Если бы Сигизмунд не был так занят на юге, это положило бы конец правлению Альбрехта, но король смог послать в Пруссию лишь небольшое войско. Этого было недостаточно, чтобы надолго связать войска ордена. Отряды Великого магистра опустошили Королевскую Пруссию, отвоевали Ноймарк и с беспокойством ожидали, когда же объявятся королевские войска. Когда поляки, наконец, появились, они привели с собой татар, богемских наемников и хорошую артиллерию, но их было слишком мало, чтобы захватить хорошо укрепленные крепости Альбрехта. Тем не менее Великий магистр знал, что он потеряет все, если у неприятеля появятся большие силы на севере, к тому же мало у кого из его подданных осталась возможность поставлять провиант войскам и платить налоги. Поэтому Альбрехт в конце 1520 года охотно подписал мирный договор. Шенберг отправился в Германию, где погиб в битве под Павией в 1525 году, сражаясь за императора Карла V. Он так и не сумел поймать императора в свою сеть, как он сделал с Альбрехтом. У императора было и так слишком много забот: турки, французы и протестанты, чтобы еще искать конфронтации с польским монархом из-за отдаленной и незначительной провинции.
Так что конец римского католицизма в Восточной Пруссии не был ни для кого сюрпризом. В ходе визита Альбрехта в Нюрнберг, где он тщетно выпрашивал денег у князей Священной Римской империи, стало ясно, что лютеранское учение оказало на Великого магистра заметное влияние. В начале 1523 года Мартин Лютер направил одно из своих главных заявлений «правителям Тевтонского ордена, чтобы избегали они ложного целомудрия». Это заявление легко нашло дорогу к умам рыцарей ордена. Их редеющие ряды поддерживали волнения в Германии, направленные против коррупции в Церкви. Они понимали проблемы, поднятые Лютером, и страдали от упадка морали в папской курии. Они слишком хорошо знали, что значит коррупция – папа Клемент VII назначил на пост в Помереллии отсутствующего епископа. Альбрехт, вероятно улавливающий общественное настроение и уж точно лично озабоченный коррупцией в Церкви, предпринял шаги, чтобы подготовить членов ордена к принятию реформ. Во время празднования Рождества 1523 года, еще находясь в Германии, Великий магистр разрешил лютеранским проповедникам проводить обряды при дворе ордена в Кенигсберге.
Это не было двуличием. Когда-то дерзкий молодой князь в суровых испытаниях научился набожности. Грехи молодости привели к катастрофе не только его, но и его безвинных подданных. Альбрехт явно решил посвятить остаток жизни замаливанию своих грехов. В отличие от раскаивавшихся грешников прошлых поколений, он никогда не обдумывал свой уход в монастырь. Этот князь эпохи Ренессанса обдумывал возможности, стоявшие перед ним, и сделал нелегкий выбор. Он решил исправить основной изъян в статусе ордена, который обрек Пруссию на сотню лет иностранных вторжений и гражданских конфликтов. Речь шла о смешении светских и религиозных обязанностей, что делало Пруссию чем-то большим, чем религиозный орден, но меньшим, чем суверенное государство.
Исподволь Великий магистр пытался разузнать, как отреагируют его соседи-князья, если он последует совету Лютера, как делали многие немецкие епископы, и секуляризирует свои прусские владения. Уже во время его отсутствия протестантские священники ввели основы реформ – немецкий язык в церковные церемонии, пение гимнов, запрет на паломничества и на почитание святых. Эта реформа была очень практичной, она базировалась на общем неудовлетворении состоянием дел в церкви, но без методологических или теологических обоснований, появившихся позднее. Теперь, когда монахи, монахини и священники снимали с себя обеты целибата, поползли слухи, что Великий магистр также собирается снять с себя этот обет, жениться и стать главой светского государства. Этот вероятный скандал обсуждался повсюду.
Как ни удивительно, такие новости вызвали очень мало возмущения. Папа и император, конечно же, посоветовали Альбрехту не предпринимать подобных шагов, бранденбургские родственники Альбрехта также не одобрили его политику, но рыцари, знать и города Пруссии решительно поддержали ее, и король Польши позволил себе также одобрить ее. Секуляризация разом решала две насущные проблемы. Конфискация оставшейся церковной собственности дала бы Великому магистру возможность оплатить долги, а также открывался бы прямой путь для включения Восточной Пруссии в польское королевство. Таким образом устанавливались мирные, без угроз, взаимоотношения с польским монархом. 10 апреля 1525 года герцог Альбрехт принес клятву верности в Кракове, что запечатлено на одной из величайших польских картин Яна Матейко, художника, боровшегося за национальное освобождение Польши в XIX веке.
Восточная Пруссия так и не была включена в польское государство даже в такой минимальной мере, как это было с Западной. У герцога оставалась собственная армия, свои деньги, ассамблея и более или менее независимая внешняя политика. Административная система практически не изменилась, и все законы оставались в силе. Были лишь пересмотрены некоторые титулы. Введение лютеранских реформ привело к куда более заметным результатам.
В 1526 году Альбрехт вступил в «подлинное целомудрие брака» с Доротеей, старшей дочерью Фридриха Датского (1523-1533). Дания специализировалась на поставках невест для немецких государств на побережье Прибалтики, и Пруссия завершала коллекцию местных альянсов. Этот союз давал Альбрехту могущественного защитника и нескольких высокопоставленных сводных братьев и сестер. Кроме прочего, Фридрих был самым важным лютеранским правителем в это время.
Вопль возмущения в Верхней Германии был столь же громким и угрожающим, как и овации в протестантской Германии, но в Пруссии все было тихо. Горстка рыцарей, слишком старых или не готовых следовать требованиям светского рыцарства, или все еще хранивших верность католицизму, отправились к немецкому магистру в Мергентхайм и были распределены там по монастырям и госпиталям. Те, кто остались в Пруссии, получили посты или фьефы, некоторые женились и основали семейства, став частью класса юнкеров, которым впоследствии прославилась бранденбургская Пруссия. В целом, однако, знать Пруссии мало изменилась по своему составу. Сильно изменилась власть землевладельцев над своими крепостными, которая значительно возросла, когда Восточная Пруссия стала светским государством. Впрочем, знать и горожане так и не получили политического влияния, на которое они рассчитывали после подписания Краковского договора. Великое крестьянское восстание 1525 года стало реакцией свободных крестьян на слух, что их новые господа низведут их до состояния крепостных. Альбрехт легко подавил это восстание, но оно настолько подорвало самоуверенность знати и мелкого дворянства, что они стали смотреть на герцога как на лидера в этих, и других вопросах.
Альбрехт Прусский вскоре оставил попытки стать князем империи. Благодаря этому он получил прощение императора и его защиту от чрезмерных притязаний Польши в будущем. Однако Карл V был далеко или слишком занят проблемами с Лютером и турками, чтобы внимательно отнестись к таким незначительным делам, даже когда у него находилось на это время. В 1526 году, однако, увидев, что произошло в Восточной Пруссии из-за его бездействия, император даровал княжеский титул ливонскому магистру. В 1530 году Карл V назвал немецкого магистра новым Великим магистром ордена, с тем чтобы орден служил политическим целям Габсбургской династии.