Во время Тридцатилетней войны магистры ордена отошли от Австрийского дома, вовлеченного в конфликт. Великим магистром был Иоганн фон Вестернах (1625-1627), затем Иоганн Каспар фон Штадион (1627-1641), великий командор Эльзаса и Бургундии.
Тевтонский орден вышел ослабленным из Тридцатилетней войны. Вестфальский мир 1648 г. предусматривал восстановление всего религиозного или светского имущества тех, кто им владел до 1618 г. Благодаря императорской поддержке орден возвратил, правда не без труда, имущество, которого лишился во время войны. Отныне тевтонские рыцари служили императору во всех кампаниях против турок на венгерском фронте. Минули те времена, когда тевтонские рыцари вели за собой христиан против врагов веры; тевтонские рыцари стали теперь всего лишь вспомогательным отрядом, армией под командованием светских принцев. Они принимали участие в кампании 1664 г., где магистр Иоганн Каспар фон Ампринген (1664-1684) стоял во главе контингента, привлеченного орденом, который отличился во время Сен-Готардского сражения в августе 1664 г.
Тевтонские рыцари были в Кандии в 1667 г. и поддержали эту венецианскую крепость, осажденную оттоманскими войсками. Магистр, учитывая его роль в кампании 1664 г. и опыт в венгерской войне, был назначен в 1673 г. императором Леопольдом I главой Совета правительства Венгрии (Gubernium). На этом посту он весьма разумно пытался поддерживать мир между противоборствующими сторонами, но его усилия были напрасны; он попросил отставки и окончательно покинул Венгрию в сентябре 1679 г. Назначение нового магистра в Венгрии доказывает, что Габсбурги, не колеблясь, поручали рыцарям Тевтонского ордена политические миссии, что в очередной раз меняло саму природу ордена, но в то же время способствовало его сохранению
Позже тевтонские рыцари приняли участие, в составе императорской армии, в освобождении Венгрии. Магистр Людвиг-Антон фон Пфальц-Нейбург (1684— 1694), который в сентябре 1683 г., будучи начальником штаба в армии герцога Лотарингии, принял участие в освобождении Вены, отличился в освобождении Буды 2 сентября 1686 г. Под командованием принца Евгения Савойского тевтонский магистр возглавил атакующих, которые захватили город. Пуля, выпущенная турком, расплющилась о нагрудный крест магистра, и этот крест спас ему жизнь. Другие высокопоставленные лица, так же как и многочисленные рыцари, достойно защищали честь ордена и участвовали во всех крупных сражениях, в частности в битве при Зенте 11 сентября 1697 г., которая положила конец турецкому нашествию в Венгрии.
Эти подвиги тем не менее не смогли вернуть Тевтонскому ордену его былую славу и власть. Тевтонские рыцари уже не имели прежнего влияния как на дипломатическом поприще, так и в армии. Никто не стеснялся в высших кругах указывать Тевтонскому ордену на его слабость. Это новое оскорбление добавилось к веренице уже нанесенных оскорблений. В 1695 г. император Леопольд I официально закрепил за курфюрстом Фридрихом III Брандебургским звание герцога Пруссии, что спровоцировало возмущение и протесты магистра Франца-Людвига фон Пфальц-Нейбурга (1694-1732). Орден требовал вернуть потерянную им Пруссию. Император тайным договором от 16 ноября 1700 г. признал Фридриха III королем Пруссии. Надо сказать, что в этот момент Австрийский дом нуждался в союзниках, поскольку начиналась война за испанское наследство. 18 января 1701 г. в соборе Кенигсберга герцог Фридрих III Прусский водрузил на себя королевскую корону и стал Фридрихом I, королем Пруссии.