Но собственно первый период истории канона — это период мужей апостольских и христианских апологетов, продолжающийся приблизительно с конца 1-го века и до 170-го года. В этот период мы находим большей частью довольно ясные указания на книги, вошедшие в новозаветный канон; но писатели этого периода все-таки очень редко прямо обозначают, из какой священной книги они берут то или другое место, так что у них мы находим так называемые "глухие цитаты". Притом, как говорит Барт в своем "Введении в Новый Завет" (изд. 1908 г., с. 324), в те времена еще в полном расцвете были духовные дарования и было много богодухновенных пророков и учителей, так что искать первоисточники для своих учений писатели 2-го века могли не в книгах, а в устном учении этих пророков и вообще в устном церковном предании.
Во второй период, продолжающийся до конца третьего века, появляются уже более определенные указания на существование принятого Церковью состава новозаветных священных книг. Так, фрагмент, найденный ученым Мураторием в Миланской библиотеке и относящийся приблизительно к 200-210 гг. по Р. Хр., дает историческое обозрение почти всех новозаветных книг: не упомянуто в нем только о послании к Евреям, о послании Иакова и о 2-м послании Апостола Петра. Этот фрагмент свидетельствует, конечно, главным образом о том, в каком составе устанавливался канон к концу 2-го в. в западной Церкви. О состоянии канона в восточной Церкви свидетельствует сирийский перевод Нового Завета, известный под именем Пешито. В этом переводе упомянуты почти все наши канонические книги, за исключением 2-го посл. Апостола Петра, 2-го и 3-го послания Иоанна, послания Иуды и Апокалипсиса. О состоянии канона в церкви Карфагенской свидетельствует Тертуллиан. Он удостоверяет подлинность послания Иуды и Апокалипсиса, но за то не упоминает о посланиях Иакова и 2-м Апостола Петра, а послание к Евреям приписывает Варнаве. Святой Ириней Лионский является свидетелем о веровании церкви Галльской. По нему, в этой церкви признавались каноническими почти все наши книги, исключая 2-е послание Апостола Петра и послание Иуды. Не цитируется также послание к Филимону. О веровании александрийской Церкви свидетельствуют святой Климент Александрийский и Ориген. Первый пользовался всеми новозаветными книгами, а последний признает апостольское происхождение всех наших книг, хотя сообщает, что относительно 2-го послания Петра, 2-го и 3-го послания Иоанна, послания Иакова, послвания Иуды и послания к Евреям были в его время несогласия.
Таким образом, во второй половине второго века, несомненно, богодухновенными апостольскими произведениями признавались повсюду в Церкви следующие священные книги: четыре Евангелия, книга Деяний Апостольских, 13 посланий Апостола Павла, 1-е Иоанна и 1-е Петра. Прочие же книги были менее распространены, хотя и признавались Церковью за подлинные. В третий период, простирающийся до второй половины 4-го века, канон окончательно устанавливается в том виде, какой он имеет в настоящее время. Свидетелями веры всей Церкви выступают здесь: Евсевий Кесарийский, Кирилл Иерусалимский, Григорий Богослов, Афанасий Александрийский, Василий Великий и др. Наиболее обстоятельно говорит о канонических книгах первый из этих свидетелей. По его словам в его время одни книги были признаваемы всею Церковью (τα όμολούγομενα). Это именно: четыре Евангелия, книги Деяний, 14 посланий Апостола Павла, 1-е Петра и 1-е Иоанна. Сюда он причисляет, впрочем с оговоркой ("если угодно будет"), и Апокалипсис Иоанна. Затем у него идет класс спорных книг (αντιλεγόμενα), разделяющийся на два разряда. В первом разряде он помещает книги, принятые многими, хотя и пререкаемые. Это — послания Иакова, Иуды, 2-е Петра и 2-е и 3-е Иоанна. Ко второму разряду он относит книги подложные (υόθα), каковы: деяния Павла и др., а также, "если угодно будет", и Апокалипсис Иоанна. Сам же он все наши книги считает подлинными, даже и Апокалипсис. Решительное же влияние в восточной церкви получил перечень книг Нового Завета, имеющийся в пасхальном послании святого Афанасия Александрийского (367-го года). Перечислив все 27 книг Нового Завета, святой Афанасий говорит, что только в этих книгах возвращается учение благочестия и что от этого собрания книг ничего нельзя отнимать, как нельзя что-либо прибавлять к нему. Принимая во внимание великий авторитет, какой в восточной церкви имел святой Афанасий, этот великий борец с арианством, можно с уверенностью заключить, что предложенный им канон Нового Завета был принят всей восточной Церковью, хотя после Афанасия не последовало какого-либо соборного решения относительно состава канона. Заметить нужно, впрочем, что святой Афанасий указывает при этом на две книги, которые хотя и не канонизованы Церковью, но предназначены для чтения вступающим в Церковь. Эти книги — учение (двенадцати) апостолов и Пастырь (Ерма). Все остальное святой Афанасий отвергает, как еретическое измышление (т.е. книги, носившие ложно имена апостолов). В западной Церкви канон Нового Завета в настоящем его виде окончательно установлен на соборах в Африке — Иппонийском (393-го г.) и двух Карфагенских (397 и 419 г.). Принятый этими соборами канон Нового Завета римская церковь санкционировала декретом папы Геласия (492-496).