С 7 декабря 1901 г. вновь наступил перерыв, вызванный новым обострением болезни. 17 декабря Чехов сообщал Миролюбову: «…я нездоров, или не совсем здоров — этак вернее, и писать не могу. У меня было кровохарканье, теперь слабость и злость, сижу с согревающим компрессом на боку, принимаю креозот и всякую чепуху. Как бы ни было, с „Архиереем“ не надую Вас, пришлю рано или поздно».
И только не раньше 20-х чисел января 1902 г. Чехов смог снова взяться за работу над рассказом. 20 февраля 1902 г. он извещал Миролюбова: «…простите, что так долго тянул сию музыку. Рассказ давно кончил, но переписывать его было трудновато; всё нездоровится <…> Корректуру мне непременно пришлите. Я прибавлю еще фразочки две-три в конце. Цензуре не уступаю ни одного слова, имейте сие в виду. Если цензура вы бросит хоть слово, то рассказ возвратите мне, а я пришлю Вам другой в мае».
Таким образом, можно выделить по крайней мере семь отрезков времени, на которые приходится писание Чеховым рассказа «Архиерей»: конец декабря 1899 г. — первая половина января 1900 г. в Ялте; середина ноября 1900 г. в Москве; конец декабря 1900 г. — январь 1901 г. в Ницце; конец февраля — апрель 1901 г. в Ялте; конец августа — первая половина сентября в Ялте; конец октября — начало декабря 1901 г. в Ялте; конец января — первая половина февраля 1902 г. в Ялте.
Ни одно прозаическое произведение не создавалось Чеховым так долго, с таким количеством перерывов. Рассказ рождался в упорной борьбе с прогрессировавшей тяжелейшей болезнью, с неблагоприятными условиями для работы, в решении всё усложнявшихся творческих задач.
8 марта 1902 г. Чехов писал Миролюбову: «…сегодня я получил корректуру и сегодня же хотел прочитать и отправить, но, во-1), Ваш корректор все точки превратил в восклицательные знаки и наставил кавычки там, где им не надлежит быть („Синтаксис“), и, во-2), много пропусков, приходится вставлять: (наприм., „Демьян-Змеевидец“). И хочется кое-что вставить — это помимо всего прочего. Стало быть, корректуру получите на другой день после этого письма или в тот же день, если успею кончить к вечеру, к 7 час. Простите, мои милый, я еще раз прошу: если цензура зачеркнет хоть одно слово, то не печатайте. Я пришлю другой рассказ. И так уж для цензуры я много выкинул и сокращал, когда писал. Помните сию мою просьбу, прошу Вас». В тот же день он писал Книппер: «Получил от Миролюбова корректуру своего рассказа и теперь хлопочу, чтобы сей рассказ не печатался, так как цензура сильно его попортила».
Из письма к Миролюбову видно, что Чехов получил текст корректуры, еще не прошедший журнальную цензуру. Говоря Книппер о том, что цензура «сильно попортила» рассказ, Чехов скорее всего имел в виду, что сам он «для цензуры <…> много выкинул и сокращал, когда писал». В годы, когда Чехов работал над «Архиереем», постоянно усиливался цензурный гнет. Об этом, в частности, регулярно сообщал в своих письмах Миролюбов. 17 октября 1900 г.: «Тяжело живется литературе: всё строже и строже становится цензура, из статьи вычеркивают 1/4, о рабочих не дают слова сказать даже и безобидного. <…> Циркуляры так и сыплются. Только что получен с воспрещением писать о миссионерском съезде…» (ГБЛ). Чехов, опасаясь цензурного вмешательства в окончательный текст рассказа, был вынужден пойти на неизвестные нам сокращения.
Делались попытки угадать эти утраченные сокращения. Было высказано предположение, что главному герою — архиерею — должен был противостоять в рассказе представитель атеистической интеллигенции (см. W. Düwel. Anton Tschechow. Dichter der Morgendämmerung. Halle, 1960, S. 132, 133). Действительно, в замысле рассказа планировался «разговор архиерея с матерью про племянника: а Степан в б<ога> верует?», — в тексте же рассказа такой вопрос не задается. В этом несостоявшемся разговоре, по мнению В. Дювеля, должна была содержаться основная антирелигиозная идея чеховского рассказа, а с дважды упоминаемым Николашей, который «не захотел по духовной части, пошел в университет в доктора», должно было быть связано идейное зерно рассказа.
Подобная реконструкция замысла рассказа вызывает возражения. О Николаше, который «мертвецов режет», известно лишь, что он «ничего, добрый. Только водку пьет шибко». Вряд ли Чехов позволил дать такую характеристику этому персонажу для того, чтобы рассказ пропустила цензура, и опубликовал рассказ, из которого было бы вырвано главное, решающее для понимания звено.