Все эти переклички между «Архиереем» и произведениями, написанными начиная с конца 80-х годов, могут отчасти служить комментарием к словам Чехова о давнем происхождении замысла рассказа.
Итак, в декабре 1899 г., за два с лишним года до окончания работы над «Архиереем», у Чехова уже были план рассказа, записи отдельных деталей, название будущего произведения. Но работа над «Архиереем» оказалась чрезвычайно долгой и мучительной.
Процесс писания рассказа восстанавливается по письмам Чехова 1899–1902 годов.
Когда в ноябре 1899 г., работая над повестью «В овраге», Чехов сообщал М. П. Чеховой: «Пишу большую повесть, скоро кончу и начну другую» (письмо от 14 ноября), — он имел в виду, несомненно, «Архиерея», вскоре обещанного в журнал Миролюбова. Повесть «В овраге» была закончена 20 декабря, и дальнейшая писательская работа Чехова могла продолжаться до 17 января следующего, 1900 г., когда Чехов заболел и затем всю зиму не мог работать. Этот короткий промежуток времени — конец декабря 1899 г. — первая половина января 1900 г., — видимо, и были временем начала работы над текстом «Архиерея». В письме к Б. А. Лазаревскому от 2 апреля 1900 г. Чехов упоминает о «начатых рукописях», которые «в беспорядке валяются <…> по всему столу», — одна из этих рукописей могла быть рукописью «Архиерея». Только в начале ноября 1900 г., после завершения пьесы «Три сестры», Чехов вернулся к прерванной работе над прозаическими произведениями. «Пишу повести», — сообщал он А. С. Суворину 16 ноября. Несомненно, на первом месте при этом был «Архиерей»: Миролюбов напоминал Чехову о данном им обещании в своих письмах от 11 и 30 декабря 1899 г., 9 февраля, 3 апреля, 21 августа, 8 и 19 сентября 1900 г. (ГБЛ). И этот, второй подступ к рассказу был коротким: в ноябре — декабре 1900 г. Чехов исправлял для собрания сочинений водевиль «Свадьба», а с 14 декабря, приехав в Ниццу, переписывал и переделывал пьесу «Три сестры».
С последних дней декабря 1900 г. появилась возможность вернуться к работе над новыми произведениями. Вновь их названия Чеховым не упомянуты, но замысел «Архиерея», несомненно, уже не оставлял его. Работа шла медленно: мешали нездоровье, праздные посетители, появились творческие сомнения. «Я теперь пишу и буду писать, чтобы летом ничего не делать» (письмо к О. Л. Книппер от 2 января 1901 г.); «Я пишу, конечно, но без всякой охоты. Меня, кажется, утомили „Три сестры“, или попросту надоело писать, устарел. Не знаю. Мне бы не писать лет пять, лет пять путешествовать, а потом вернуться бы и засесть» (ей же, 21 января).
В феврале — марте 1901 г. в Ялте был Миролюбов. Очевидно, при встречах с Чеховым он снова просил дать рассказ для «Журнала для всех». 16 марта Чехов сообщал О. Л. Книппер о том, что он пишет «рассказ под названием „Архиерей“».
Уезжая в Аксеново Уфимской губернии в мае, Чехов взял с собой начатый текст «Архиерея» — по возвращении Чехова в Ялту Книппер спрашивала его: «Вынул ли ты своего „Архиерея“ из чемодана? Принялся ли за него?» (письмо от 27 августа — Переписка с Книппер, т. I, стр. 431). В эти месяцы Миролюбов настойчиво просил прислать рассказ. 27 июля он писал: «Жду от Вас рассказа, объявленного подписчикам» (ГБЛ). На это письмо Чехов ответил 3 августа: «Первое, что я напишу, это будет рассказ для „Журнала для всех“. Я вышлю на Ваше имя, а Вы пришлете мне корректуру — это непременно».
Вернуться к работе над рассказом состояние здоровья позволило Чехову только в конце августа 1901 г.; отвечая на письмо Книппер, Чехов писал ей 31 августа: «„Архиерея“ вынул из чемодана». Но и на этот раз работе не суждено было завершиться. «Я нездоров», — сообщил он жене 5 сентября. Несмотря на нездоровье, 15 сентября Чехов выехал в Москву и пробыл там до 26 октября. Из Москвы он писал Миролюбову: «Простите, голубчик, я не выслал Вам до сих пор рассказа. Это оттого, что я прервал работу, а прерванное мне всегда было трудно оканчивать. Вот приеду домой, начну сначала и вышлю, будьте покойны!» (письмо от 19 октября).
В письмах Чехова по возвращении в Ялту нет прямых упоминаний о продолжении работы над «Архиереем». Но 12 ноября, в ответ на просьбу Книппер прислать Вл. И. Немировичу-Данченко новый рассказ для исполнения в благотворительном концерте, Чехов писал: «Я бы с большим удовольствием прислал Немировичу рассказ, но ведь <…> то, что я сейчас пишу, едва ли цензурно, т. е. едва ли допустимо для публичного чтения». Слова о нецензурности того, что писал Чехов, есть основания отнести именно к «Архиерею»: усилившаяся в это время цензура могла быть особенно подозрительной к произведениям, в которых изображались представители духовенства. К этому же времени относятся встречи Чехова с М. Горьким, после которых Горький сообщал: «А. П. Чехов пишет какую-то большую вещь и говорит мне: „Чувствую, что теперь нужно писать не так, не о том, а как-то иначе, о чем-то другом, для кого-то другого, строгого и честного“» (письмо к В. А. Поссе, написанное после 14 ноября 1901 г. — Горький, т. 28, стр. 199).