После смуты, когда государством правил фактически отец юного царя Михаила, патриарх Филарет, удельный вес церковной власти сильно вырос.
При царе Алексее, вековое равновесие между царской и церковной властью нарушается.
Одно время современники считали власть Никона фактически большей, чем власть царя. С. Платонов справедливо заявляет, что ежели бы Никон не был Патриархом, его можно бы считать временщиком, и действительно власть Никона держалась не на законе, не на обычае, а только на личном расположении царя к Никону. В Служебнике 1655 года Никоном было помещено, например, следующее:
"...Да даст же Господь им Государям (т.е. Царю Алексею Михайловичу и Патриарху Никону. - Б. Б.)... желание сердец их; да возрадуются все живущие под державою их..." "Таким образом, - замечает С. Платонов, - Никон свое правление называл державою и свою власть равнял открыто с Государевою".
Как относился в это время к властному, честолюбивому Никону Царь Алексей, показывает следующий факт: к Царю в Саввином монастыре во время его посещения обратился однажды дьякон Мирского Митрополита, которого Никон запретил в священнослужении. Дьякон просил Царя позволить ему служить литургию в предстоящее воскресенье, но Царь, конечно, отказал: "Я боюсь Патриарха Никона, а ну как отдаст мне свой посох и скажет: возьми его и сам паси монахов и священников. Я не вмешиваюсь и не противоречу тебе, когда ты повелеваешь своими генералами и воеводами, зачем же ты мешаешь мне управлять священниками и монахами?" Один из бывших друзей Никона говорил ему:
"Какая тебе честь, владыко святый, что всякому ты страшен. Государеви цареви власти уже не слыхать, от тебя всем страх и твои посланники пуще царских всем страшны!" Никон слишком преувеличил размеры власти Патриарха. "По его понятию власть Патриарха чрезвычайно высока, она даже выше верховной власти светской: Никон требовал полного невмешательства светской власти в духовные дела и вместе с тем оставлял за Патриархом право на широкое участие и влияние в политических делах; в сфере же церковного управления Никон считал себя единым и полновластным владыкой. С подчиненным ему духовенством он обращался сурово, держался гордо и недоступно, словом, был настоящим деспотом в управлении клиром и паствой. Он был скор на тяжелые наказания, легко произносил проклятия на провинившихся и вообще не останавливался перед крутыми мерами". По энергии характера и по стремлении к власти Никона Платонов сравнивает с властолюбивым папою Григорием VII Гильдебрантом.
Когда в 1653 году была переиздана так называемая "Кормчая Книга", то Никон между прочим прибавил подложную грамоту Константина Великого (Donatino Konstantini), которою папы старались оправдать свою светскую власть. "Подобная прибавка, - пишет С. Платонов, - была сделана Никоном, конечно, в видах большего возвышения патриаршей власти". Тут не лишне вспомнить, что Симеоном Полоцким, после смерти Царя Алексея, при его сыне Феодоре, был составлен проект "извлечь Никона из ссылки на далеком севере и поставить его папой над 4-мя русскими Патриархами".
Ю. Ф. Самарин пишет в книге "Феофан Прокопович и Стефан Яворский": "Из всех дел и слов Никоновых, до нас дошедших, усматривается его двойственное стремление: отрешить безусловно церковные владения, управление ими и судопроизводство в них от всякой подчиненности верховной власти, изолировать их в государстве, другими словами, гражданские права духовенства, как сословия, вознести на степень существенных прав самой Церкви, и в то же время в области Церкви всю власть сосредоточить в своих руках, водворить монархическое начало: эти две цели клонились к одной главной: возвести Церковь на степень самостоятельного государства в государстве. Поэтому все предшествующие учреждения (которыми Цари ввели управление церковными имениями в состав общего государственного управления, подчинив его своему надзору, нисколько, впрочем его не стесняя, Монастырский Приказ и пр.). Никон считал беззаконным вмешательством в судопроизводство церковное, расписание церковных имуществ, предписанное Царем возбуждало в нем негодование".
Нельзя не отметить также, что Никон был главным виновником прекращения работы Земских Соборов в царствование Алексея Михайловича. "Не сомневаемся, - заявляет С. Платонов, - что главным виновником перемены правительственного взгляда на соборы был патриарх Никон. Присутствуя на соборе 1648 года в сане архимандрита, он сам видел знаменитый собор; много позднее он выразил свое отрицательное к нему отношение в очень резкой записке. Во второй половине 1652 года стал Никон патриархом. В это время малороссийский вопрос был уже передан на суждение соборов. Когда же в 1653 году собор покончил с этим вопросом, новые дела уже соборам не передавались. Временщик и иерарх в одно и то же время, Никон не только пас Церковь, но ведал и все государство. При его то власти пришел конец земским соборам".
Митрополит Макарий говорит о гордости и властолюбии Никона в период его патриаршества. "Никон при всем уме не умел поставить себя на такой высоте, как следовало бы по отношению к своему царственному другу, не умел сдерживать своей необузданной гордости и властолюбия и с упорством оставался верен тому началу, которое высказал еще при избрании его на патриаршую кафедру, т.е. чтобы сам царь слушал его во всем, как Патриарха. В своей дружбе с царем Никон желал быть лицом господствующим и позволял себе такие вещи, которые не могли не оскорблять Государя и, повторяясь нередко, неизбежно должны были вести к столкновению и размолвкам, взаимному охлаждению друзей и наконец привести к разрыву".
Даже такой пристрастный защитник Никона, как проф. Зызыкин, и тот в своем исследовании "Патриарх Никон" пишет: "Конечно, Никон восстанавливал против себя своей бескомпромиссностью, прямолинейностью, суровостью". А Ключевский характеризует Никона так:
"Из русских людей XVII века я не знаю человека крупнее, своеобразнее Никона. Но его не поймешь сразу: это - довольно сложный характер и, прежде всего, характер очень неровный. В спокойное время, в ежедневном обиходе, он был тяжел, капризен, вспыльчив и властолюбив, больше всего самолюбив". Все, кто объективно подойдут к той отрицательной роли, которую, не желая, сыграл Никон в истории раскола русской православной Церкви, не могут не согласиться с следующим заключением Ю. Самарина:
"Вообще в этой многосложной и великой тяжбе Царя с Патриархом, правда и неправда, действительные вины Никона и клеветы на него возведенные, важное и ничтожное так перемешано и сбито, что, вероятно, уже оно не предстанет никогда во всей ясности и строгости. Может быть, к свержению Никона не было достаточных причин; может быть, он мог бы получить разрешение от бесстрастных судей; но не менее того, стремление Никона, мысль, которую он преследовал, но не успел осуществить, и которой современники и обвинители его не могли узреть ясно и очистить от мелких обстоятельств, эту мысль нельзя не осудить, как противную духу Православной Церкви. Никон хотел для Церкви независимости от государства в самом государстве, для Патриарха власти неограниченной, самодержавной, вообще замысел его клонился к тому, чтобы основать в России частный национальный папизм".
Поведение Никона после Отказа от Патриаршества, после того, как Царь не удовлетворил одного его требования, напоминает поведение не Патриарха, а строптивой женщины. То он отказывается от Патриаршества, хотя его к этому никто не вынуждал и благословляет на выборы нового Патриарха, потом просит прощения у Царя за свой образ действий, потом уходит в Воскресенский монастырь и до Царя снова доходят слухи, что Никон не хочет "быть в патриархах", то он является в Успенский Собор "сшел я с престола никем не гоним, теперь пришел на престол никем незванный".
Царь долго терпел все это странное поведение Патриарха (с июля 1658 г. до осени 1659 года) и только осенью велел созвать духовный собор.
И Духовный Собор решил, что поскольку Никон самовольно оставил паству, он должен быть лишен Патриаршества. Ибо... От начала Московского государства ни от кого не было такого бесчестия, какое учинил бывший Патриарх "Никон; для своей прихоти, самовольно без нашего повеления и без Соборного совета, Соборную Церковь оставил и патриаршества отрекся..." Никон обладал такими чертами характера, что он конечно, не мог быть Патриархом - духовным лицом, за действиями которого следят миллионы глаз. К Никону мы должны применить ту же мерку, что и к Петру Первому. Мало того, что они желали блага народа. Исторических деятелей судят не за их благие намерения, а за результаты их благих намерений. Благих же результатов не принесли ни дело Никона, ни дело Петра I... Тут большую роль сыграло как, какими методами пытались они провести в жизнь свои хорошие замыслы..