У 1237 г. да Тэўтонскага ордэна ўліўся ордэн рыцараў Хрыста, якіх па выяве мяча на плашчы звалі яшчэ мечаносцамі. Гэтае рыцарскае аб'яднанне больш вядома як Лівонскі ордэн. Мечаносцы перажывалі цяжкія часы. Ваюючы з русінамі, лівамі, курамі, эстамі, семігаламі, яны пастаянна канфліктавалі яшчэ з рыжскім архібіскупам. Ордэн мечаносцаў займаў у Лівоніі даволі сціплае месца - з усіх заваяваных земляў ён атрымліваў толькі трэцюю частку, а мясцовыя біскупствы - дзве астатнія. Аб'яднаннем з Тэўтонскім ордэнам рыцары Хрыста спадзяваліся паправіць свае справы. Цяжкая параза ад ліцвінаў у 1236 г. (тады загінуў магістр мечаносцаў) паскорыла аб'яднанне. Лівонскім правінцыйным магістрам (ландмайстрам) быў прызначаны нястомны заваёўнік Прусіі Герман Балк. Нейкі час ён заставаўся і прускім ландмайстрам.
У 1239 г. памёр Герман фон Зальца - выдатны дзеяч Тэўтонскага ордэна. Менавіта дзейнасць гэтага хохмайстра стварыла тую аснову, на якой узняўся магутны будынак ордэнскай дзяржавы.
Маюцца звесткі, што войска ордэна прымала ўдзел у вайне з мангола-татарамі ў 1240-1241 гг., але не вельмі ўдала.Татары разбілі аб'яднаныя хрысціянскія войскі ў 1241 г. пад Лягніцай, у баі быў паранены прускі ландмаршал.
У саюз з прусамі супраць ордэна ўвайшоў паморскі князь Святаполк. Відавочна, ён першы зразумеў, што пасля заваёвы паганаў-прусаў прыйдзе чарга і да суседніх хрысціянскіх земляў. Пасля непрацяглай, але кровапралітнай вайны ордэн з дапамогай польскіх князёў перамог. Па мірнай дамове ў 1242 ці 1243 г. Святаполк абавязаўся дапамагаць крыжакам ва ўсіх войнах з паганамі. Аднак праз непрацяглы час князь, аб'яднаўшыся з прусамі Судовіі, спустошыў Хэлмінскую зямлю і разбіў крыжацкае войска, пры гэтым загінуў прускі маршал. Святаполк патрабаваў вярнуць яго сына, які знаходзіўся ў руках ордэна як закладнік. Браты-рыцары адмаўляліся, заклікаючы князя скарыцца. Святаполк збудаваў на востраве пасярод Віслы замак Зантыр і перакрыў крыжакам водны шлях. У ходзе новай вайны ордэн з дапамогай крыжакоў з Германіі і Польшчы зноў узяў верх. Святаполк быў змушаны ў 1246 г. заключыць мір, абавязацца парваць адносіны з прусамі, дапамагаць у барацьбе з паганствам, сына пакінуць у закладзе. Аднак і гэтая сутычка была не апошняй. Толькі ў 1248 г., вычарпаўшы свае сілы, Святаполк пры пасрэдніцтве папскага легата заключыў мірную дамову.
Браты-рыцары таксама з дапамогай легата 7 лютага 1249 г. увайшлі ў пагадненне з новахрышчанымі прусамі з Памераніі, Варміі і Натангіі. Мясцовыя хрысціяне атрымлівалі пэўныя правы: маглі самастойна купляць і прадаваць зямлю, распараджацца рухомай маёмасцю, уступаць у шлюб. Яны абяцалі крыжакам не паліць сваіх памёршых, трымацца хрысціянства, быць вернымі ордэну. Аднак прусаў-хрысціянаў было яшчэ вельмі мала, ды і тыя не цвёрда трымаліся новай веры. Яны ў хуткім часе аб'ядналіся з язычнікамі, перакрылі дарогі паміж крыжацкімі замкамі, знішчылі вялікі атрад тэўтонскага войска.
Ордэну зноў дапамаглі крыжакі, якія ў 1257 г. прыбылі з Германіі ў вялікай колькасці. З іх дапамогай ордэн заваяваў Памеранію, Вармію, Натангію, Бартыю і Галіндыю. Мясцовы люд быў змушаны прыняць хрысціянства.
У 1252 г. ордэн ваяваў Памор'е, а праз год заключыў новы мір са Святаполкам на ўмовах, што калі той што-небудзь зробіць супраць ордэна, то пазбавіцца горада Гданьска.
З дапамогай заходнеэўрапейскіх крыжакоў у 1254 г. была заваёвана Самбія, а праз год збудавалі замак Кёнігсберг. Супраціўленне прусаў узмацнілася пасля таго, як аб'яднанае войска прускай і лівонскай частак ордэна разам з датчанамі пацярпелі моцную паразу ад ліцвінаў у 1259 г. ля возера Дурбе. У тыя ж часы лівонская філія ордэна ваявала з мясцовымі плямёнамі, Псковам, Ноўгарадам і маладой яшчэ дзяржавай - Вялікім Княствам Літоўскім.
У супрацьстаянні з паганамі крыжакі не лічылі абавязковым прытрымлівацца нормаў хрысціянскай маралі. Ордэнскі войт Варміі і Натангіі брат Вальрад Мірабіліс сабраў на пір да замка Ленцэнберг мясцовых арыстакратаў. Тыя прыйшлі без асаблівай насцярожанасці, бо такое адбывалася ўжо не адзін раз. Калі госці як след захапіліся пітвом і ежай, па загаду войта ў памяшканні, дзе адбываўся пір, былі зачынены дзверы і вокны, а дом падпалены. Вырвацца з полымя не здолеў ніхто. Гэты выпадак выклікаў абурэнне ў Прусіі і паспрыяў разгортванню паўстання супраць ордэна.
Толькі Хэлмінская зямля і Памезанія захавалі вернасць крыжакам, бо ўжо амаль поўнасцю былі заселеныя каланістамі-хрысціянамі. Самбійскія, натангійскія, вармінскія, пагезанскія, бартыйскія прусы паўсталі. Размах барацьбы, выбухнуўшай у верасні 1260 г., быў такім, што ледзь не знёс уладу ордэна ў Прусіі. У шэрагу выпадкаў кіраўнікамі паўстаўшых сталі людзі, якіх крыжакі ў маладых гадах выслалі да Германіі для выхавання з іх рупліўцаў хрысціянства. Тыя хрысціяне, хто не паспеў схавацца па замках, былі забітыя або захопленыя ў палон. Паўстанцы палілі касцёлы, капліцы, дамы хрысціянаў, забівалі святароў. Храніст паведамляе, як аднаго святара самбійцы паклалі галавой паміж двух бярвенняў і, сціскаючы іх, павольна задушылі, гаворачы са здзекам, што ня смеюць праліваць крыві такой святой асобы. Некаторых палонных прусы прыносілі ў ахвяру сваім багам. Так, у поўным узбраенні на кані быў жыўцом спалены адзін з палонных рыцараў.