При непосредственных преемниках Сонгтсена Гампо буддизм в Тибете не только не окреп, но даже вновь отступил со своих позиций, так как жрецы бон были еще очень сильны. И лишь через сто лет началась вторая волна его проникновения. Она связана с периодом правления гуру Тризонг Детсена (740—786 гг.). Сначала он провел на центральной площади столицы диспут между высшими представителями буддизма и бон-религии, на котором последние были побеждены, а их книги сожжены. Но демоны препятствовали намерениям Учителя. Они повелевали темными силами природы, уничтожая посевы, губя скот и насылая болезни на людей. Тогда ботхисатвы посоветовали пригласить в Тибет Высшего Учителя — Падмасабхаву (Рожденного в лотосе). Он родился непорочным зачатием в Ушна (Афганистан) и был к тому времени Мастером йоги в известномном буддистском университете в Наланде. Падмасабхава (в Тибете он более известен как гуру Римпоче — Драгоценный гуру) был лучшим знатоком оккультизма и потому смог обуздать злобных духов, ракшей и других страшилищ, состоявших на службе у жрецов бон-по.
Великий гуру прибыл в Тибет из Непала в 747 г. Он был не простым человеком, а махасиддхи (обладатель могучих, сверхъестественных сил). Падма поработил и изгнал демонов из местности Самье, где и был построен одноименный монастырь, рассказ о котором еще впереди. Гуру Римпоче в 749 г. основал в нем обшину тибетских буддистов-лам (секту ниингмапа). Эта секта стала первой из основных сект (школ) тибетского буддизма наряду с будущими - кагьюпа, сакьяпа и гелут.Около ста лет ламаизм (так называют тибетский буддизм в Европе) развивался относительно спокойно, но затем опять наступили черные времена владычества бон-по. И связаны они были с правлением царя-жреца Ландхармы. В стране наступил голод, и царь свалил его причины на религию Будды. Начались гонения на лам, уничтожение монастырей и кумирен, сжигание священных книг, статуй и реликвий...23 года продолжалось искоренение буддизма в Тибете, но корни его оказались крепкими: одному из пещерных отшельников явилась пламенеющая богиня Дурга и повелела положить жизнь за религию Будды — убить преступного царя. Стрела йога пронзила сердце Ландхармы, и уже более никто не мешал укреплению буддизма на земле Тибета. Вновь стали отстраиваться монастыри, возвращались изгнанные прежде ламы. Из Индии были завезены тантрические тексты, и на их основе стали развиваться различные школы тибетского буддизма. Они базировались в крупнейших монастырях, и в различиях этих школ находились зачатки позднейшего разделения ламаистов на желтошапочников и красношапочников.Среди духовных учителей этого периода следует назвать прибывшего из Индии гуру Атишу, высшего знатока йоги, магии и оккультных наук. Известны также имена тибетских лам Докми и Марпы. Перша и был основателем буддистской школы сакьяпа (монастырь Самье). а второй создал школу кагьюпа, имевшую шесть больших монастырей в центральном Тибете (самым известным учеником ее был поэт-святой Миларепа).
Различия в методиках применения духовных практик вели поначалу к раздорам между настоятелями буддистских монастырей. Воспользовавшись этим, а также тем, что в духовном Тибете не было регулярной армии, в XIII в. Китай впервые вмешался в дела соседей. «Срединная империя» тогда сама находилась под властью потомков Чингисхана. Монгольский хан Хубилай (династия Юань) много сделал не только для распространения ламаизма в Монголии, но и для укрепления его в самом Тибете. (Он, в частности, доставил туда святые реликвии: нищенскую чашку Будды Шакьямуни и два его коренных зуба.) Но делал он все это не по своей религиозности, а для того чтобы проникнуть в Центральный Тибет, имея на то особые, тайные планы. Во исполнение их Хубилай провозгласил настоятелей монастырей сакья главными администраторам Тибета.
В 1368 г. монголы в Китае пали и к власти там пришла династия Мингов. Сразу ослабело и влияние секты сакьяпа в Тибете. На его духовную арену вышел один из самых прославленных ламаистов, великий ученый Цонкапа. Он, по сути, произвел реформу буддизма, повернув его к древним истокам, проповедовавшим дисциплину в духовных практиках и послушание в традициях. Вместе с тысячами учеников Цонкапа создал монастырь Гаиден — оплот его секты Гелугпа («Добродетельные»). Тело Цонкапы, умершего в 1419 г., долго хранилось в монастыре и свободно висело в воздухе (хунвэй-бины «культурной революции» уничтожили его). Ученики реформатора, названные за цвет одежд желтошапочниками (в отличие от красношапочных лам школы Ниингмапа), основали затем важнейшие монастыри — Сэра и Дрепунг.