Со времени первых всенародных выборов главы республики в 1999 г. взаимоотношения властей Карачаево-Черкесии и мэрии Черкесска складывались традиционно непросто. Поддерживавшийся коммунистами мэр Михаил Якуш, сменивший Дерева в 2000 году, сам баллотировался в президенты, а после поражения нередко проявлял солидарность с оппонентами победившего тогда Владимира Семенова. На президентских выборах 2003 г. Якуш выступал как сторонник тогдашнего председателя Верховного суда КЧР Бурлакова, а заместитель Якуша Петр Коротченко даже баллотировался в паре с Бурлаковым в вице-президенты. В 2004 г. гордума Черкесска продлила полномочия Якуша на срок около года. Однако в сентябре 2005 г. Верховный суд Карачаево-Черкесии признал это решение незаконным. Решению Верховного суда предшествовали довольно резкие политические шаги Якуша, назначившего своим ключевым заместителем Руслана Катчиева — человека из команды Батдыева. Такое назначение нельзя было не расценить как смену мэром политической ориентации. К моменту решения суда всенародные выборы мэра Черкесска уже были назначены на 25 сентября 2005 г. В мэры выдвинулись Якуш, Коротченко, при поддержке «Единой России» — предприниматель из Ставрополья Олег Корешников, некоторые другие кандидаты. Однако практически одновременно с признанием незаконным нахождения Якуша на посту мэра Верховный суд республики по процедурным соображениям объявил незаконным и назначение выборов главы Черкесска на 25 сентября. В городе фактически установилось двоевластие: и Якуш, и Коротченко, ссылаясь на различные юридические обстоятельства, считали себя главным лицом в Черкесске. По единодушному мнению наблюдателей, первый в тот момент ориентировался на Батдыева, второй — на Бурлакова.
Еще одна попытка назначить всенародные выборы мэра Черкесска была предпринята под самый Новый год — 31 декабря 2005 г. решением горизбиркома выборы мэра были назначены на 12 марта 2006 г. Вновь пошло выдвижение кандидатов, снова выдвинулся Якуш, от «Единой России» на этот раз — спикер Народного собрания, выходец из ОАО «Кавказцемент» Сергей Смородин (что дало повод говорить о продолжающемся взаимодействии республиканских властей с командой находившегося тогда в СИЗО Каитова). Однако и эти выборы были отменены городским судом Черкесска 7 февраля. А ранее, 19 января, гордума приняла новый устав города, вовсе не предусматривающий поста всенародно избираемого мэра. В соответствии с этим уставом, главой города был избран депутат гордумы карачаевец Хаджи-Даут Тамбиев, а мэром на основании конкурса назначен Коротченко. На этот момент в борьбе за мэрию была, таким образом, зафиксирована победа сторонников Бурлакова.
Однако через несколько месяцев Коротченко практически повторил тот путь, который в 2005 г. проделал его предшественник Якуш, а именно: Коротченко назначил себе первого заместителя, близкого команде Батдыева, — бывшего заместителя главы Зеленчукского района Махара Эбзеева. «Оргвыводы» в отношении Коротченко не заставили себя ждать. Глава города Тамбиев 17 ноября 2006 г. объявил расторгнутым контракт с Коротченко и назначил и. о. мэра Бахата Байрамукова, а неделей позже городской суд Черкесска признал незаконным и само заключение контракта с Коротченко (в конкурсной комиссии при назначении Коротченко, как «неожиданно» выяснилось в суде, вопреки уставу города, не было представителей президента Карачаево-Черкесии). Коротченко не согласился со своим увольнением. Депутаты гордумы вечером 18 ноября провели заседание, на котором отменили решение о расторжении контракта с Коротченко.
Как писала оппозиционная Батдыеву газета «Вести гор», заседание проходило в Доме правительства Карачаево-Черкесии, и его посетил заместитель руководителя администрации президента Мурат Каракетов. Сами участники заседания, впрочем, это опровергают. Газета приводила разнообразные свидетельства в пользу того, что республиканская власть была заинтересована в сохранении Коротченко на посту мэра. Глава города Тамбиев на заседании не присутствовал и с решением депутатов не согласился. Одновременно в дело вступило республиканское МВД — в мэрию Черкесска был введен ОМОН, Коротченко вернулся в свой кабинет, в городе вновь установилось фактическое двоевластие.