Борьбу за власть в Карачаевском районе, самом большом по территории районе Карачаево-Черкесии, вели все те же два лагеря — «батдыевский» и «бурлаковский». Конфликт начался после выборов главы района 25 декабря 2005 г. Со стороны исполнительной власти республики в главы района выдвинулся Эльдар Салпагаров, один из давних сторонников Мустафы Батдыева (до выборов он был назначен главой района указом президента). В то время, когда Батдыев только планировал баллотироваться в президенты, Салпагаров был в его «группе поддержки», возглавляя местное отделение партии «Яблоко» и сотрудничая с Муратом Каракетовым, фактически руководившим тогда штабом Батдыева. Салпагаров, как и Каракетов, — зять первого вице-премьера Карачаево-Черкесии Бориса Гочияева.
Основным противником Салпагарова на выборах был Ислам Крымшамхалов, возглавлявший Карачаевский район еще при Владимире Семенове. Как уже было отмечено, Крымшамхалов считался политиком, близким Бурлакову.
У обоих кандидатов было достаточно «аргументов» для победы. Помощь Крымшамхалову, по нашим данным, оказывали пиар-специалисты, приглашенные из одного крупного города Юга России. С другой стороны, негосударственные СМИ Карачаево-Черкесии постоянно обвиняли Салпагарова в использовании административного ресурса. Когда республиканский избирком сообщил о его победе в первом туре с 53 % голосов, газета «Вести гор» иронически заметила: «Странно, что не все 99 %». Сообщалось, в частности, о единовременной регистрации в Карачаевском районе накануне выборов почти 600 «новых» жителей.
За голосованием последовали события, в которых против каждой из сторон выдвигались обвинения, окончательная проверка обоснованности которых весьма затруднена. Как и в случае с конфликтом вокруг мэрии Черкесска, на сторону республиканской исполнительной власти, желавшей победы Салпагарова, не встал суд. 14 марта 2006 г. Карачаевский районный суд признал недействительными итоги голосования на двух избирательных участках. Общий результат Салпагарова, следуя решению суда, стал меньше 50 %, что предполагало проведение второго тура с участием его и Крымшамхалова. Республиканский избирком обжаловал это решение в Верховном суде Карачаево-Черкесии, однако тот в апреле поддержал решение районного суда. 9 июня Карачаевский районный суд обязал судебного пристава опечатать кабинет Салпагарова и изъять гербовую печать района. Пристав, по данным республиканских СМИ, смог опечатать только приемную главы района, которая была заперта. 21 июля Народное собрание Карачаево-Черкесии отказалось рассмотреть заявление жителей Карачаевского района, жаловавшихся на «фальшивые», по их мнению, обращения старейшин района в поддержку Салпагарова. 11 августа Карачаевский районный суд отменил постановление судебного пристава об окончании исполнительного производства в отношении Салпагарова. В прокуратуру Карачаевского района в августе поступали заявления с просьбой возбудить уголовное дело по факту незаконного, по мнению заявителей, нахождения Салпагарова в должности, однако в возбуждении уголовного дела было отказано. В декабре 2006 г. ряд ударов по позициям Салпагарова вновь нанесла судебная власть. А именно, Карачаевский районный суд признал незаконным решение прокуратуры об отказе в возбуждении уголовного дела против членов избирательных комиссий по факту фальсификации выборов, а также подтвердил незаконность прекращения исполнительного производства.
Однако во второй половине 2007 г. удача в судебных делах отвернулась от противников Салпагарова, что, возможно, стало свидетельством общих изменений, происходивших в республиканской судебной власти. Верховный суд Карачаево-Черкесии 11 июля признал Салпагарова законно избранным главой района.
Можно предположить, что в отсутствие каких-либо радикальных шагов нового главы Карачаево-Черкесии по консолидации карачаевской элиты борьба за Карачаевский район, несмотря на трагическую гибель Крымшамхалова в январе 2009 г., продолжится. Контроль над районом имеет определенное «идеологическое» значение: именно здесь — родина большинства наиболее влиятельных, известных карачаевских родов, именно ущелья горного Карачая принято рассматривать как колыбель карачаевского этноса. Если же увенчаются успехом попытки вывести республиканские курорты — поселок Домбай и город Теберду — из состава Карачаевского городского округа и ввести их в состав района, то возрастут и экономические ставки в борьбе за район. Пока, впрочем, за такую перекройку границ ратуют в основном лишь республиканские оппозиционные СМИ.