Дипломная работа Маргарет Робертс была, как ни странно, самым прямым образом связана с Советским Союзом. В 1942 году биохимики московского Института малярии и медицинской паразитологии выделили новый антибиотик грамицидин С («С» обозначало «советский», чтобы отличить новое вещество от похожего, созданного американскими исследователями). Этот препарат используется до сих пор при лечении гнойных и воспалительных инфекций кожи и мягких тканей. В 1944 году СССР передал образцы нового препарата тогдашнему союзнику в войне с Германией, где им занимались в лондонском Институте Листера. Из Лондона часть образцов была передана Ходжкин, занимавшейся исследованиями структуры пенициллина. Исследовательница поручила работу над анализом кристаллической структуры грамицидина С методом рентгеновской кристаллографии своему аспиранту Герхарду Шмидту и аккуратной и трудолюбивой студентке Маргарет Робертс. Результатом дополнительного, четвертого года учебы стало и то, что Маргарет получила не обычную степень бакалавра искусств, а более высокий диплом бакалавра наук.
Однако академические интересы будущего премьера не ограничивались химией и естественными науками. Университет не запрещает посещать лекции своих преподавателей. Слушать их могут не только студенты, изучающие какой-то конкретный учебный курс, но и вообще любые студенты или аспиранты университета. Маргарет увлеклась экономикой, и, помимо академических лекций, ее весьма заинтересовала изданная в первый же год ее учебы в Оксфорде книга Фридриха фон Хайека «Дорога к рабству». Фон Хайек, ставший через десять лет после Ходжкин лауреатом Нобелевской премии (конечно, в области экономики), был представителем свободнорыночной австрийской школы. После того как его родная страна была аннексирована нацистской Германией, он остался в Британии, где в описываемое время работал в Лондонской школе экономики. В «Дороге к рабству» фон Хайек резко критиковал вмешательство государства в экономику, расценивая его как первый шаг на пути к тоталитаризму (собственно, название книги адекватно отражает ее основную идею) — как нацистского, так и большевистского толка. Идеи фон Хайека оставили глубокий отпечаток в сознании Маргарет и в значительной степени определили ее политику во главе британского правительства. Тут надо уточнить, что полностью она восприняла взгляды фон Хайека только у вершины своей политической карьеры. В Оксфорде ее позиция была ближе к тогдашнему консервативному мейнстриму с идеями Джона Мейнарда Кейнса и Уильяма Бевериджа об уровне занятости и системе социальной поддержки.
Политические предпочтения Маргарет сформировались во многом под влиянием ее отца, хотя и не были полностью идентичны взглядам олдермена Робертса. Это тоже делало ее белой вороной в колледже, известном своими весьма левыми политическими предпочтениями. Многие студентки-одногодки будущего премьера и почти все преподавательницы были шокированы, узнав о ее консервативных взглядах. Таким образом, политические разногласия, дополненные провинциальным происхождением, общим состоянием «не в своей тарелке» и незажиточностью, добавили причин если не к остракизму, то к достаточному отчуждению Маргарет от студенческого коллектива колледжа.
Отсутствие лишних денег ограничивало возможности куда-то сходить с подругами, но и подруг особо не было. Джанет Воган, принципал колледжа во второй половине обучения Маргарет Робертс в Оксфорде, вспоминала: «Она была мне весьма любопытна. Я часто о ней говорила. Почему? Она была консерватором… Она выделялась на фоне других. Сомервилл-колледж всегда был радикальным учреждением…» Это утверждение может показаться противоречащим приведенным выше словам шестого принципала Сомервилл-колледжа, принявшей в 1957 году из рук королевы титул дамы ордена Британской империи, о том, что «никто о ней особо не вспоминал». Но может быть, имелось в виду то, что никого не интересовала учеба Маргарет, в отличие от ее политических взглядов. «Мы все время спорили о политике; но она оставалась консерваторкой, непреклонной как сталь. Она просто повторяла одно и то же… На выходных мы обычно часто устраивали вечеринки, но ее не приглашали. Видите ли, ей нечего было туда привнести».
Преодолеть одиночество Маргарет помогла не только усердная учеба. Она участвовала в жизни методистской студенческой общины, встречавшейся в Уэслианской Мемориальной церкви. Также были и репетиции в оксфордском Хоре Баха, в составе которого Маргарет выступала в Шелдонском театре в представлениях «Страсти по Матфею» Иоганна Себастиана Баха, «Князь Игорь» Бородина и «Гимн Иисусу» Хольста. Но все более ее увлекала политика. Маргарет вступила в Консервативную ассоциацию Оксфордского университета, а к последнему году учебы возглавила ее. На тот момент это была высшая политическая должность, достижимая для студентки университета, так как наиболее влиятельная политическая организация университета, дискуссионный клуб The Oxford Union, была в тот период открыта только для мужчин.