Во время длительной и трудной экспедиции не обходилось без ссор и споров. Тяготы не улучшали психологический климат в коллективе. В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, фактически на несколько недель задержал экспедицию. Именно по этой причине само предприятие развалилось. Долан намеревался вернуться назад, чтобы заручиться помощью, получить новые разрешения и доверенности. Однако к Шеферу он так и не вернулся. Он направился в Шанхай, где (по странному стечению обстоятельств) оказался и Дункан. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил свой путь. 2 ноября 1935 года, как единственный и полновластный руководитель экспедиции, Шефер, казалось бы, освобожденный от всех обязательств, с богатым зоологическим, ботаническим и географическим «уловом» прибыл в Шанхай.
Но здесь его ожидала проблема, которая предопределила все его будущее. В Германии его покровитель и научный руководитель зоолог Юон с самого начала отказывался признавать вторую экспедицию молодого исследователя. С другой стороны, экспедицию все-таки финансировали Долан и Академия естественных наук Филадельфии. Шефера в тот момент интересовал исключительно научный успех экспедиции, а не договорные отношения, которые предусматривали, кстати, вывоз всех собранных ею материалов на корабле в Америку. Дружеские отношения между Шефером и Доланом, которого немец встретил, как ни в чем не бывало, в Шанхае, дали огромную трещину. В итоге Шефер скрипя сердце передал американцу собранные им материалы, как то изначально предусматривал договор. Более того, он не намеревался направляться вместе с ним в США. Именно по этой причине Шефер накануне своего отъезда в США обратился в немецкое дипломатическое консульство в Шанхае. Тогда консульством руководил Герман Крибель, «старый боец национал-социалистического движения». Еще в 1923 году он участвовал в так называемом «пивном путче». Некоторое время он тесно общался с фюрером, когда тот еще только рвался к вершине власти.
Крибель, как ярый националист, даже допустить не мог, чтобы молодой перспективный ученый направился в Америку. Он тут же написал в Берлин, в Министерство иностранных дел: «Я знаю Шефера лично, а потому могу удостовериться, что он один из немногих людей, твердых как кремень. В будущем он станет великим немецким ученым. Но теперь он находится перед мучительным выбором: окончательно продаться американцам или взять на себя китайские обязательства. В любом случае мы теряем человека, который мог бы быть истинным украшением нашего ученого мира. Необходимо, чтобы этот человек вернулся к нам». Крибель поведал и о замысле Шефера — направиться в США вместе Доланом, чтобы обработать собранные материалы и тайком начать готовиться к новой экспедиции, которая предположительно должна была осуществиться два года спустя. Но для этого ему требовалось получить на 1938 год въездную визу от китайского МИДа в Нанкине. Это было непременным условием осуществления экспедиции в Западный Китай.
В те дни Крибель направил письмо не только в немецкое Министерство иностранных дел, но и во множество других не менее авторитетных инстанций. Во всех сообщениях он просил заступиться за Молодого немецкого ученого. Среди всех прочих адресатов в списке значились Вальтер Грайте, главный референт общества Немецкой научной взаимопомощи (Немецкое исследовательское общество), а также основоположник геополитики Карл Хаусхофер, который с 1934 года являлся президентом «Немецкой академии — Академии научного исследования и сохранения немецкого духа».
Хаусхофер был готов поддержать начинание Крибеля. Забегая вперед, скажем, что в феврале 1936 года он направит в Немецкое исследовательское общество письмо, в котором напишет: «Немецкая академия полагает, что в интересах Германии оберегать ценные исследования молодого немецкого ученого. По этой причине мы бы не только приветствовали, но и были крайне благодарны, если предложения генерального консульства были взяты на вооружение, а молодому ученому, находящемуся в настоящее время в Филадельфии было послано сообщение, что авторитетные структуры Рейха хотят поддержать его научную деятельность».