Назначение Примакова ознаменовало раскол в системе олигархии. Впервые с октября 1993 года, когда Ельцин распустил Верховный Совет, он столкнулся с альтернативным центром власти.
Примаков быстро доказал, что хочет добиться политической независимости правительства от олигархов и Администрации Президента. С этой целью он санкционировал расследование дел «семьи» Ельцина, группы, стоящей у вершины власти, куда входили дочери Ельцина Татьяна Дьяченко и Елена Окулова, Валентин Юмашев, глава Администрации Президента, Борис Березовский, Павел Бородин, ответственный за управление недвижимым имуществом в Администрации Президента, и другие олигархи и государственные чиновники, тесно связанные с Ельциным.
Расследование началось с Березовского, на которого в январе 1999 года пало подозрение в присвоении денежных средств, принадлежавших Аэрофлоту. Но задолго до начала этого расследования генеральный прокурор Юрий Скуратов занимался расследованием возможных выплат Бородину швейцарской фирмой «Мабетекс» в связи со строительными и восстановительными работами в Кремле — делом, к которому оказались причастны дочери Ельцина.
Осенью 1997 года Карле дель Понте, генеральному прокурору Швейцарии, были предоставлены полицейские отчеты о том, что представители российской организованной преступности контролируют более 300 швейцарских фирм и что швейцарский бизнесмен албанского происхождения Беджет Пакколи, стоявший во главе «Мабетекса», снабжал неизвестно как приобретенными средствами Ельцина и его дочерей. В сентябре 1998 года эти документы были направлены Скуратову.
22 января 1999 года был произведен обыск в офисе «Мабетекса» в Лугано и были обнаружены записи с указанными в них выплатами на общую сумму 600 000 долл. по кредитным картам дочерей Ельцина. Также оказалось, что Пакколи выплачивал денежные суммы Бородину и что бывший помощник президента «Мабетекса» Виктор Столповских получил от Пакколи комиссионные в размере около 8 млн долл., которые он, очевидно, поделил между большим числом российских должностных лиц.
Вооружившись сообщением дель Понте о результатах расследования, Скуратов продолжил следствие по делу, связанному с «Мабетексом», а также более интенсивно занялся изучением деятельности Березовского. 2 и 4 февраля до зубов вооруженные агенты Федеральной службы безопасности ворвались в офисы Аэрофлота и частного охранного предприятия «Атолл», также связанного с Березовским. Теперь становилось ясно, что предпринимаются серьезные усилия для раскрытия коррупции и что ниточки тянутся к «семье» Ельцина. Примерно в это же время скрытой видеокамерой сняли Скуратова, занимавшегося сексом с двумя проститутками в сауне, принадлежащей солнцевской криминальной группировке. Дьяченко показала видеозапись своему отцу, и Николай Бордюжа, глава Совета Безопасности РФ, вызвал Скуратова и попросил его подать в отставку. Скуратов формально согласился, но решил подождать голосования в Совете Федерации, который, согласно конституции, должен одобрить отставку Генерального прокурора. 17 февраля Совет Федерации отказался голосовать за смещение Скуратова. После этого Скуратов приказал своим сотрудникам продолжать расследование дела Березовского.
После того, как Совет Федерации отказался уволить Скуратова, представители «семьи» Ельцина тайно предлагали ему выступить в качестве обвинителя Березовского и прекратить расследование, связанное с «Мабетексом». Скуратов отказался. В марте он получил от швейцарской стороны более подробные отчеты о «Мабетексе». Руководитель расследования Георгий Чуглазов заявил, что 90 % содержания отчетов были правдой, а Скуратов прокомментировал это так, что утверждение дель Понте о взятке в 10 млн долл. высокопоставленным российским чиновникам «выглядит вполне реальной суммой, которую, впрочем, нужно еще доказать»[54].
17 мая в Совете Федерации вновь было проведено голосование по поводу снятия Скуратова и вновь он остался на своем посту. Через несколько дней по государственному телевизионному каналу РТР во время передачи новостей была показана видеозапись, сделанная в сауне солнцевской группировки. После этого Ельцин назначил Владимира Путина, малоизвестного руководителя ФСБ, вместо Бордюжи на должность главы Совета Безопасности (при этом он оставался главой ФСБ). Под руководством Путина против Скуратова было открыто уголовное дело. Его сексуальные развлечения, заснятые на видео, интерпретировались как взятка натурой в обмен на оказанные услуги. На этом основании Ельцин снял с поста Скуратова и назначил временно исполняющего обязанности прокурора. Ордер на арест Березовского был немедленно аннулирован. Накануне третьего голосования по поводу Скуратова в Совете Федерации Ельцин попытался оказать давление на сенаторов, обещая им перераспределить власть во многих регионах. Но сенаторы на закрытом заседании выслушали доклад Скуратова о коррупции среди высокопоставленных лиц и проголосовали в поддержку его 79-ю голосами против 61-го. Для «семейства» Ельцина теперь самой жизненно важной задачей стало назначение постоянно действующего прокурора, который покончил бы с расследованием «Мабетекса».