История борьбы за этот город — пока более короткая, но не менее острая, чем история борьбы за два муниципальных образования, о которых речь была выше.
Сам по себе город Карачаевск сегодня вряд ли может рассматриваться как некий «лакомый кусок», борьба за который экономически мотивирована. Как уже отмечалось, в городе мало работающих предприятий, трудоспособное население мигрирует в Черкесск и в Ставропольский край, и даже расположение города на «курортной» трассе в Теберду и Домбай не приносит ему значительных выгод. Однако в Карачаевский городской округ, помимо самого Карачаевска, входят населенные пункты курортной зоны — Домбай и Теберда. Там идет активное курортное строительство, в настоящее время строятся и многоэтажные дома, и близость к вопросам, без решения которых строительство невозможно (землеотводы, прокладка коммуникаций и проч.), делает пост главы Карачаевска (точнее, Карачаевского городского округа) довольно привлекательным.
Очередные выборы главы состоялись 11 марта 2007 г. Основную борьбу на них вели возглавлявший до этого город Сафар Лайпанов и предприниматель Магомед Боташев, поддержанный оппозицией. Лайпанов как глава города был выгоден руководству республики не только в качестве возможного противовеса оппозиционерам: его связывали с командой Батдыева длительные деловые контакты. Ранее он был членом совета директоров ОАО «Кавказцемент». В республике также бытует мнение о тесных отношениях родственников Лайпанова с некоторыми друзьями и единомышленниками Алия Каитова.
В ночь после выборов появилась информация о победе Боташева. В штабах кандидатов имелись копии протоколов территориальных избирательных комиссий, из которых, по сообщениям сторонников Боташева, следовало, что он набрал 53,6 % голосов избирателей. Лайпанов, по их же сообщениям, занял второе место, уступив Боташеву всего 480 голосов. При этом подведения предварительных итогов выборов со стороны городского и республиканского избиркома в первые часы после выборов не последовало. На другой день после голосования глава республиканского избиркома Сафар Герюгов заявил, что, по данным карачаевской муниципальной избирательной комиссии, побеждает Лайпанов. Однако официальное оглашение итогов выборов откладывалось. Муниципальная избирательная комиссия не могла собрать кворум для подведения их итогов, позднее эта комиссия просто перестала существовать из-за сложения ее членами полномочий. В первые дни после выборов появились обращения граждан по поводу серьезных нарушений в ходе голосования на шести избирательных участках. В конце концов, 20 марта республиканский избирком на основании этих нарушений признал выборы недействительными. Это решение было оспорено в Верховном суде Карачаево-Черкесии, и 20 апреля суд его отменил, обязав республиканский избирком подвести итоги голосования, просуммировав данные территориальных избирательных комиссий. Такая процедура, по мнению сторонников Боташева, привела бы к его победе. Однако республиканский избирком длительное время отказывался провести такой подсчет, одновременно решение Верховного суда Карачаево-Черкесии было оспорено в Верховном суде РФ.
Наконец, 17 августа 2007 г. Верховный суд республики отменил очередное решение республиканского избиркома о невозможности подведения итогов выборов и обязал его провести подсчет голосов. В избирком из прокуратуры Карачаевска вернули бюллетени с участков, по которым были подозрения в неверном подсчете. При этом Боташев заявил, что ящики с бюллетенями в прокуратуре были незаконно вскрыты и поэтому новый подсчет бюллетеней может совершенно не отражать реальных итогов голосования. Избирком признал победу Лайпанова, 15 октября он занял свой кабинет. Административное здание в центре Карачаевска, где находится и районное, и городское самоуправление, наконец обрело полный комплект «хозяев» — Салпагарова и Лайпанова.
Сторонники Боташева отправились «искать правду» в Москву и обещали продолжить протестные выступления, но реальных результатов пока не добились (если не считать таким результатом сам факт приема в высоких московских кабинетах).