В пореформенную эпоху, в 60-е годы драма «выломившегося» протопопа перерастает в подлинную трагедию, кульминация и развязка которой переданы Лесковым с огромной художественной силой. Все более и более буйным становится строптивый протопоп по мере обострения социальных противоречий в стране. Преследуемый и церковными и гражданскими властями, старый священник решается на необычайный по дерзости (для данной социальной среды, разумеется) шаг: он сзывает в церковь в один из официально-служебных дней все чиновничество провинциального города и духовно «посрамляет мытарей»: произносит проповедь, в которой обвиняет чиновников во внешне-служебном, казенном отношении к религии, в «наемничьей молитве», которая «церкви противна». По мысли Туберозова, жизнь и ежедневные дела собравшихся в церкви чиновников обнаруживают, что эта «наемничья молитва» не случайна — в самой их жизни нет ни капли того «христианского идеала», которому служит сам Туберозов. Поэтому — «довлело бы мне взять вервие и выгнать им вон торгующих ныне в храме сем». Естественно, что после этого на Туберозова обрушиваются и церковные и гражданские кары. «Не хлопочи: жизнь уже кончена, начинается житие», — так прощается со своей протопопицей увозимый для наказания в губернский город Туберозов. Общественные, межсословные нормы бюрократического государства обрушивались в кульминации на Настю и на Катерину Измайлову. Кульминацию «Соборян» составляет вызов, брошенный Туберозовым общественным и межсословным отношениям. Особенно явственно в этих частях книги выступает литературная аналогия, настойчиво проводимая Лесковым и отнюдь не случайная для общей концепции «Соборян»: буйный старгородский протоиерей отчетливо напоминает центрального героя гениального «Жития протопопа Аввакума».
Существенно важно для понимания общей противоречивости идейной и художественной структуры «Соборян» то обстоятельство, что врагами неистового правдолюбца Туберозова оказываются не только духовные и светские чиновники, представляющие административный аппарат самодержавно-крепостнического государства, но и бывшие «нигилисты». Более того: бывшие «нигилисты» действуют в книге сообща, в союзе с чиновниками в рясах и вицмундирах. Так же как и в романах «Некуда» и особенно «На ножах», Лесков показывает не передовых людей 60-х годов, а своекорыстную и анархиствующую человеческую накипь, которая живет по принципу «все позволено» и которая не стесняется в средствах ради достижения своих мелких целей. Здесь, в изображении козней чиновников Термосесова и Борноволокова, которых Лесков настойчиво стремится выдать за бывших представителей передового общественного движения эпохи, Лесков допускает грубый выпад против прогрессивных общественных кругов.
Ошибка эта связана с общей противоречивостью идейного состава «Соборян». Лесков не считает бунт протопопа Туберозова явлением случайным и частным: в этом бунте, по мысли писателя, отражается общий кризис крепостнического строя и распад старых сословно-классовых связей. В применении к Туберозову не случайно в книге настойчиво употребляется слово «гражданин», сам непокорный церковнослужитель свое неистовое буйство осмысляет как акт гражданского служения, выполнение общественного долга, который возникает перед каждым человеком любой сословной группы в новых исторических условиях. Особая острота борьбы Туберозова с Термосесовыми, Борноволоковыми и Препотенскими, по мысли протопопа и самого автора, состоит в том, что «это уже плод от чресл твоих возрастает», как выражается Туберозов, или, иначе говоря, действия Борноволоковых и Термосесовых представляются Лескову одной из форм общественного кризиса, который выражался и в дореформенной деятельности людей типа самого Туберозова. Туберозов и Борноволоковы борются на одной исторической почве, разный способ их действий имеет одну и ту же общественную предпосылку — исторический кризис крепостничества.
Омертвению и распаду старых общественных форм, крайностям «нигилизма» Туберозов противопоставляет идею духовной самобытности национального развития. Согласно его мысли, особая трудность положения в пореформенную эпоху состоит именно в поисках самобытных путей национального развития: «иносказательная красавица наша, наружная цивилизация, досталась нам просто; но теперь, когда нужно знакомиться с красавицей иною, когда нужна духовная самостоятельность… и сия красавица сидит насупротив у своего окна, как мы ее достанем?» Самобытные пути национального развития, по Лескову, предполагают чувство единства и органичности национальной истории. Одним из центральных эпизодов «Соборян» является эпизод с «плодомасовскими карликами», рассказ дворового человека, карлика Николая Афанасьевича о своей жизни у боярыни Плодомасовой. Боярыня Плодомасова дается Лесковым как оригинальный, цельный характер крепостнической эпохи. Она и умна, и смела, и даже по-своему добра. Она хорошо относилась к своему дворовому карлику, но он никогда не был для нее человеком, личностью. Она готова женить его для своей потехи, приходит в неистовство, когда это не удается, она осыпает его благодеяниями, но ей никогда не приходит в голову то, что карлик — не орудие ее потехи или ее благодеяний, а самостоятельная личность, со своей собственной и довольно сложной душевной жизнью. Оригинальность лесковского построения здесь в том, что карлик бунтует в тот самый момент, когда он, казалось бы, находится на вершине благополучия: боярыня освободила «от крепости» всю его семью и всячески облагодетельствовала его самого. Даже до кроткого, смиренного карлика доходит то, что сами эти благодеяния — форма произвола, своеобразная прихоть, и что сам он как личность, как человек — в соображение не принимается. Плодомасова раздавила, предельно оскорбила карлика благодеяниями, вызванными прихотью, произволом, принявшим форму «добра». Обезумевший карлик кричит в лицо своей благодетельнице: «Ты! Так это все ты, жестокая, стало быть, совсем хочешь раздавить меня благостию своей!» Позднее, уже после смерти Плодомасовой, карлик с умилением вспоминает о своей «благодетельнице», и чем больше он умиляется, тем страшнее читателю. Оскорбленное человеческое достоинство только на минуту прорвалось гневом, дальше пошла идиллия. Умиление карлика — форма обесчеловеченности человека. Далее в идейной концепции книги происходит своеобразный и очень резкий перелом: оказывается, главной проблемой в борьбе с крепостничеством является проблема личности, личного достоинства. Личное достоинство обретается только в осознанном единстве, связи с национальным историческим развитием. Протопоп Туберозов делает следующие выводы из рассказанного карликом: «Да, вот заметьте себе, много, много в этом скудости, а мне от этого пахнуло русским духом. Я вспомнил эту старуху, и стало таково и бодро, и приятно, и это бережи моей отрадная награда. Живите, государи мои, люди русские, в ладу со своею, старой сказкой. Чудная вещь старая сказка! Горе тому, у кого ее не будет под старость!» Чисто личные отношения, чисто личный конфликт между крепостником и рабом — это и есть одна из форм «старой сказки». Конфликт находит разрешение в нравственной сфере. И в современных условиях необходимо опираться в своей борьбе на «старую сказку», на национальную самобытность развития, которая является источником своеобразия личности, источником ее морального совершенства. Протопоп Туберозов в своем бунте против бюрократически оцепенелых форм казенной церкви и омертвевшей государственности опирается на протопопа Аввакума, на «старую сказку», на вырабатываемые в процессе национального развития «вечные» нравственные нормы. Его бунт — это бунт личности, яркой, красочной и самобытной, против омертвевших общественных норм. Проблематику национальную и моральную Лесков противопоставляет проблематике социальной — в этом источник крайней идейной противоречивости «Соборян». Этим же объясняется и наличие реакционных выпадов против передового общественного лагеря на страницах книги.