выдал замуж своего единственного законного ребенка — дочь Амаласунту (Амаласвинту) за вестготского принца по имени Евтарик (Эвтарих), который слыл отважным и благоразумным человеком. Старый король возлагал все свои надежды на этот союз. Он хотел, чтобы он правил вместе с его дочерью, как супруг правящей королевы. Но только Евтарик в 522 году умер, оставив после себя сына пяти лет от роду. Теодорих не мог не видеть, что восхождение на престол после его смерти ребенка с женщиной в роли регентши связано с огромной опасностью для них, тем более что его племянник Теодахад считался бессовестным интриганом.
Возможно, озлобленность из-за семейных проблем в последние годы его жизни вовлекла Теодориха в конфликт с его итальянскими подданными. Имел он на это основания или нет, но король вбил себе в голову идею, что итальянцы воспользуются его смертью, чтобы побудить императора в Константинополе выступить против его наследника — ребенка. В целом такая идея имела право на существование, потому что, несмотря на мудрость и великодушие Теодориха, большинство его римских подданных так и не приняли этого правителя, арианина и гота. Представляется, что некоторые члены сената вели тайную переписку с императором Юстином. Этот монарх, первый за пятьдесят лет восточный император, твердо придерживавшийся православной веры, всколыхнул энтузиазм католиков во всем мире попыткой подавить арианство. Верующие в Италии, безусловно, сравнивали его действия со строгой беспристрастностью Теодориха, и это сравнение было не в пользу последнего. В 524 году патриций Альбиний был обвинен магистром оффиций Киприаном в отправке предательских писем в Константинополь. На процессе его защищал консул Боэций — высший чиновник и хорошо известный в то время автор, философ, астроном, теолог и механист, короче говоря, главный представитель интеллектуальной элиты Италии. Боэций яростно отрицал все обвинения против Альбиния. «Если этот человек виновен, — заявил он, — то я и весь сенат тоже виновны». Обвинитель поймал его на слове и тут же изложил доказательства того, что сам Боэций был одним из сенаторов, поддерживавших переписку с Юстином, или, по крайней мере, делал все возможное для сокрытия тех, кто этим занимался. Такое обвинение, пусть даже не доказанное, вызвало гнев старого короля. Он не мог смириться с неверностью человека, к которому всегда благоволил и назначал на высокие должности. По его приказу Боэций предстал перед сенатом и был осужден. В течение года Теодорих держал его в заключении — это был бесценный год для будущих веков, поскольку в это время Боэций написал свой знаменитый труд «Утешение философией», одну из самых популярных книг Средневековья, оказавшую сильное влияние на европейскую литературу. Она стала настоящим утешением для многих благородных, но несчастливых людей в Средние века и нашла бесчисленное количество читателей, от короля Альфреда до сэра Томаса Мора. После годичного заключения Боэций был подвергнут пыткам и казнен. Возможно, он был невиновен и не вел никакой тайной переписки с Константинополем, но, вероятнее всего, он писал совершенно безобидные письма, в которых увидели измену только страхи короля и злоба завистников.
После казни Боэция имела место другая казнь — его престарелого тестя Симмаха, главы сената. Его Теодорих казнил по одному только подозрению в том, что он всячески противился казни зятя. Других обвинений против него выдвинуто не было, да и официального процесса тоже не было. Так что это злодеяние можно считать вторым — после убийства Одоакра — непростительным грехом Теодориха. Это случилось в 525 году.
В последние два года жизни старого короля были и другие пострадавшие от его гнева. Придя в ярость из-за преследований Юстином ариан, Теодорих стал угрожать репрессиями католикам Италии. Он отправил римского папу Иоанна в Константинополь с сообщением, что дальнейшие гонения приведут к войне с готами и нападениям на сторонников ортодоксии во всех остготских владениях. Испугавшись, Юстин приостановил гонения и отнесся к послу с таким глубочайшим почтением, что вызвал подозрения короля Италии. Теодорих решил, что Иоанн проявил слишком много дружелюбия к императору, и заподозрил, что почести, оказанные папе в Константинополе, призваны настроить римских подданных против короля. Поэтому сразу по возвращении в Рим Иоанн был брошен в тюрьму, где довольно скоро умер, поскольку и без того имел слабое здоровье. Западная церковь немедленно объявила его мучеником. Это было в 526 году.