Это сражение обернулось фатальным поражением. Потери были не столь велики, но погибшие рыцари были цветом Ливонского ордена. Все понимали, что традиционное правление и традиционный образ жизни близятся к концу. Несмотря на смятение, поражения и чувство, что сопротивление безнадежно, ливонские рыцари продолжали сражаться, нападая на вражеских фуражиров и защищая самые важные замки. Обширная переписка между магистром и его кастелянами и протекторами показывает, что организация ордена не была полностью разрушена. По-прежнему войска перебрасывались с одного направления на другое, припасы собирались и распределялись. Но рыцарей были слишком мало, они были стары, а наемников было слишком много, чтобы платить им из сократившихся доходов, но слишком мало для открытого сражения. Казна была в жалком состоянии. Готтхард Кеттлер отчаянно пытался собрать деньги и войска из империи и удержать соседних князей от попыток разделить его страну, но его старания не достигали успеха. Хотя Кеттлер с самого начала планировал изменить форму правления орденом и сделаться князем-землевладельцем, следует воздать должное его усилиям по сохранению ордена и его владений и желанию передать наследие нетронутым в руки одного владельца.
И все же он мало что мог сделать, чтобы продлить существование военного ордена. Когда полевая армия потерпела поражение, Кеттлер не мог больше эффективно защищать замки. Многие братья попали в плен и закончили свои дни на улицах Москвы, где им, падавшим от изнеможения, срубили головы во время победного парада. Большая крепость в Феллине, со всеми припасами, оружием и казной, была сдана, когда наемники потребовали, чтобы ее командор принял царское предложение капитулировать. Фюрстенбург, который хотел сражаться до конца, был уведен в Москву, где и провел остаток своей жизни в почетном плену. Иван надеялся, что сможет убедить остальных ливонцев признать себя его вассалами, согласно древней традиции обязанными лишь платить царю налоги и нести военную службу. Купцам же он обещал доступ к русскому рынку. Несколько человек из знати и горожан действительно перешли на сторону царя, но большинство сделало это, лишь попав в плен и не видя иной разумной альтернативы. Еще больше людей верили в рассказы о жестокостях Ивана, из-за которых он получил прозвище «Грозный». Царские обещания значили меньше, чем примеры тирании Ивана. Они считали, что лучше прибегнуть к какой-либо уловке, дававшей возможность пережить этот кризис. Вскоре Кеттлер начал секретные переговоры, направленные на то, чтобы распустить орден, а его самого сделать герцогом тех земель, что могут быть спасены от русских.
Среди братьев ордена были те, кто протестовал против передачи замков, одного за другим, польским гарнизонам, но и они не могли предложить ничего, чтобы защитить их только своими силами. Только собрав все оставшиеся силы, заняв как можно больше денег на оплату наемников, могли они удержать хотя бы Курляндию, и даже это становилось проблематичным, потому что венценосный патрон Кеттлера не торопился ссужать ему новые суммы.
Ливонский орден все еще формально существовал, хотя большинство его братьев были мертвы или находились в плену. Слишком поздно они нашли способы противостоять превосходству русских в численности. Рыцарей было очень мало, а лучшие командиры пали в боях. Ни одна армия не может воевать, не терпя поражений, если же её тактика включает в себя дерзкие и рискованные действия, число поражений будет еще больше. А единственное поражение при Эрмсе привело к потере самого боеспособного отряда кавалерии. Большинство тех, кто выжил, было готово переложить обязанность воевать на других. Возникающий вакуум силы втягивал в страну чужеземцев.
Паника, последовавшая за поражением при Эрмсе и падением крепости Феллин, в самом сердце страны, не прошла мимо внимания эстонцев, этого упрямого народа, так никогда и не смирившегося с владычеством крестоносцев. Память о предыдущих восстаниях, которые оканчивались горькими поражениями, научила их терпению. Но те, в ком остались отвага и инициатива, видели, что их время пришло, стало возможным сбросить ярмо их угнетателей.
Эстонцы не умели обращаться с оружием, ведь поколения назад они были лишены его, но в 1559 году ливонские рыцари организовали отряды местной пехоты, вооружив их мечами, копьями и щитами. Эти отряды использовались для поддержки мелких частей наемников и феодальной конницы, пытавшихся удержать русских мародеров во время осады Ревеля. Со временем русские прекратили наступление и ушли. Тогда эстонские крестьяне осознали, что, если бы они сражались за русских, а не против них, они могли бы получить независимость, или по крайней мере освободиться от немецкого правления. Царь воодушевлял лидеров заговора восстать, напоминая, что он приветствовал всех, кто перешел на его сторону сразу, и наградил их за службу и верность. Он выслушивал советы эстонцев, использовал их в качестве разведчиков и соглядатаев, посылая их в занятые немцами районы для пропаганды среди тех, кто был готов слушать их. В оккупированных землях он велел своим чиновникам снабжать крестьян посевным зерном, помогать восстанавливать дома и удерживать войска от грабежей и насилия. Напротив, немцы вводили все новые и новые налоги, чтобы оплачивать ведущуюся войну, и призывали всех годных на военную службу, для перевозки припасов и снаряжения или на строительство укреплений.
К осени 1560 года эстонцы решили, что немецкое правление уже достаточно ослабело и восстание не встретит серьезного сопротивления, если им удастся захватить форты и замки и призвать на помощь русского царя. Не требовалось большой подготовки, напротив, попытки такого планирования могли вспугнуть знать. Все, что требовалось от восставших, это продержаться с их примитивным оружием до подхода опытных русских войск. Русский летописец рассказывает:
«Осенью ситуация в стране была очень тяжелой. Прошел тревожный слух, что крестьяне в Харриене и Вике[88] восстали против своих господ, потому что те наложили на них тяжкие налоги и дани, заставляли их выполнять трудную службу, и все равно не могли защитить их во время нужды, но бросали их без защиты на расправу московитам. Поэтому крестьяне решили, что не должны подчиняться своим господам или выполнять для них какую-либо службу, но желали освободиться от них и перебить всю знать. И они подняли мятеж, и уничтожили некоторые поместья, и убили всех господ, кого нашли».
Среди восставших эстонцев было мало вооруженных людей, всего около четырех тысяч, и оружие у них было плохое, а крепостей или припасов не было совсем. Но они угрожали распространить мятеж по всей Ливонии и положить неожиданный конец более чем трехвековой гегемонии немцев. Готтхард Кеттлер всерьез отнесся к ситуации, обратившись к польскому королю за помощью и передав оставшуюся часть страны польской короне, что означало конец правлению ордена.
Восстание продлилось недолго. У крестьян не было хороших командующих, оружия, подготовки и дисциплины, что приходит лишь с опытом. Они изгнали своих немецких офицеров и выбрали себе вожаков. Некоторые из них были избраны в соответствии с древними племенными обычаями и получили традиционные языческие знаки власти. Но среди них не было военных профессионалов, равных тем, что пришли с запада.