Время, которое Э. Крепелин провел в лаборатории В. Вундта за изучением только-только зарождавшихся экспериментальной психологии и факультетской психологии, принесло ему бесценный интеллектуальный опыт. Уже вскоре после начала работы в лаборатории Э. Крепелин стал использовать при изучении природы психических заболеваний ключевые понятия экспериментальной психологии и факультетской психологии, введенные В. Вундтом на основе данных, полученных в ходе психологического эксперимента, например, такие, как «апперцепция» или «психофизический параллелизм», а также их методологию (например, практику проведения психологического эксперимента для изучения времени реакции на тот или иной раздражитель или для изучения когнитивных способностей, особенностей эмоционального реагирования и др.).
В своей инаугурационной лекции в Дерптском университете Э. Крепелин впервые публично заявил о своем категорическом несогласии с доминировавшим в то время в немецкой и мировой психиатрии мнением о том, что для понимания и описания всех психических заболеваний и психических процессов необходимо и достаточно глубокое изучение анатомии и физиологии головного мозга, механизмов его функционирования и что до выявления этих механизмов любые попытки классификации психических заболеваний, любое изучение и описание их течения, клинической симптоматики и феноменологии или изучение головного мозга и порождаемых им психических и психологических явлений как «черного ящика», не имеют смысла, ненаучны или абсурдны.
При этом Э. Крепелин, вовсе не отрицая, что материальным субстратом всех психических заболеваний и всех наблюдаемых психических и психологических явлений служит головной мозг и протекающие в нем реакции, указывал на то, что большинство механизмов работы головного мозга пока неизвестно (многие из них неизвестны или не до конца понятны даже сегодня). Более того, он указал, что детальное изучение механизмов работы головного мозга с использованием тех грубых инструментов изучения головного мозга, которыми психиатрия обладала в его дни, невозможно или недостижимо. Указывая на это, Э. Крепелин заявил, что, пока у психиатрии нет возможности детально изучить механизмы работы головного мозга на клеточном уровне и установить «органические», нейробиологические причины всех психических заболеваний, неразумно отказываться от изучения головного мозга как «черного ящика», от применения в психиатрии методов экспериментальной психологии и факультетской психологии, от детального описания и попыток классификации психических заболеваний на основании их клинической симптоматики, феноменологии, характерного течения и прогноза.
В Дерптской лекции он изложил собственный взгляд на будущее научных исследований в психиатрии и на будущее системы психиатрической помощи. Сначала он отдал дань уважения В. Гризингеру, поставившему психиатрию на прочный естественнонаучный фундамент и впервые постулировавшему, что все явления психической жизни имеют материальный субстрат – головной мозг и происходящие в нем реакции, а все психические заболевания имеют причиной нарушения анатомического строения либо функционирования головного мозга. Таким образом, именно В. Гризингер первым превратил психиатрию в настоящую науку, способствовал повышению ее статуса и престижа в глазах студентов-медиков и врачей, преодолению разрыва между психиатрией и неврологией, между психиатрией и соматической медициной. Как сказал Э. Крепелин в лекции, «к вечной заслуге В. Гризингера необходимо отнести то, что он превосходно продвинул необходимость и обосновал причины для прочного и глубокого объединения психиатрии с неврологией и с общей медициной».
Кроме того, Э. Крепелин указал, что В. Гризингер и позднее его ученики, проводившие посмертное патологоанатомическое исследование головного мозга больных прогрессивным параличом, деменцией, эпилепсией, получили интересные результаты, указывающие на наличие грубой органической патологии ЦНС при этих неврологических заболевания. Вначале это открытие вызвало у ученых энтузиазм и надежду, что в дальнейшем посмертное изучение анатомии и гистологии головного мозга пациентов с психическими заболеваниями позволит таким же образом установить этиологию остальных психических заболеваний, а затем разработать их патологоанатомически обоснованную классификацию. Однако, как показали следующие десятилетия бесплодных попыток обнаружить и идентифицировать нейроанатомические или нейрогистологические причины других психических заболеваний (или, как выразился Э. Крепелин, «большинства фундаментальных форм безумия»), надежды оказались тщетными. По выражению Крепелина, эти попытки «не принесли никаких окончательных достижений».