Арешт був тихим, якимось буденним і від того страшним. На розі Шпитального провулка та Сумської вулиці в Харкові до митця підійшов агент НКВС у цивільному й наказав іти за ним. Це сталося на очах письменників Олекси Слісаренка та Валер’яна Поліщука. Близько року Іван Багряний пробув у камері смертників Харківської в’язниці, після чого його засудили на п’ять років заслання й вивезли на Далекий Схід. Подальші події життя нечіткі й хронологічно розмиті: втеча, переховування між українцями Зеленого Клину на Далекому Сході (враження від цього періоду життя відбито в романі «Тигролови»), повернення додому, арешт у дорозі, Харківська в’язниця (пережите в ув’язненні Багряний пізніше описав у романі «Сад Гетсиманський»)... І нове звинувачення: участь чи навіть керівництво у націоналістичній контрреволюційній організації. Потім були довгі дні знущань та допитів, після яких акт про закінчення слідства 26 березня 1939 року з висунутими проти нього обвинуваченнями Іван Багряний все ж таки не підписав. 1 квітня 1940 року було прийнято постанову, в якій відзначалося, що всі свідчення про контрреволюційну діяльність належать до 1928—1932 років, за що письменник уже був засуджений, а «...інших даних про антирадянську діяльність Багряного-Лозов’ягіна слідством не добуто».
З відбитими легенями й нирками, хворий і знесилений Іван Багряний у 1940 році був звільнений під нагляд. Знову оселився в Охтирці, працював декоратором у місцевому театрі (саме він розписав театральну завісу: жовте поле пшеничне, блакитне небо...), редагував газету «Голос Охтирщини», після початку війни потрапив до народного ополчення, працював в ОУН: малював листівки, плакати, складав пісні, виступав перед воїнами УПА.
У 1942 році Багряного мало не розстріляли фашисти, але доля посміхнулася письменникові, і йому випадково вдалося врятуватися. Коли в лютому 1943 року на короткий час була звільнена Охтирка, письменника призвали до лав Червоної армії. Та до фронту він не доїхав, бо ешелон був розбитий фашистською авіацією. Уцілілі призовники розійшлися по домівках, повернувся в Охтирку й Багряний. Але після звільнення міста НКВС зацікавився діяльністю письменника на окупованій території. Щоб знову не потрапити до в’язниці й залишитися живим, Іван Багряний у 1944 вирушив на Захід.
Письменник спробував через Карпати пробратися до Словаччини, але під час облави на емігрантів його схопили й відправили до Німеччини. Довелось бути «остарбайтером», але недовго: Багряний знову втік. Після тривалих переїздів він зупиняється в німецькому місті Новий Ульм. Завдяки Іванові Багряному це місто перетворюється на центр українського культурного відродження, демократично-визвольного руху. У 1945 році він заснував газету «Українські вісті». При ній почали діяти кілька видавництв, зокрема «Україна», «Прометей», у яких з’являються заборонені в СРСР книжки українських письменників, переклади зарубіжної літератури українською мовою. Багряний бере участь у створенні МУРу (Мистецький Український Рух), який згодом перетворився на об’єднання українських письменників «Слово» із центром у Нью-Йорку. 1946 року письменник перейшов на легальне становище. У памфлеті «Чому я не хочу вертатись до СРСР?» Іван Багряний виклав вражаючу правду про істинне становище людини в СРСР. Цим самим він привернув увагу світової громадськості, урятувавши від репатріації не одного нещасного. 1948 року Багряний заснував Українську Революційну Демократичну партію (УРДП), очолив Українську національну раду, заснував ОДУМ (Об’єднання демократичної української молоді). За кордоном побачили світ романи «Тигролови» (1944, «Звіролови» — 1946), «Сад Гетсиманський» (1950), «Огненне коло» (1953), «Буйний вітер» (1957), «Людина біжить над прірвою» (1965); п’єси «Генерал», «Морітурі», «Розгром»; поема «Антон Біда — Герой Труда», збірка «Золотий бумеранг», твори для дітей. Відомо, що 1963 року філія Об’єднання демократичної української молоді Чикаго розпочала акцію за надання Нобелівської премії Іванові Багряному, але його смерть перешкодила офіційному висуненню на цю нагороду.
Так активно працювати письменнику було неймовірно важко, бо з 1948 року він майже не виходив з лікарень. Коли Багряний не зміг сидіти, йому зробили спеціальну дощечку, яку він клав на груди, аби можна було писати, працювати. Незважаючи на важкий стан здоров’я, письменник мріяв про майбутнє, виношував плани нових творів. Своєму другові він писав: «Коли б Ви були тут, коло мене, й побачили, як я борюкаюсь за життя, Ви б не нарікали на мене, що не пишу листів. Щоб Ви знали, я ось уже рік не вилажу з лікарень. Здається, моя пісенька проспівана... Не нарікайте, що нема листів. Як тільки буду в стані — напишу. Неодмінно. Оце написав кілька рядків, а так ніби працював півдня кайлом у шахті». Дошкуляли письменникові й радянські критики, бо кожне слово цих вірних більшовицькій системі письменників боляче било, вражало в саме серце. Наприклад, Ю. Смолич свого часу писав: «Твори Багряного на еміграції — як визначає кожна безстороння людина — звичайнісінька графоманія, злісна, зловредна, сповнена ненависті й рясна неправдою».