В течение следующих двух с половиной столетий его преемники продолжали работу в сфере культурной трансформации, давали средства на переводы, поддерживали собрания знатоков буддизма, строили храмы и содействовали образованию своих подданных. Этот процесс достиг своей высшей точки в 90-х годах VIII века в правление царя Трисонгдецена, который с помощью приехавших из Индии буддийского йога Падмасамбхавы и настоятеля Шантаракшиты построил первый монастырь в Самье. Сюда были перенесены структура индобуддийских монашеских школ и их образовательная программа, после чего начался 60-летний процесс собирания всех полезных знаний, доступных тогда в Азии. Математика, поэзия, медицина, искусство управления, архитектура и другие виды искусства – все эти отрасли знания развивались, а не только буддийская философия и психология. Приглашали ученых из Персии, Индии, Уйгурии, Монголии, государств Шелкового пути, Танского Китая, и тибетцы, слушая и сравнивая речи своих гостей, совершенствовались в лучшем понимании человека и природы. Например, в 30-х годах IX века сотни знатоков со всего известного тибетцам мира провели десять дней, сравнивая медицинские системы Индии, Китая, Персии, Монголии и Уйгурии и создавая тибетскую медицинскую систему, соединившую все лучшее из доступных тогда сведений по психологии, анатомии, неврологии, хирургии, ботанике, химии и науке о питании с буддийскими духовными методами.
После этой высшей точки расцвета Самье наступил период смуты, вызванный излишним давлением царских властей по введению буддийских представлений и практик во все области жизни. Произошел бунт в самой царской семье. Серия покушений и убийств завершилась гибелью династии, распадом государства и временным подавлением буддизма. Однако в течение столетия буддийские взгляды и монастыри снова распространились, пользуясь покровительством местных правителей и опираясь на поддержку в народе. В течение следующих трех столетий тибетцы все больше и больше обращали свои интересы к буддийскому образованию, и по всей стране строились монастыри. Была завершена большая работа по переводу буддийского канона и создана обширная оригинальная буддийская литература. Не возникло новой царской династии для управления всей страной. Тибетская воинственность больше не вернулась из-за власти буддизма и его непротивленческой морали. Семьи местной знати по-прежнему правили в своих областях, но они все больше и больше делили социальную и политическую власть с быстро растущей монастырской иерархией.
В XIII–XIV веках монгольская империя объединила большую часть Евразии, и Тибет формально был включен в Pax Mongolica. В действительности мало что изменилось. Страна была разделена на 13 основных административных районов, каждый из которых управлялся совместно представителями местной знати и монашеской иерархии. Семья Кхон и глава школы Сакья формально были поставлены Хубилай-ханом править всей страной, но сакьясский иерарх был скорее духовным руководителем, чем активным администратором. К концу XIV века Монгольская империя распалась, и контроль над всем Тибетом захватила местная династия Пагмодру. В то же время жизненные труды ламы Чте Цзонхавы возвестили эпоху духовного ренессанса. Новая эра национальной преданности практике буддизма как главной цели жизни была отмечена введением Цзонхавой в 1409 году праздника Великого моления (Монлам) в Лхасе. Он преподнес церемониальные украшения изображению Будды Шакьямуни (Чжово Римпоче), установленному в центральном храме Лхасы, Чжоканге, чтобы символизировать, что народ понимает это как вечное присутствие Будды. Таким образом, было положено начало традиции, когда весь народ собирался на двухнедельное моление и празднование во время каждого лунного Нового года. Ключи от города вручались настоятелям монастырей, а все мирские дела откладывались. Этот праздник был главным событием для всего Тибета с 1409 и до 1960 года, когда китайские власти запретили его.