Магистр направил императору и курфюрстам протест, подписанный всеми членами капитула. Император ответил, ссылаясь на прерогативы государства, напоминанием, что он сохранил ордену его права и привилегии. Папа Климент XI осудил в послании императору от 14 мая 1701 г. коронование Фридриха королем Пруссии, на которую у Тевтонского ордена были исконные права. Папское осуждение не возымело эффекта, как и протест великого магистра. Папство отказалось смириться со свершившимся фактом и игнорировало вплоть до 1787 г. узурпацию трона Бранденбургими принцами.
В XVIII столетии упадок Тевтонского ордена ускорился. Почти все магистры принадлежали к Австрийскому дому, несмотря на то что Мариенталь остался формально их официальной резиденцией, чаще всего находились в Вене. Для многих членов высшего дворянства империи принадлежность к Тевтонскому ордену и исполнение высоких должностей в его рядах стало не более чем одним из элементов их cursus honorum, позволяющим занимать самые высокие политические или военные посты в государстве. Для великих магистров ордена звание, помимо престижа, являлось еще одним среди прочих, ведь речь шла о принцах императорского дома, которые носили этот высокий титул. Чему удивляться, если набор братьев-рыцарей понемногу иссякал в кругах немецкого мелкопоместного дворянства, где в течение веков молодые люди, обуреваемые желанием служить Богу и защищать интересы христианского мира при необходимости с оружием в руках, посвящали свою жизнь этому идеалу?
Рыцарство в Европе стало анахронизмом; идеалы христианского мира ставились под вопрос лютеранской, затем кальвинистской Реформами, общественными, политическими, религиозными волнениями, которые они спровоцировали. Что оставалось рыцарям, может, искать славы, за неимением собственного государства?
В XVIII столетии тевтонские рыцари, точнее, братья-рыцари, ибо братьев-священников, исполнявших свою религиозную миссию в приходах, расположенных на землях ордена или посвятивших себя уходу за больными и нищими, становилось все меньше, все чаще они включались в мирскую жизнь; они брались за оружие только тогда, когда это было необходимо, и не для того, чтобы служить ордену, но по просьбе тех, кто использовал орден в своих политических интересах. Несмотря на затруднения и ограниченное пространство сферы деятельности, Тевтонский орден пытался выжить.
В век Просвещения братья-рыцари, а порою и некоторые высокопоставленные чины ордена контактировали с различными тайными обществами, которые расцветали почти всюду в Центральной Европе, с масонскими ложами, тогда всемогущими. Магистр Карл Лотарингский — младший брат герцога Франца, который в 1736 г. женился на императрице Марии-Терезии — и его преемник и племянник Максимилиан, принц-курфюрст Кельна и тевтонский магистр до 1801 г., были в прекрасных отношениях с масонскими ложами. Магистр Максимилиан, меценат, покровитель искусств и литературы, покровительствовал Гайдну, Моцарту и Бетховену. Известно, что Карл Лотарингский и Максимилиан были магистрами тайного общества, Приората Сиона, первый с 1766 по 1780 г., второй в течение всего срока своего магистерства в Тевтонском ордене.
В начале XIX столетия в Европе, потрясенной Французской революцией, Тевтонский орден выглядел, образно говоря, собственной тенью. Число братьев-рыцарей упало до шестидесяти одного человека в 1809 г. и практически больше не пополнялось. Зато братья-священники выглядели лучше. Орден превратился в основном в духовный, чьи высокопоставленные члены занимали, помимо всего прочего, высокие гражданские, военные или религиозные посты в империи. Имущество и владения ордена со временем значительно поредели. Некоторые командорства, за неимением достаточного штата, объединились в одно командорство. В Кобленце и Лотарингии, которые объединились, орден больше ничем не владел. В других вотчинах количество командорств исчислялось от трех (Тюрингия) до восемнадцати (Франкония). Орден только что понес потери в последней войне. Ставка ордена в Мариентале была занята французскими войсками во время кампании 1800 г., и магистр Максимилиан вынужден был укрыться в Вене. Люневильский мир от 9 февраля 1801 г. установил на Рейне границу между Францией и империей, в силу этого три вотчины, так же как имущество и земельные владения, были потеряны для ордена. Речь шла об Эльзасе и Бургундии, т. е. о девяти командорствах и девяти приходах, Кобленце и Лотарингии — но тут орден больше ничем не владел — и Альт-Бейзене, расположенном в австрийских Нидерландах, занятых Францией в 1793 г., с тринадцатью командорствами.