В середине XIV столетия после смерти Генриха II австрийские «друзья» не удержались от попытки разделить Тироль между собой и баварцами. Однако местные жители выразили против этого акта резкий протест, и сильные мира сего подчинились. Опасаясь бунта, Габсбурги вынуждены были вернуть горный край законной владелице – молодой герцогине Маргарите Гёрц, дочери покойного Генриха II. Тем не менее в 1363 году она все же уступила свои владения Рудольфу IV Австрийскому и Тироль утратил независимость навсегда.
Являясь центром одноименной области, Зальцбург располагался вдали от Вены, почти на границе с Баварией, в состав которой он входил на протяжении тысячелетия. Однако зависимость была формальной, и город вместе с прилегающими землями все это время оставался самостоятельным церковным государством, чья организация была подобна организации Ватикана. Очаровательный облик, гармоничное сочетание изысканной архитектуры и сурового пейзажа делали Зальцбург едва ли не самым прекрасным местом на Земле. Его совсем не случайно называли Северным Римом: сравнение касалось не столько красоты и величия архитектуры, сколько безграничной власти князей. Местные архиепископы управляли своей державой как суверены, властвуя над душами и телами подданных, требуя от них полного повиновения, что для Австрии даже в пору раннего Средневековья было совсем не характерным.
В Средние века тирольские крестьяне пользовались свободой намного большей, чем земледельцы Зальцбурга. В отличие от соседей они почти не имели крепостных повинностей, не служили в армии, зато могли представляться в ландтаге, как называлось собрание мелких рыцарей и крупных феодалов, объединенных в единое сословие и регулярно заседавших в Инсбруке. Тирольский ландтаг смело выступал против политики своих монархов, а в 1487 году заставил герцога Сигизмунда передать власть в руки особого комитета. Тот же орган в 1490 году помог Максимилиану Австрийскому завладеть Тиролем на законном основании.
Если в древности главной отраслью местной экономики являлось животноводство, то с XV века на первый план выдвинулось горное дело: альпийским гномам пришлось поделиться с людьми золотом, серебром, медью, ртутью. Во времена Реформации (XVI век), объединившись с крестьянами, рудокопы составили силу, едва не победившую Габсбургов. Эрцгерцоги с большим трудом справились с отрядами Михаэля Гайсмайра, выступившими против чужаков в рамках крестьянской войны, подавили антипапское движение, сделав Тироль под стать всей Австрии католическим. В конце того же столетия герцог Фердинанд II, водворившийся в Тироле в 1564 году после раздела габсбургских земель, пригласил иезуитов, которые быстро вытеснили малочисленных здесь лютеран и кальвинистов.
Никто не сомневался, что эрцгерцоги сделают все, чтобы оставить за собой благословенный край. Тирольский талер как-то незаметно вытеснил из обращения венский крейцер, а войско кайзера уже не могло бы собраться в поход без металла с альпийских рудников. Однако, несмотря на всю мощь, в отдаленном графстве Габсбурги не могли проявить влияния во всю силу. Положения не изменил и просвещенный абсолютизм, когда так называемые урбариальные патенты Марии-Терезии, утвердившие повинности все имперских крестьян, сокращение барщины и право свободного перехода от одного хозяина к другому, почти не коснулись тирольцев. Также не подействовала таможенная реформа, зато перемены в образовании, как и обнародованный позже патент Иосифа II о веротерпимости, были приняты с энтузиазмом.
В самом конце XVIII века на землях Тироля проходили сражения между наступавшими войсками Наполеона и австрийской армией. Сумев захватить горный край, французы натолкнулись на отчаянное сопротивление местных партизан и вынуждены были возвратить захваченное. В 1805 году разбитые под Аустерлицем австрийцы вновь покинули Тироль, на сей раз уступив его Баварии как основному союзнику Наполеона.
Оправдав ожидания, приход соседей резко ухудшил жизнь в графстве: оккупанты ликвидировали ландтаг, увеличили налоги, запретили транзитную торговлю, попытались вмешаться в духовные дела. В ответ на притеснения тирольцы подняли восстание, благо нашелся человек, способный увлечь законопослушных соотечественников на борьбу с властями. Таковым оказался Андреас Хофер, который, выдвинув лозунг верности Габсбургам, одно время был фактическим правителем Тироля. Одержав несколько блистательных побед, восставшие расположились в Инсбруке и вынудили франко-баварскую армию к капитуляции. Через год новая французская армия вытеснила австрийцев, против чего выступило уже все население края. Тем не менее мятеж был подавлен, Хофера казнили, и тирольцам пришлось ждать 5 лет, пока Австрийская империя вновь не восстановила власть на их земле.