Старец — игумен Великих Метеор. Его многосторонняя деятельность в Трикской митрополии
Митрополит Трикский Дионисий, горячо любивший монашество, в конце 1961 года отозвал отца Эмилиана из Дусйку и поставил игуменом в монастырь
Преображения в Великих Метеорах. Там отец Эмили- ан жил сначала в одиночестве. Несмотря на свое хрупкое здоровье, он неутомимо совершенствовался в аскетической, сокровенной и таинственной жизни, подкрепляя себя великодушным терпением. Ночи он проводил в бдении, непрестанно молился, скрупулезно и систематично изучал аскетические и прочие святоотеческие творения. С неутолимой жаждой он искал и исследовал все тексты, относящиеся к организации и деятельности православного монашества, особенно общежительного, вникал в содержание монашеских установлений Православной Восточной Церкви и уставов выдающихся древних монастырей.
Несмотря на то, что жизнь старца протекала в подвиге безмолвия, 1 января 1962 года митрополит возводит его в сан архимандрита и возлагает на него служение проповедника и духовника, а также поручает работу по окормлению молодежи епархии, назначив его
одновременно настоятелем храма Богородицы Посетительницы в городе Трикала.
С тех пор и до самой своей болезни старец служил почти ежедневно. Всегда спокойный, радостный, приветливый, благородный и священнолепный, он жил и животворился Хлебом жизни. Бога нося во утробе своей и Божественным сиянием блистая, вышел он к верующим из своих пещер как «светильник, горящий и светящий», привлекая народ Божий своими духоносными проповедями и научая его «со всякой премудростью и разумением духовным».
У дверей исповедальни его всегда окружало множество молодежи и детей, ради которых он не жалел труда и времени, слезной молитвы, «а притом и самой жизни своей». С этого времени начался новый период в жизни досточтимого старца. Он был уже не один, но стал отцом для множества «сынов и дщерей» Божиих, он жил и сознавал себя истинным апостолом. Свою жизнь он посвящал духовным чадам с полной свободой, никогда не ожидая ни малейшего воздаяния или ответного чувства. Среди множества его учеников было немало таких, которые решили посвятить себя монашеской жизни (со временем из них сформировался первоначальный костяк братства монастыря в Метеорах), другие избрали для себя священство, третьи решили вести семейную жизнь в миру. Однако все его ученики ощущали себя одной большой духовной семьей, собравшейся вокруг монастыря.
В 1963 году в Великих Метеорах поселились два первых монаха. В 1965–1966 годах послушниками отца Эмилиана стали многие выпускники гимназии. 6 августа 1966 года митрополит Дионисий, старец отца Эмилиана, постриг его в великую схиму. Возрождение монашеской жизни в Метеорах и преуспеяние молодого, но уже духовно богатого чада весьма радовали преосвященного архипастыря и наполняли его сердце благими надеждами.
С самого начала своей жизни в Метеорах отец Эмилиан установил духовные связи с современными ему подвижниками: отцом Афанасием (Хамакиотисом), отцом Димитрием Гагастафисом, отцом Амфилохием Патмосским, отцом Филофеем (Зервакосом), отцом Симоном (Арванитисом), отцом Дамаскином (Катракулисом). В этот же период старец сблизился со знаменитыми ныне сербскими иерархами, высокопреосвященным Амфилохием (Радовичем) и преосвященным Афанасием (Евтичем) — тогда еще студентами Афинского университета, духовными чадами святого старца, прп. Иустина (Поповича), столпа Сербской церкви. (В 1976 году отец Эмилиан посетил прп. Иустина уже как игумен монастыря Симонопетра.)
В то же время отец Эмилиан начал совершать и паломнические поездки на Святую гору, желая обогатиться духовным опытом ее подвижников. Он познакомился с блаженной памяти старцем Паисием и, поднявшись почти до вершины Афона, встретился с великим делателем послушания отцом Ефремом Катунакским. С тех пор между ним и отцом Ефремом установилась особенная духовная связь, про которую последний часто говорил: «Я нашел своего старца, которого потерял, другого старца Иосифа, златоустого и досточтимого отца Эмилиана».