Дакладна акрэсленым і адрэгуляваным было кіраванне. На чале Тэўтонскага ордэна стаяў вялікі магістр (па-нямецку хохмайстар). Ён выбіраўся пажыццёва генеральнай капітулай, якая складалася з краёвых магістраў (ландмайстраў), чыноў ордэна і сяброў сталічнага канвента [4]. Пасля смерці хохмайстра яго вопратку аддавалі ўбогім, а аднаго ўбогага кармілі цэлы год. Абраны намеснік паведамляў аб скананні кіраўніка правінцыйным магістрам і прызначаў дзень выбараў новага хохмайстра. У дзень выбараў пасля малітвы і імшы аб Св. Духу чыталі правілы і статут ордэна. Затым кожны брат прамаўляў 15 разоў «Ойча наш» і частавалі 13 убогіх.
Потым намеснік (сам ён у выбарах не ўдзельнічаў) выбіраў аднаго брата, які кіраваў выбарамі, той абіраў другога выбаршчыка, другі трэцяга і так далей да 13. У іх ліку былі 8 рыцараў, ксяндзы, службовыя браты. Стараліся па меры магчымасці абіраць прадстаўнікоў розных правінцый ордэна.
Выбаршчык не мог быць незаконнанароджаным або несці ў гэты час пакаранне. Выбаршчыкі прысягалі, што нічога не ўчыняць з-за непрыязі, нянавісці, страху, а будуць галасаваць за самага вартага. Разам з галоўнымі чынамі ўсе сябры капітулы давалі прысягу прызнаць выбар пад пагрозай выгнання з ордэна. Калі хто з выбаршчыкаў сам быў кандыдатам на пасаду хохмайстра, то яго адсылалі да капітулы, а тая прадстаўляла новага. Каб стаць хохмайстрам, патрэбна было набраць больш паловы галасоў выбаршчыкаў, гэта значыць не менш сямі.
Пасля выбару званілі па ўсіх касцёлах, спявалі, праводзілі ўрачыстасці. Намеснік вёў новага хохмайстра праз алтар, напамінаў абавязкі, уручаў пярсцёнак і пячатку. Калі пад час выбараў хохмайстра не было на месцы, то аб выбранні абвяшчалі толькі на капітуле.
Хохмайстар з'яўляўся кіраўніком ордэна, гаспадаром ордэнскай дзяржавы, камандзірам войска. Аднак яго ўлада не была бязмежнай. Мусіў лічыцца з думкай генеральнай капітулы, якая збіралася штогод 14 верасня, і з голасам сталічнага канвента, комтурам якога быў ён сам. Пастаянна пры хохмайстры знаходзіўся так званы кампаньён (ад'ютант). Хохмайстар не мог прызначаць свайго намесніка, а толькі рэкамендаваць кандыдата на гэтую пасаду. Адчуваючы набліжэнне смерці, аддаваў пячатку аднаму з рыцараў і той вёў справы да выбару новага хохмайстра, калі ж капітула хацела, то выбірала новага намесніка.
Пасля пераезду хохмайстра ў Прусію ў Мальбарк пры ім утварылася рада, якая не прадугледжвалася статутам. Яна складалася з пяці найвышэйшых саноўнікаў (вялікага комтура, вялікага маршала, вялікага шпітальніка, вялікага шатнага, вялікага скарбніка) і аднаго з комтураў. Гэтыя шасцёра тварылі цесную раду. Яна часам пашыралася праз уключэнне ордэнскіх эканомаў (мальборскага і кёнігсбергскага) і некаторых комтураў. З цягам часу функцыі большасці саноўнікаў адмерлі (за выключэннем маршала і скарбніка), а тытулы засталіся.
На чале правінцый стаялі правінцыйныя магістры (ландмайстры). У лепшыя часы іх было аж сем: прускі, нямецкі, інфлянцкі (лівонскі), аўстрыяцкі, апулійскі, грэчаскі, арменскі. Потым іх колькасць зменшылася.
Вялікі комтур быў намеснікам хохмайстра ў кіраванні дзяржавай. Пры адсутнасці хохмайстра ў выпадку небяспекі ён меў права камандаваць арміяй. У мірны час загадваў арсеналамі, вырабам рыштунку, складамі збожжа, а на вайне кіраваў абозам і быў галоўным інтэндантам войска. Яму падначальваўся наземны і водны трапспарт. З'яўляўся адным з двух чыноў, якія мелі ключы ад скрыні з пячаткай ордэна. Памочнікам вялікага комтура быў малы комтур.
Вялікі маршал - намеснік хохмайстра ў кіраўніцтве войскамі, у выпадку адсутнасці хохмайстра - кіраўнік войска. У час міру дбаў аб ваеннай падрыхтоўцы арміі, у ваеннай выправе сачыў за парадкам на маршы, высылаў варту. Не меў права пачынаць бітву без дазволу хохмайстра.
Вялікі шатны загадваў складамі адзення, пральнямі, збраёўнямі, дзе захоўваліся панцыры. Калі братоў было яшчэ няшмат, шатны ўсіх іх трымаў пад увагай, наглядаў за строямі і адпаведнасцю іх статуту. Новае адзенне выдаваў адзін раз у год.
Вялікі шпітальнік загадваў адпаведна шпіталямі (іх колькасць з цягам часу дасягнула некалькіх соцень), у першую чаргу галоўным шпіталем ордэна.
Вялікі скарбнік (гэтая пасада з'явілася каля 1240 г., а да гэтага скарбам займаўся вялікі комтур) вёў рахункі і распараджаўся скарбам ордэна. Золата і срэбра прымаў і складваў у скарбніцу ў прысутнасці хохмайстра з вялікім комтурам. Стан ордэнскага скарбу быў дзяржаўнай таямніцай. Кожная з трох названых асоб мела па ключу ад скарбніцы. Адчыняць яе маглі толькі разам. Скарбнік плаціў грошы па даручэнню хохмайстра, вялікага комтура ці вялікага маршала, штомесяц складаў справаздачу.