Нападение ВМС США так же было спровоцировано SEELE. Заранее были подготовлены необходимые приказы и поставлены на места свои люди. И как только оказалось что NERV в лице Гендо вышел из под контроля и планы SEELE могут выплыть наружу, был отдан приказ на полное уничтожение всего комплекса и всех связанных с ним людей, обосновав это тем что NERV пытались осуществить Третий Удар. Что в принципе было не далеко от правды.
Но агенту IPEA Кадзи Редзи удалось собрать необходимые доказательства, заранее арестовать отправившихся в Киото Гендо с Фуюцки и если бы не нападение Ангела, то все могло бы закончится гораздо менее кроваво и печально.
К несчастью наибольшим потрясением для всех стало обнародование истинных причин приведших ко Второму Удару. Таинственная научная организация GEHIRN, предшественники NERV, в результате научного эксперимента, вернула к жизни Первого Ангела Адама, и тот не долго думая, поспешил кардинально решить вопрос с человечеством. И пускай его удалось остановить с помощью копья Кассиус, но миллиарды человеческих жизней были уже потеряны.
Сами лидеры SEELE оказались заточенными в древние суперкомпьютеры разумами людей, которые перешли в этот мир из предыдущего витка его истории, где Гендо все таки удалось осуществить Третий Удар, процесс которого пошел не совсем так как он предполагал и в результате вся история мира повторилась практически полностью идентично. Подобная возможность перезапускать мир с нуля сильно напугала правительства всех стран, но Сет и Вальтраута, которым пришлось раскрыв свои истинные сущности поприсутствовать на сверхсекретном разбирательстве, заверили людей что больше подобное не повториться и их мир отныне останется незыблем.
Встреча с настоящими богами немало насторожила мировых лидеров, но поскольку повлиять на это было за гранью их возможностей, было принято решение попросту все засекретить, максимально пресекая утечки информации. Пострадавшим от этого оказался зарождающийся Культ Войны Сета, массово распростроняющийся среди солдат Сил Самообороны Японии участниками битвы у Токио-3. Всем кто был уличен в его последовании, грозило увольнение из рядов армии и серьезные проблемы с законом. Сет конечно сильно возмущался, но приняв доводы Вальтрауты, о том что его сил сейчас не достаточно для оказания постоянной подпитки фанатиков воинственного культа, в конце концов согласился, что так и вправду будет лучше.
Таинственный Белый Евангелион в свою очередь оказался пятым серийных экземпляром Евы и был произведен в Китае, откуда по запросу господина Редзи и был срочно доставлен, вместе с его пилотом Мари Макинамией Илюстриос, японкой британского происхождения.
Машина была запрошена им незамедлительно взамен уничтоженного, в результате захвата Ангелом, Третьего Евангелиона. Четвертая Ева погибла вместе со всем северо-американским отделением NERV, при весьма загадочных обстоятельствах, во время испытания нового модуля автономного питания. Вероятно, как и с Третьей, имело место заражение Ангелом или, что наиболее вероятно, диверсия со стороны SEELE.
Последствием всего случившегося стало закрытие института NERV и передачи всех его наработок и материальных ресурсов в руки IPEA, которое с этого момента собиралось продолжить дальнейшее изучение Евангелионов и их вероятное применение в жизни.
Нулевую и Первую Евы восстанавливать не стали, захоронив их в недрах кладбища Терминальной Догмы. Вторая, после приживления новой руки и ремонта, получила нового пилота. Им стала Аянами Рей, пожелавшая немедленно перекрасить ту в понравившуюся ей белую расцветку, аналогичную подобной у Пятой. Чем не мало позлила Аску.
Все клоны проекта Аянами, кроме имевших разум трех резервных особей, были уничтожены и их останки кремированы, а Мисато Кацураги, после сложной судебной тяжбы, получила опекунские права на трех оставшихся и совместно с Рей, которая основываясь на собственном опыте, решили их социализировать, отправив в частную академию-пансионат в Саппоро.