С .возникновением новых трений между цусимскими японцами и корейскими властями все японцы в 1541 году были изгнаны из Чепхо, и в дальнейшем японскую торговлю ограничили Пусаном. Недовольные этим, японские купцы и даймё усилили пиратские действия. Последовал новый разрыв отношений. Заключенный в 1546 году договор еще более сократил объем торговых связей (число прибывающих кораблей ограничили до 25) и предусматривал строгие наказания за нарушение правил торговли.
Однако ограничение торговых и других связей без обеспечения решительного военного перевеса не могло предотвратить поползновений японских пиратов. После безуспешных попыток заставить Корею расширить объем торговли японцы в 1555 году предприняли крупную (на 60 с лишним кораблях) пиратскую экспедицию в Чолла, где захватили ряд приморских крепостей. При попытке занять окружной центр Енам основные силы пиратов были разгромлены войсками чонджуского градоначальника Ли Юнгёна. Остатки разгромленых пиратов затем были уничтожены на острове Чеджужо. В их разгроме большую роль сыграли горожане, активно поднявшиеся против пиратов.
Цусимский князь вынужден был представить корейскому правительству головы пиратских предводителей и вновь просить увеличить количество допускаемых в Корею торговых судов. Тогда оно разрешило японцам присылать до 50 кораблей в год.
Для укрепления обороны страны в это время было учреждено Пибёнса (Ведомство окраинных земель), занимавшееся изучением политического и военного положения на границах.
Однако слабеющее Корейское государство не смогло принять действенных мер для укрепления обороны страны. Усиление политической борьбы за центральную власть и невнимание к обороне за время длительного мира подорвали систему централизованной организации вооруженных сил, которая возникла в начальный период правления династии Ли.
В то же время все силы и интересы правительственных кругов приковала борьба «партий» за выгодные государственные посты и большую долю в дележе централизованных государственных доходов все время уменьшавшихся с ростом крупного частного землевладения. В укреплении вооруженных сил борющиеся партии видели опасность для своего продвижения к власти.
Страна оказалась не подготовленной к отражению небывалого по масштабам японского нашествия.
С 13 числа четвертого месяца 1592 года в Пусане стали высаживаться японские захватнические войска численностью в 160—170 тысяч человек. Так началась долгая война против японских захватчиков.
Вторгшемуся врагу сразу же оказали упорное сопротивление пограничные войска и население под командованием окружного военачальника (чхомса) Чон Баля в крепости Пусан и под руководством начальника округа (пуса) Сон Санхёна в крепости Тонна, а в районах Сачжу и Чхунчжу развернулась борьба армии и народа под командованием прибывших из столицы главного военного инспектора (сунпёнса) Ли Ира и начальника управления военной инспекции (тосунпёнса) Син Иба.
Однако уже через 20 дней после высадки в Пусане враг занял Сеул, откуда отдельные части японских войск двинулись в глубь страны. Преодолев сопротивление корейских войск, японские захватчики заняли на северо-западе ряд уездов провинции Хванхэдо вплоть до Пхеньяна, на северо-востоке уезды провинции Канвондо и на севере достигли крайних пределов провинции Хамгёндо; на юге захватили многие округа провинции Кёнгидо, Чхунчхондо, Кёнсандо.
Повсюду захватчики совершали убийства, поджоги и грабежи.
В течение первых месяцев войны стратегическое преимущество было на стороне японских войск. Это объяснялось тем, что в то время, как японцы готовили молниеносное нападение, долго и тщательно готовили свои войска, вооружение и провиант, Корея уже давно не располагала ни в центре, ни на местах войсками, способными противостоять натиску захватчиков.
Обязательная воинская повинность почти повсюду была заменена военным налогом (кунпхо). Ни в центре, ни на местах не было запасов военного снаряжения и провианта.
Правящие круги, всецело поглощенные в тот период междоусобной борьбой, в течение долгого времени не могли выработать единого общегосударственного плана мероприятий: накануне войны — плана начала военных действий — плана обороны страны.