Браты-рыцары сядзелі абложаныя ў замках. Двойчы з Германіі да іх прыходзіла дапамога і двойчы прусы разбівалі крыжакоў. Паўстанцы актыўна спрабавалі здабыць замкі Кёнігсберг, Кройтцбург, Бартэнштайн і авалодалі двума апошнімі. Залога Кройтцбурга пакінула замак і ратавалася ўцёкамі, але яе дагналі і ўсю пабілі. Залога з Бартэнштайна здолела ўратавацца дзякуючы хітрасці. Немцы ноччу цішком выйшлі, а ў замку застаўся стары рыцар, які рэгулярна званіў у звон, быццам заклікаючы на набажэнства. Прусы не заўважылі падман. Доўга трымаўся замак Хейлзберг у Варміі, нягледзячы на пастаянныя штурмы і абстрэл з абложных машын. Урэшце залога здолела ўцячы і схавацца ў Эльблангу, прывёўшы з сабой 12 прускіх закладнікаў. Іх асляпілі і так выпусцілі. Была выкрыта змова з прусамі двух крыжакоў. Ландмайстар загадаў спаліць здраднікаў жыўцом. Каб спаленыя былі пагане, то ўсё скончылася б ціха, але тут за празмерную жорсткасць да хрысціянаў ландмайстра пазбавілі пасады.
Паўстанцы захапілі малыя ордэнскія замкі, а буйныя трымалі ў шчыльнай аблозе. Верныя ордэну Хэлмінская зямля і Памезанія аказаліся спустошанымі.
У 1263 г. крыжакам ўдалося задушыць паўстанне ў Самбіі, аднак у іншых месцах вайна працягвалася. Натангійскія прусы разграмілі крыжакоў у Хэлмінскай зямлі, прычым загінуў ландмайстар і некалькі дзесяткаў рыцараў. Шмат пацярпеў замак Радзынь. Яго двойчы захоплівалі паўстанцы і двойчы крыжакі адбівалі.
З Германіі падыходзілі ўсё новыя і новыя падмацаванні. Урэшце з канца 1272 г. ордэн пачаў браць сітуацыю пад кантроль. Пасля амаль 14-гадовай вайны былі прыведзеныя ў пакору Вармія, Натангія, Бартыя і іншыя вобласці. Ужо ў 1274 г. заваёва новых вобласцяў у Прусіі аднавілася - на чаргу сталі Скаловія, Надравія, Судовія. Аднак агонь паўстання ўсё яшчэ не патухаў. Крыжакі душылі яго з вялікай жорсткасцю. Прускі ландмайстар Конрад фон Цірберг амаль усіх жыхароў Пагезаніі выселіў у іншыя вобласці, шмат людзей уцяклі ў Беларусь і разам з сем'ямі аселі ў ваколіцах Горадні.
Паўстанне паступова згасала і сведчанне таму тое, што ордэн змог вызваліць частку сілаў для новых заваёваў. Вайна вялася са звычайнай тады жорсткасцю і ўтрапёнасцю. Мемельскі комтур захапіў у палон аднаго з прускіх правадыроў у Скаловіі. На прывале палоннага прывязалі да дрэва, каб не ўцёк. Калі варта заснула, той здолеў вызваліцца, але ўцякаць не стаў. Схапіўшы меч, забіў рыцара і трох кнехтаў, чацвёртаму адсек руку. Астатнія, разбуджаныя шумам, пасеклі раз'юшанага воя.
Апошняй у 1283 г. была заваявана Судовія. Яна аказалася моцна спустошанай - шмат народу палягло ў вайне, частку крыжакі рассялілі па іншых правінцыях, частка выселілася ў Вялікае Княства Літоўскае. На месца загінуўшых і ўцёкшых прыходзілі каланісты, галоўным чынам з Германіі. Тыя мясцовыя жыхары, якія прынялі хрысціянства, доўгі час, нават яшчэ ў XVI ст., захоўвалі элементы сваёй даўняй веры.
Лічачы ад 1231 г., калі Герман фон Балк упершыню пераправіўся з войскам праз Віслу, да 1283 г., за 52 гады Прусія была заваявана цалкам. Для гэтага спатрэбілася намаганне не толькі Тэўтонскага ордэна, але і шляхты ўсіх германскіх земляў. Вайна нанесла такія непапраўныя страты мясцовым плямёнам, што ў рэшце рэшт яны перасталі існаваць як этнасы.
Унутраную палітыку на тэрыторыі Прусіі ордэн будаваў умела і мэтанакіравана. Каб прыцягнуць каланістаў, крыжакі стварылі новае хэлмінскае права. Было ўведзена фламандскае права спадчыннасці- роўнасць мужчыны і жанчыны. Па вугорскаму праву дазвалялася свабоднае паляванне на дзікага звера, акрамя баброў. Ужывалася яшчэ магдэбургскае і польскае права. Прусаў падзялілі на дзве катэгорыі: вольныя і нявольныя. Тыя, хто захаваў вернасць ордэну пад час паўстання 1260-1274 гг., мелі больш правоў. Былыя паўстанцы - нявольныя хлопы - жылі ў асобных вёсках, мелі мізэрныя гаспадаркі і мусілі працаваць на крыжакоў. Яны не маглі сяліцца ў гарадах. Мясцовая шляхта анямечылася.