Те христианские книги, какие не вошли в канон, хотя и высказывали на это притязания, были признаны апокрифическими и предназначены едва ли не на полное уничтожение.[9]
Книги новозаветные нашли себе место в каноне соответственно своей важности и времени своего окончательного признания. На первом месте, естественно, стали четыре Евангелия, за ними – книга Деяний Апостольских и затем Апокалипсис образовали собою заключение канона. Но в отдельных кодексах некоторые книги занимают не то место, какое они занимают у нас теперь. Так, в Синайском кодексе книга Деяний Апостольских стоит после посланий Апостола Павла. Греческая Церковь до 4-го века соборные послания помещала после посланий Апостола Павла Само название “соборные” первоначально носили только 1-е Петра и 1-ое Иоанна и только со времени Евсевия Кесарийского (4 в.) это название стало применяться ко всем семи посланиям. Со времени же Афанасия Александрийского (половина 4-го в.) соборные послания в греческой Церкви заняли их настоящее место. Между тем на западе их по-прежнему помещали после посланий Апостола Павла. Даже и Апокалипсис в некоторых кодексах стоит ранее посланий Апостола Павла и даже ранее книги Деяний. В частности, и Евангелия идут в разных кодексах в разном порядке. Так, одни, несомненно, ставя на первое место апостолов, помещают Евангелия в таком порядке: Матфея, Иоанна, Марка и Луки, или, придавая особое достоинство Евангелию Иоанна, ставят его на первое место. Другие ставят на последнем месте Евангелие Марка, как самое краткое. Из посланий Апостола Павла первоначально первое место в каноне занимали два к Коринфянам, а последнее – к Римлянам (фрагмент Муратория и Тертуллиан). Со времени же Евсевия первое место заняло послание к Римлянам, – как по своему объему, так и по важности церкви, к которой оно написано, действительно, заслуживающее этого места. В расположении четырех частных посланий (1 Тим., 2 Тим., Тит., Флп.) руководились, очевидно, их объемом, приблизительно одинаковыми. Послание к Евреям на Востоке ставилось 14-м, а на западе – 10-м в ряду посланий Апостола Павла Понятно, что западная церковь из числа соборных посланий на первом месте поставила послания Апостола Петра. Восточная же Церковь, ставя на первое место послание Иакова, вероятно, руководилась перечислением апостолов у Апостола Павла (Гал. 2:9[10]).
В течение средних веков канон оставался неоспоримым, тем более что книги Нового Завета сравнительно мало читались частными лицами, а при богослужении из них читались только известные зачала или отделы. Простой народ больше интересовался чтением сказаний о жизни святых, и католическая Церковь даже с некоторым подозрением смотрела на интерес, какой отдельные общества, как, напр., вальденсы, обнаруживали к чтению Библии, иногда даже воспрещая чтение Библии на народном языке. (Вальденсы – приверженцы средневековой ереси, зародившейся в конце XII в. в Лионе (Франция). Зачинатель Пьер Вальдо. Вальденсы призывали к евангельской бедности, аскетизму; выступали против католической церкви, отвергали необходимость духовенства. Прим. ред.) Но в конце средних веков гуманизм возобновил сомнения относительно писаний Нового Завета, которые и в первые века составляли предмет споров. Реформация еще сильнее стала возвышать свой голос против некоторых новозаветных писаний. Лютер в своем переводе Нового Завета (1522 г.) в предисловиях к новозаветным книгам высказал свой взгляд на их достоинство. Так, по его мнению, послание к Евреям написано не апостолом, как и послание Иакова. Не признает он также и подлинность Апокалипсиса и послания Апостола Иуды. Ученики Лютера пошли еще дальше в строгости, с какой они относились к различным новозаветным писаниям и даже стали прямо выделять из новозаветного канона “апокрифические” писания: до начала 17-го века в лютеранских библиях даже не исчислялись в числе канонических 2-е Петра, 2-е и 3-е Иоанна, Иуды и Апокалипсис. Только потом исчезло это различение писаний и восстановился древний новозаветный канон. В конце 17-го столетия, однако, появились сочинения критического характера о новозаветном каноне, в которых высказаны были возражения против подлинности многих новозаветных книг. В том же духе писали рационалисты 18-го века (Землер, Михаелис, Эйхгорм), а в 19-м в. Шлейермахер высказал сомнение в подлинности некоторых Павловых посланий, Де-Ветте отверг подлинность пяти из них, а Ф. X. Баур признал из всего Нового Завета подлинно апостольскими только четыре главных послания Апостола Павла и Апокалипсис.