Когда состояние больного немного стабилизировалось, родственники приняли решение о его переводе на лечение в частную клинику при Онкологическом центре на Каширском шоссе. Здесь Иванькову пытались помочь, применяя новые методики лечения с использованием стволовых клеток. Одно время наметилась положительная динамика в лечении. Но в ночь на 8 октября состояние больного резко ухудшилось. У Вячеслава Иванькова снова стал развиваться перитонит. Кроме того, из-за сильного ослабления иммунитета возникло воспаление легких. Вячеслав Кириллович Иваньков скончался 9 октября 2009 г. в 3 часа ночи.
В связи с проведением судебно-медицинских экспертиз похороны Вячеслава Иванькова были перенесены с 11 октября на 13 октября 2009 г. Утром 13 октября в храме Воскресения Словущего на Ваганьковском кладбище, где состоялось погребение, началась церемония прощания с усопшим. Рядом с гробом стоял портрет В. Иванькова, несколько ведер с розами, а также находились 10 женщин и несколько мужчин. Доступ в церковь для желающих был ограничен, охрана пускала по 5– 6 человек в минуту. У входа в церковь постоянно стояли около 30—40 крепкого вида мужчин с букетами цветов, преимущественно роз и гвоздик.
Как уже говорилось выше, смерть В.К. Иванькова вызвала огромный резонанс в обществе: возле храма находилась большая группа людей, журналисты крупных СМИ, фотокорреспонденты и телегруппы, но допуск на похороны был ограничен.
Несмотря на оцепление и препятствия со стороны сотрудников ЧОПа, агентства «РИА Новости», АП, и Франс-Пресс смогли сделать фотографии траурной церемонии. На похоронах присутствовало около 500 человек. На многочисленных венках, которые стояли у гроба, было написано: «От братвы из Кирова», «От братвы из Ярославля», «Любимому другу»…