Симптомы Альтюссера, включая его моменты творческой продуктивности вместе с его частыми эпизодами тяжелой депрессии, галлюцинаций и, наконец, убийство его жены, указывают на маниакально-депрессивный (биполярный I) психоз.
В автобиографии «Будущее длится всегда», написанной через несколько лет после того, как его выпустили из больницы Св. Анны, Альтюссер возвратился к теме, которая сформировала его жизнь, чувству деперсонализации. Как отмечалось ранее, Альтюссер вышел после Второй мировой войны из немецкого лагеря для военнопленных с чувством отчуждения и того, что он стал одним из «потерянного» поколения. Его освобождение из больницы Св. Анны оставило его с тем же ощущением, как у «тех жертв мировых войн и бедствий, кого объявляют без вести пропавшими»:
«Если я говорю об этой странной ситуации, это потому что я испытал это и до некоторой степени все еще испытываю. Даже при том, что я был вне психиатрической больницы в течение двух лет, я - все еще без вести пропавший, потерянный для общественности, кто слышал обо мне. Я не жив, не мертв и, хотя я не похоронен, я «бестелесный». Я просто потерян, что было роскошным определением безумия у Фуко».
Это чувство «бестелесности» однако не было симптомом, который был вызван или его опытом военнопленного или выходом из Св. Анны. Альтюссер прослеживает это до своего рождения. Его назвали в честь брата его отца Шарля, Луи, за которого его мать первоначально намеревалась выйти замуж. В отличие от Шарля, Альтюссер говорит о дяде Луи - которого он, возможно, даже не встречал - как о человеке большой душевной теплоты. Однако когда два брата пошли на войну, Луи не вернулся, и она вместо этого вышла замуж за Шарля. Тогда как отношения его матери с Луи были платонической интеллектуальной идиллией, и Альтюссер позже сделал замечание о бремени половых органов, Шарль вернулся на войну, и оставил мать Альтюссера «ограбленной, изнасилованной, и разрушенной; подвергнувшейся физическому насилию и лишенной сбережений, которые она терпеливо копила...» Итак, он всегда расценивал свою мать как «мученицу, кровоточащую как рану». Он также видел свою мать не только как страдающую ради своего мужа и для дома, но также и как «мазохистку» и как «ужасную садистку».
Восприятие Альтюссером матери состояло в том, что она, мол, хотела смерти обоих - как своего мужа - несмотря на то, что Шарль «обожествлял» ее, что вряд ли похоже на того тирана, каким представил его Альтюссер - так и его самого, ибо Шарль был «связан» со смертью своего брата, и «она не могла сдержать желания видеть меня мертвым, поскольку Луи, которого она любила, был мертв».
Проблема Альтюссера напоминает о Руссо, настаивавшем, будто его отец негодовал на него из-за смерти своей жены вскоре после рождения Руссо, несмотря на привязанность, которую молодой Руссо получил от его отца. Аналогично, Альтюссер безосновательно предполагал, что его мать, должно быть, хотела его смерти, потому что он не был тем «Луи», которого она хотела.
Связанное с Эдиповым комплексом бичевание Альтюссером своего отца как тирана, кажется, основано на том, что Шарль настаивал на общепринятых гендерных ролях мужа и жены, что ставило ее в центр дома и делало ее организатором домашних дел, детей, образования и праздников, во что сам Шарль редко бы вмешивался. Альтюссер ссылается на это как «роль, которой он [Шарль] ограничил ее», хотя это никак не мешало ей играть откровенно позитивную роль даже в акционерной компании своего мужа. «Столкнувшись с ее ужасной болью», Альтюссер расценил свою миссию в жизни как преданность своей матери, «душе и телу», чтобы облегчить свое огромное чувство мучения и вины; «непоколебимое осуждение», которое стало значением его жизни. Для Альтюссера его отец останется невыносимым сторонником жесткой руки, склонным к спонтанным сильным вспышкам ярости. Но Альтюссер «боялся» в своем отце не этих «спонтанных вспышек», но того, что он был немногословным человеком. Тем не менее, он был также остроумным собеседником среди друзей, и, кажется, что для его сына в Шарле было много качеств, ни одно из которых Альтюссер не мог посчитать приемлемым.
Шарль стал большим козлом отпущения за продлившиеся всю жизнь страхи и тревоги Альтюссера. Жак Лакан (который сотрудничал с Альтюссером в формировании марксистско-фрейдистской доктрины) настаивал на первоочередной важности Эдипова комплекса. Идеологически отец становится символом государства, патриархата или капитализма, который должен быть свергнут. Мать же является символом угнетенных, которых должен спасти сын. Это стало бессознательным мотивом некоторых элементов Новых левых, которые приняли комбинацию социализма и психиатрии, тогда как для еврейских элементов мать воспринималась как угнетатель.