Появление Демократов-республиканцев, первой оппозиционной партии Америки, бросило вызов стабильности новой нации. Демократическо-республиканские общества возникли в Пенсильвании и других штатах в 1793 году. Вскоре это движение превратилось в настоящую оппозицию под руководством Джефферсона и Джеймса Мэдисона. Демократы-республиканцы разошлись с федералистами по многим ведущим вопросам современности, включая экономическую политику, государственный долг и, прежде всего, вопросы войны и мира. Они считали федералистов квазимонархистами ("монократами") и опасались, что дипломатические увертюры Адамса в адрес Великобритании представляют собой скрытую попытку восстановить британское правление в Америке.
Многие федералисты, в свою очередь, считали демократов-республиканцев не иначе как предателями. Они подозревали их в симпатиях к революционному правительству Франции - в то время, когда нарастающие американо-французские военные действия создавали реальную угрозу войны. Федералисты опасались, что "внутренние враги" республиканцев помогут французскому вторжению. Эти опасения подкреплялись восстаниями рабов на Юге. Федералисты обвиняли, что восстания рабов - например, восстание Габриэля в Вирджинии в середине 1800 года - были инспирированы республиканцами и их идеологией как частью того, что федералистские газеты называли "настоящим французским планом".
Сначала федералисты пытались уничтожить своих оппонентов. В 1798 году Конгресс принял законы "Об иностранцах" и "О подстрекательстве", по которым в тюрьму сажали политиков-демократов-республиканцев и редакторов газет, критиковавших федеральное правительство. Эти законы еще больше раскололи страну. Вирджиния и Кентукки объявили их недействительными на своих территориях, что федералисты расценили как мятеж. Расценив поведение Вирджинии как часть "заговора", направленного на помощь Франции, Гамильтон призвал администрацию Адамса собрать "солидные военные силы", которые можно было бы "привлечь к Вирджинии". В ответ законодательное собрание штата Виргиния начало вооружать собственную милицию.
Накануне выборов 1800 года над молодой республикой висел призрак насилия - вплоть до гражданской войны. Взаимное недоверие, подпитываемое партийной враждой, ставило под угрозу перспективы мирной передачи власти. По словам историка Джеймса Шарпа, " федералисты и республиканцы были готовы поверить, что их противники способны практически на любые действия, неважно, насколько вероломные или насильственные, чтобы получить или удержать власть".
Действительно, лидеры федералистов искали пути подрыва избирательного процесса. В Сенате они приняли законопроект о создании комитета, состоящего из шести членов от каждой палаты Конгресса (в которой доминировали федералисты) и председателя Верховного суда, который должен был " решать, какие голоса засчитывать, а какие не засчитывать". Гамильтон призвал губернатора Нью-Йорка Джона Джея созвать специальную сессию законодательного собрания штата, в котором доминировали федералисты, чтобы оно приняло закон, передающий полномочия по назначению выборщиков от нового законодательного собрания (в котором доминировали демократы-республиканцы) губернатору Джею, который был федералистом. В письме, кипящем враждебностью к своим соперникам, Гамильтон применил тот вид жесткой политики, который, как мы показали в книге "Как умирают демократии", может разрушить демократию. Гамильтон писал,
В такие времена, как те, в которые мы живем, не стоит проявлять излишнюю щепетильность. Легко пожертвовать существенными интересами общества, строго придерживаясь обычных правил....[Но] [они] не должны препятствовать принятию законного и конституционного шага, чтобы не позволить атеисту в религии и фанатику в политике завладеть штурвалом государства.
Федералисты так и не приняли эти планы, но сама их готовность рассмотреть их показывает, как трудно было первой действующей партии Америки смириться с поражением.
Конкурс 1800 года также едва не сорвался из-за несовершенства избирательной системы. В декабре, после подсчета голосов, Коллегия выборщиков вынесла неприятный результат: хотя Адамс явно проиграл, два кандидата от Демократической партии, Джефферсон (предполагаемый кандидат в президенты от этой партии) и Аарон Берр (предполагаемый кандидат в вице-президенты), неожиданно оказались в равном положении, получив по семьдесят три голоса выборщиков. Это привело к тому, что выборы были переданы в Палату представителей, где федералисты по-прежнему сохраняли большинство.