В 1968 году отец Эмилиан постриг молодых послушников и с глубокой предусмотрительностью, или, лучше сказать, прозорливостью, заложил основы общежительной жизни нового братства Метеор. Имея проницательный взор, он с самого начала избрал себе преемника, в то время ученика гимназии Эммануила Раптиса, а ныне игумена монастыря Симонопетра, архимандрита Елисея.
Одновременно старец заботился и об устроении женского монастыря. К 1972 году, после многолетних испытаний и трудностей, начало свою жизнь сестринство, которое, во главе с нынешней игуменией Никодимой, временно поселилось в монастыре Святых Феодоров вблизи Метеор. Хотя сестринство в то время делало лишь свои первые шаги, мудрый старец уже готовил для него устав — свое духовное завещание, единственный собственноручно им написанный текст, который он передал сестрам 5 мая 1975 года — тогда, когда они окончательно обосновались на территории современного монастыря Ормилия.
Игуменство в монастыре Симонопетра
В январе 1970 года неожиданно отошел ко Господу митрополит Дионисий. Желая обрести более подходящее для монашеского жительства место, вдали от шума и наплыва туристов, братство Великих Метеор в конце 1973 года переселилось на Святоименную гору. Этому способствовали и настойчивые просьбы насельников монастыря Симонопетра, страдавшего от малочисленности братии. Так как место игумена по кончине архимандрита Харалампия пустовало, 25 ноября 1973 года прежняя братия обители Симонопетра, согласно святогорским правилам, провела выборы нового игумена. Им стал отец Эмилиан. 17 декабря последовала его интронизация Священным Кинотом.
Святогорские отцы приветствовали переселение метеорского братства на Афон, возлагая на него большие надежды: и в самом деле, этому примеру последовали и другие братства, так что число монахов на Святой горе впоследствии значительно возросло.
Досточтимый старец, не оставляя своего молитвенного бдения, служения Божественной литургии и исполнения прочих обязанностей, с ревностью приступил к реорганизации внутренней жизни нового братства. С мудростью и рассудительностью он принял святогорскую традицию с ее уставами, но приложил к ней и свою личную печать: основываясь на Божественных писаниях святых отцов, которые он усердно изучал, он создал устав монастыря. С любовью и уважением относясь к опыту старых насельников монастыря, отец Эмилиан, значительно пополнив братство, присоединил к этому опыту юношеский энтузиазм, целеустремленность и ревность молодых монахов. Своим добрым управлением и отеческим окормлением старец восстановил авторитет этого славного древнего монастыря, продолжив многовековое монашеское предание обители.
Организация подворий монастыря Симонопетра в Греции и за ее пределами
После обоснования братства на Святой горе старец по-отечески заботился о благоустройстве сестринства, переехавшего 5 июля 1974 года в Ормилию (Халкидики), на старое Благовещенское подворье обители Ватопед. Это подворье было куплено монастырем Симонопетра и, по соизволению местного епископа и при содействии Священного Кинота, стало с того времени подворьем обители Симонопетра. Старец подъял на себя огромные труды и перенес множество скорбей ради восстановления этого маленького разрушенного подворья, став для новосозданной обители мудрым и благородным ктитором. Все приходилось начинать с нуля. Для того чтобы сестры могли вести уединенную монашескую жизнь, отец Эмилиан
в 1980 году начал, содействием Божией благодати, с помощью верующих людей строительство монастырских зданий, так что примерно через пятнадцать лет на этом месте вырос большой общежительный монастырь. Неописуемы были радость и волнение старца 14 сентября 1980 года при закладке на подворье монастырского собора митрополитом Кассандры Синезием, в лице которого отец Эмилиан нашел рассудительного и благоразумного архипастыря.
25 октября 1991 года подворье приобрело статус Патриаршего ставропигиального монастыря, что подтверждается официальной грамотой блаженнейшего Вселенского патриарха Варфоломея.
Следуя примеру святых отцов, всегда приходивших на помощь своим ближним в их нуждах и немощах, старец в 1982 году вблизи подворья основал Центр духовной и социальной поддержки «Богородица Человеколюбивая» на средства, унаследованные от приснопамятного капитана Иоанна Хаджипатераса. Центр работает под наблюдением и при попечении сестринства как скромное и бескорыстное приношение сестер Ормилии населению округи.