В марте 1990 г. был избран председателем Верховного Совета Кабардино-Балкарской АССР. После августовского путча 1991 г. подал в отставку, работал первым заместителем председателя Совета министров Кабардино-Балкарии. Баллотировался на первых всенародных выборах президента Кабардино-Балкарии, одержал победу во втором туре (5 января 1992 г.), набрав 88,86 % голосов. Сохранил свой пост, на безальтернативных выборах президента в январе 1997 г., 12 января 2002 г. избран на третий срок. Ушел в отставку в сентябре 2005 г., после продолжительной тяжелой болезни, скончался менее чем через полтора месяца после отставки.
В 1992 г. были зафиксированы первые — и практически последние — инциденты, грозившие вызвать в республике межэтническую напряженность. Они имели место в тех населенных пунктах, где балкарцы разместились после возвращения из депортации. Земельные участки горным балкарским хозяйствам за пределами Балкарии, в основном в Терском и Прохладненском районах Кабардино-Балкарской АССР, были выделены после возвращения в качестве меры поддержки народа, вынужденного «с нуля» обустраиваться на исторической родине. Некоторая часть балкарского населения обосновалась на этих участках, причем балкарские идеологи подчеркивали благодарность балкарцев за их предоставление. Так, глава НСБН Борис Чабдаров на траурном митинге в Нальчике 8 марта 1992 г. заявил: «Балкарский народ благодарен кабардинскому народу, представителям русского и других народов за радушие, и моральную поддержку, и бескорыстие при выделении земельных участков горным хозяйствам в Терском и Прохладненском районах». Однако через два месяца после этого, в первой декаде мая 1992 г., в Терском районе имели место выступления жителей сел, соседних с селом Новая Балкария. Спровоцированы они были убийством уроженца одного из сел района в Нальчике 29 апреля в результате бытовой ссоры. В документах НСБН утверждается, что 1–3 мая в Терском районе проходили сходы граждан, требовавших выселить село Новая Балкария. Несколько десятков балкарских семей после этого село покинули, однако в целом этот балкарский населенный пункт не прекратил тогда своего существования. Несколько раньше, в феврале 1992 г., имели место локальные конфликты в смешанном по национальному составу поселке Чегем-1 (ныне город Чегем), куда балкарцы были поселены после возвращения из депортации. Конфликты касались выделения земельных участков. Какого-либо развития все эти инциденты не получили, межнационального обострения республика избежала. Однако в мае 1992 г. Верховный Совет Кабардино-Балкарии принял постановление, давшее возможность кабардинским колхозам частично вернуть себе земли, утраченные в 1957–1959 гг. при восстановлении Кабардино-Балкарии.
В целом 1992–1996 гг. характеризовались как ростом противоречий между лидерами национальных движений и республиканскими властями, так и постепенным расколом среди самих балкарских лидеров. На протяжении этого периода в республике укреплялась личная власть ее президента Валерия Кокова. Еще в 1991 г. республиканские власти явно пытались найти поддержку как у кабардинских, так и у балкарских национальных организаций — так, Верховный Совет республики осенью того года поддержал и решение о создании Балкарии, и решение о создании Кабарды как отдельных субъектов Российской Федерации. Но уже в 1992 г. республиканские власти много раз однозначно высказывались против раздела республики. Сложность ситуации состояла в том, что кабардинец Коков противостоял в этом вопросе в первую очередь именно кабардинским национальным организациям. Влияние последних в республике сильно пошло вверх с началом абхазо-грузинской войны в августе 1992 г.: кабардинское движение «Адыгэ-Хасэ» организовывало отправку кабардинских добровольцев в помощь абхазам — народу, родственному кабардинцам. Эта деятельность оказалась в центре политической жизни Кабардино-Балкарии, и на ее волне в сентябре-октябре кабардинские активисты предприняли ряд массовых политических акций с целью смены власти в республике. Коков, однако, устоял, заручившись поддержкой практически всех городов и районов Кабардино-Балкарии, и после этого кризисного для себя момента уверенно наращивал свое влияние в республике.
В связи с событиями августа-октября 1992 г. интересно отметить, что балкарское движение открыто выступало против отправки добровольцев в Абхазию. Вот что говорилось по этому поводу в заявлении НСБН от 22 августа 1992 г.: «Любое, даже самое незначительное вооруженное вмешательство третьих сил в военные действия в Абхазии будет использовано властями Республики Грузия для наращивания своего военного присутствия в Абхазии, вызовет дальнейшее осложнение ситуации и углубление конфликта и придаст ему уже не политический, а межнациональный характер, что с учетом демографической ситуации в Абхазии может иметь катастрофические последствия». При этом очевидно, что в самой Кабардино-Балкарии «катастрофических последствий» удалось избежать именно потому, что значительная часть молодежи отправилась воевать в Абхазию: по многочисленным свидетельствам, Муса Шанибов, лидер «Конфедерации народов Кавказа», активно участвовавшей в добровольческой помощи Абхазии, впоследствии говорил, что его соратники свергли бы Кокова, если бы политически активная кабардинская молодежь осталась в Нальчике, а не отправилась бы на абхазский фронт.