В течение нескольких лет оба они рассорились с Фрейдом, а друг с другом продолжали враждовать десятилетиями: «Двадцать лет активного противостояния, при том, что оба продолжали оставаться в Бургхёльцли, выражались то в двусмысленных едких намеках, то в откровенно враждебных перебранках, часто на глазах у изумленных врачей и перепуганных пациентов». Каждому цюрихскому психиатру приходилось, изворачиваясь, пробираться по этому минному полю «беспокойных миров», где расположение мин постоянно менялось, и даже отказ принять чью-либо сторону расценивался как предательство обеими партиями. С этой дилеммой пришлось теперь столкнуться и Блейлеру. Он считал, что чей бы то ни было непререкаемый авторитет не может пойти на пользу научной дискуссии и прогрессу. «Девиз “Кто не с нами — тот против нас”, на мой взгляд, необходим религиозным сообществам и полезен для политических партий, но я считаю, что он вреден для науки», — прямо сказал он Фрейду. Ища сторонников, Блейлер присоединился к ряду организаций, настроенных оппозиционно по отношению к закрытому лагерю Фрейда. Фрейд не разделил его мнения о необходимости действовать единым фронтом, а большинство ученых-исследователей критиковали Блейлера за то, что тот ранее поддерживал Фрейда.
Роршах, разумеется, ничего не знал обо всех этих подковерных интригах, которые полностью раскрываются лишь в личных письмах Фрейда, Юнга и Блейлера. В начале 1906 года, пока Фрейд переносил свою лояльность с Блейлера на Юнга, Роршах был на втором году обучения в университете, сдавал предварительные экзамены и посещал лекции Карла Юнга, который позднее сказал, что никогда не общался с Роршахом лично. Но все-таки Роршах наверняка знал хоть что-то о междоусобицах этих первопроходцев и о поставленных на карту вопросах.
И будучи студентом, и в течение всей жизни Роршах уважал идеи Фрейда, но сохранял по отношению к ним и долю скептицизма. Он продолжал использовать психоанализ, но прекрасно понимал ограничения, которые накладывает этот метод. В одной из лекций, которую Роршах впоследствии читал на медицинской конференции вдали от Цюриха, он изложил авторитетные объяснения того, как работает психоанализ, а также разъяснил, что можно и что нельзя делать при помощи этой методики. Он пошутил невзначай, что «в Вене скоро уже начнут объяснять при помощи психоанализа, почему Земля вертится вокруг своей оси».
Роршах в течение нескольких лет применял словесный ассоциативный тест к своим пациентам и при расследовании преступлений, даже после того как Юнг почти перестал обращаться к этой практике. Он был вдохновлен другими работами Юнга. Вышедшая в 1912 году книга Юнга «Либидо, его метаморфозы и символы» заложила основы «цюрихской школы», которая существенно расширила границы психоаналитических исследований, сделав их культурным феноменом и включив в практику много новых элементов: от гностических мифов и легенд до искусства и того, что стали называть «коллективным бессознательным». Юнг отвергал предложенную Фрейдом буквальную трактовку сексуальных побуждений, рассматривая их с более мифологической и символической точки зрения, — как «жизненную энергию», содержащуюся в сексуальности, огне и солнце. Роршах, по словам Ольги, тоже восхищался архаической мыслью, мифами и тем, как устроена мифология. «Он пытался разыскать следы этих древних идей в своих пациентах, искал аналогии — и однажды нашел в бредовых рассказах ведущего отшельническую жизнь больного швейцарского фермера поразительные совпадения с мифами о деяниях египетских богов». Юнг метался из стороны в сторону: поняв, что причины душевных расстройств имеют определенно психологический характер, он вскоре указал, что мозг большинства его пациентов не был никоим образом поврежден, или по меньшей мере не было никаких причин связывать их психологические недуги с состоянием мозга. «По этой причине, — заявил Юнг в январе 1908 года, читая лекцию в цюрихской ратуше, — мы полностью прекращаем исследования мозга в нашей цюрихской клинике и обращаемся к психологическому способу изучения душевных болезней». Был Роршах или нет на этой конкретной лекции, заложенное в ней послание он усвоил. Он отдал должное «твердой» науке, сделав масштабное анатомическое исследование шишковидной железы головного мозга, но был согласен с тем, что будущее психиатрии заключается в поиске путей к пониманию разума, а не в том, чтобы просто резать человеческий мозг, изучая извилины.