Пётр Николаевич был близок к Лаврению Павловичу, хорошо знал его сына и едва не попал «под раздачу» после того, как звезда Берия неожиданно закатилась летом 1953 г. Многие из сподвижников Лаврентия Павловича пошли под суд, кто-то покончил с собой, но Бургасова от печального конца спас перевод из аппарата Совмина в Генштаб, последовавший через несколько дней после ареста Берия. Далее Пётр Николаевич переместился из столицы в уже упоминавшийся Свердловск-19, там он являлся заместителем командира по научной работе, защитил докторскую диссертацию.
В 1965 г. Бургасов вернулся в Москву и притом с большим повышением — его назначили заместителем министра здравоохранения СССР — Главным государственным санитарным врачом СССР. В этой должности он оставался более 20 лет, в круг его служебных обязанностей входила организация санитарно-эпидемиологического надзора на всей территории Советского Союза.
Пётр Николаевич лично выезжал на места вспышек опасных инфекционных болезней, им написаны 8 монографий и более 90 научных работ, в т. ч. с результатами анализа данных реальных эпидемий и инфекционных вспышек.
Необходимо отметить, что Бургасов, будучи человеком Системы, т. е. советским чиновником высокого ранга, облеченным большими полномочиями, мог быть не заинтересован в разглашении материалов, опасных для самой Системы — по этой причине беспристрастность суждений Петра Николаевича может быть поставлена под сомнение.
П.Н. Бургасов, заместитель министра здравоохранения Советского Союза, во время встречи с Д. Спенсером, директором Центра исследований инфекционных заболеваний в городе Атланта, США.
Уже после распада Советского Союза он написал автобиографические воспоминания и рассказал в них многое такое, что никак не соответствовало политической коньюктуре, сложившейся в России после 1991 г. Так, например, Бургасов дал исключительно высокую оценку деловым и личным качествам Лаврентия Берия, согласитесь, подобное прямодушие весьма выразительно характеризует его бескомпромиссность. Любопытен и другой пример такого рода: Бургасов прямо пишет о том, что в случае необходимости звонил Андропову, в то время руководителю КГБ, и напрямую решал с ним все проблемные вопросы. Тоже интересное признание, учитывая, что ореол вокруг главной спецслужбы Советского Союза в 1990-х гг. сложился отнюдь не радужный. В своих воспоминаниях Пётр Николаевич рассказывает и о разработках бактериологического оружия в СССР, и о его натурных испытаниях (о чём было упомянуто чуть выше), и о работах по созданию вакцин против смертельно опасных инфекций.
Некоторые рассказы Бургасова просто поразительны, например, про тайную вакцинацию всего населения Советского Союза. Или про испытания сыворотки её разработчиками на самих себе. Наверняка отыщутся такие диванные грамотеи, которые скажут, что подобному верить нельзя и генерал на старости лет принялся хвалиться и пороть чепуху. В нынешнее время выпестовалась эдакая образованщина, которая ничего толком не зная и не умея, присвоила себе право порицать и ставить под сомнение всё, что не укладывается в её крохотные черепушки, благо анонимность интернет-общения потворствует безответственной демагогии. Но рассказы про испытания вакцин их разработчиками на самих себе вовсе не являются чепухой. Подобные испытания устраивал на себе и Брюс Айвинс, тот самый американский микробиолог, что стал главным подозреваемым по делу о «биотеррористических атаках» 2001 г. Ивинс не только выводил боевые штаммы, но разработал и запатентовал сибиреязвенную вакцину. Начиная с 1980 г. он работал с сибирской язвой в Форт-Детрик и постоянно поддерживал свой иммунитет, которым хвастался перед новичками, беря голыми руками лабораторную посуду с колониями микробов. Подобная небрежность категорически запрещалась всеми правилами, но Айвинс демонстрировал «храбрость психопата», безудержную и бессмысленную отвагу, которая, кстати, привлекла внимание сотрудников ФБР и нашла отражение в отчётах Бюро как один из компрометирующих его факторов.