28 октября 1997 г. избран главой администрации города Черкесска. В 1999 г. на первых всенародных выборах боролся за пост, главы Карачаево-Черкесии, уступил борьбу после второго тура в результате активного вмешательства федерального центра. В момент, межнационального обострения 1999 г. выступал в качестве неформального лидера черкесских и абазинских организаций, но сам в руководстве их не состоял.
В августе 2000 г. подал в отставку с поста мэра, стал советником полпреда президента РФ в Южном федеральном округе. В 2001–2004 гг. — член Совета Федерации от. исполнительной власти Карачаево-Черкесии. На выборах главы республики 2003 г., как считается, активно поддерживал Мустафу Батдыева.
К моменту своего появления в публичной политике по многим вопросам работал «в связке» со своими братьями Вячеславом и Хаджи-Муратом, также хорошо известными в республике. Позднее взаимодействие между братьями стало менее активным. В 2003 г. они разделили бизнес. Возглавляемое Станиславом Деревым ООО «Меркурий» продолжило заниматься исключительно производством минеральной воды, контролируя, по оценкам экспертов, не менее 10 % этого рынка в РФ.
Последнюю серьезную попытку вернуться в политику Дерев предпринял в 2005 г., будучи вдохновителем организации «Конгресса общин Северного Кавказа». Скоропостижная смерть в июле 2006 г. оборвала подготовку очередных политических проектов.
Выборы 1999 г. поставили республику на грань гражданской войны, избежать которой удалось только в результате активного вмешательства федерального центра. Национальные организации черкесов и близкородственных им абазин поддерживали кандидатуру Дерева. У карачаевцев в первом туре выборов, состоявшемся 25 апреля, было несколько кандидатов, во второй тур, со значительным отставанием от Дерева, вышел бывший главком сухопутных войск РФ, генерал армии Владимир Семенов (у Дерева в первом туре — 40,1 %, у Семенова — 17,9 %). Основные участники кампании проявили очень высокую организованность в политической борьбе. Удавались акции протеста с десятками тысяч участников (известны случаи, когда в аулах оставались только дети и старики — буквально все остальные жители уезжали в столицу на митинг). На стороне Дерева действовали представители Международной Черкесской ассоциации (МЧА). Не является секретом и то, что в республику к тому моменту было завезено значительное количество оружия. Уже после того как во второй половине мая 1999 г. стало ясно, что сторонники Дерева, ссылаясь на многочисленные нарушения, не признают себя побежденными во втором туре (состоялся 16 мая), начали громко звучать требования раздела Карачаево-Черкесии на два национальных субъекта. За выход из Карачаево-Черкесии активно высказывались черкесские политики, ссылаясь на поддержку такого решения со стороны русских и казачьих активистов. В качестве иллюстрации процитируем выступление президента Международной Черкесской ассоциации Бориса Акбашева на сессии Народного собрания Карачаево-Черкесии 27 мая 1999 г.: «Еще в 1995 г. абазины, русские, черкесы… заявили о своем желании вернуться в состав Ставропольского края и призвали к этому другие народы. Это стремление под влиянием происходящих событий становится все более сильным».[45] Реализация такого сценария вряд ли была бы легкой, поскольку неизбежно вставал бы вопрос о судьбе экономически наиболее состоятельного Черкесска. Однако к сентябрю 1999 г. федеральным властям с трудом, но удалось «продавить» вариант, при котором главой единой республики стал Семенов. Национальные страсти на удивление быстро улеглись — в октябре-ноябре население Карачаево-Черкесии следило в основном за ходом предвыборной кампании Бориса Березовского, избиравшегося от республики в Госдуму, а не за развитием отношений основных национальных лидеров.
По прошествии лет вполне очевидно, что черкесские активисты уступили кресло главы Семенову в обмен на значительные гарантии. Никаких попыток наступления на подконтрольный им бизнес республиканская власть при Семенове не предпринимала. Более того, 16 ноября 2001 г. Станислав Дерев стал сенатором от исполнительной власти Карачаево-Черкесии, неоднократно поднимался вопрос о назначении его премьером.
Как это ни удивительно, после избрания главой республики Семенов гораздо менее удачно играл на «родном» карачаевском поле, чем на черкесском. Уже в 2001 г. ряд влиятельных карачаевских бизнесменов и политиков перешли в оппозицию к Семенову, образовав республиканское общественно-политическое движение «Возрождение». Среди них были Мурат Каракетов (один из руководителей предвыборного штаба Семенова, ныне — руководитель администрации президента Карачаево-Черкесии), Керам Семенов (бизнесмен, вложивший существенные средства в предвыборную кампанию своего однофамильца, по некоторым сведениям — даже продавший ради этого часть собственного бизнеса; убит в Черкесске возле офиса движения «Возрождение» при невыясненных обстоятельствах 18 сентября 2001 г.). Карачаевцы же, пользовавшиеся благорасположением Владимира Семенова до конца его пребывания у власти, имели неоднозначную репутацию, в том числе и среди своих соплеменников. Так, возглавлявший администрацию Семенова Сайрамбек Кипкеев приобрел на своем посту имидж «серого кардинала», негласно замкнувшего на себе все вопросы кадровой политики. А секретарь республиканского Совбеза Борис Батчаев был причиной подозрения по отношению к своему шефу Семенову со стороны федерального центра: бывший прокурорский работник, в начале 1990-х гг. Батчаев состоял в руководстве движения, боровшегося за воссоздание Карачая как отдельной автономии, и, заслуженно или нет, приобрел ярлык «сепаратиста».