Позже вечером Синдзи увидел как Аска наносит на огромный синяк на животе какую-то мазь, вероятно помогающую скорейшему их сведению, и в душе пожалел девушку за столь опрометчивый поступок. После этого Шикинамия старалась к Рей лишний раз не подходить даже на тренировках в штаб-квартире и избегала её в школе.
Точное место падения приближающегося Ангела в штаб-квартире предсказать не могли, поэтому каждой из трех Ев ставилась задача направляться к своей вероятной точке приземления и перехватить противника АТ-полем еще в полете, не дав ему коснуться поверхности Земли.
Синдзи обязан был оказаться там первым, чтобы слава победителя Ангела не досталась никому другому. Он бежал так быстро как никогда ранее, бежал словно в последний раз, на ходу перепрыгивая дома, речные каналы и линии электропередач.
И он успел. Младший Икари первым достиг почти завершившего полет Ангела и сумел словить его развернутым на полную мощность АТ-полем, тормозя его падение и не давая ему выполнить задуманное.
Взбешенный разрушением его планов Ангел вступил с Первой в рукопашную, схватил её за руки и проткнул их выращенными из его тела шипами. От дикой боли руки у Синдзи свело и он не сумел их оторвать от манипуляторов, тем самым сумев бы спасти себя от дальнейших неприятных ощущений.
Но сдаваться он был не намерен. Икари слишком долго ждал шанса собственного признания, чтобы вот так, здесь, сдавшись его упустить. Он сжал до хруста зубы, предотвращая возможное откусывание себе языка. И сдавив обеими руками манипуляторы перехватил конечности Ангела, не давая тому вырваться из захвата и переместится.
К счастью Аска и Рей добрались до него достаточно быстро и у Синдзи еще оставались силы на удержание монстра, пока Шикинамия пыталась разбить его ядро.
И вот его усилия вознаграждены. Сам командующий NERV Гендо Икари, его отец, лично вышел с ним на связь и поблагодарил парня за проявленное усердие в достижении победы. В душе мальчик ликовал - наконец-то его отец признал его, поверил в него. Теперь все обязательно наладится и все у Синдзи будет хорошо. Но реальность была жестока.
Неделю спустя на испытательный полигон, находившийся в нескольких десятках километров от Токио-3, доставили новый серийный Евангелион за порядковым номером Три. Третью должны были подготовить к запуску и дальнейшей службе, а испытателем назначили Шикинами, поскольку её собственную Еву законсервировали из-за каких-то межгосударственных заморочек, чему та совсем не обрадовалась, но от возможности пилотировать новую Еву не отказалась.
В тот день Синдзи проходил дополнительный набор тренировочных уровней на симуляторе в недрах штаб-квартиры в Геофронте, а Рей была отправлена на медицинское освидетельствование, которое ей назначалось с периодичностью раз в месяц.
Сначала он ощутил сильный толчок как при землетрясении, а потом по всей штаб квартире раздалась сирена тревоги. Их срочно собрали на брифинг, где объявили что на полигоне в Мацусиро произошел взрыв, уничтоживший всю наземную инфраструктуру. Уцелел лишь резервный командный пункт, который строился с расчетом на вероятную атомную войну, еще задолго до Второго Удара. Разбор завалов на верхних этажах подземного комплекса еще шел, но о судьбе Аски, Мисато и доктора Акаги пока ничего не было известно.
Синдзи было приказано загружаться в Первую, которую в данный момент отправляли в пригород Токио-3. Поскольку, по последним данным, причиной взрыва мог быть Ангел, чья сигнатура уже была обнаружена следящей аппаратурой.
Ждать приближающегося Ангела пришлось почти час, за это время Синдзи успел уже замучать лейтенанта Ибуки Майю, постоянно интересуясь ходом спасательных работ, и вот, за несколько минут до появления перед ним врага, Синдзи наконец обрадовали новостью что Мисато жива и почти не пострадала. Об Аске же новостей все еще не было. Не то чтобы она его сильно интересовала, но после инцидента с Рей та стала вести себя более сдержанно и перестала его доставать, а за сутки до этого они вместе даже поиграли в приставку и он на миг ощутил какой-то домашний уют.
Судьба Аски стала для него очевидна когда он увидел движущегося под ураганным огнем Наземных Сил Самообороны Ангела. Оказалось что он заразил и захватил Третью, полностью лишая контроля над ней людей, а Аска в тот момент была внутри неё в контактной капсуле.