Третье путешествие Компании, начавшееся в марте 1607 года, известно как одно из самых прибыльных; оно принесло подписчикам 234 % на пай. Так, например, самое маленькое судно из трех находившихся под командованием «адмирала» экспедиции Вильяма Килинга — «Консент» (150 тонн, капитан Дэвид Мидлтон) закупило на острове Амбоина гвоздику на сумму 2.948 ф. ст. 15 шил., при продаже в Англии было получено 36.287 ф. ст.
С третьим путешествием связана первая попытка английской Ост-Индской компании получить привилегии в Империи Великих Моголов. Капитану «Гектора» Вильяму Гаукинсу (Хокинзу) было поручено дсюиться при дворе падишаха разрешения на свободный доступ английских кораблей в Сурат, беспрепятственную торговлю там и права создать факторию.
Несмотря на хороший прием, оказанный Гаукинсу в Агре, куда он прибыл в апреле 1609 года, его миссия не увенчалась успехом из-за противодействия гуджаратского купечества и ряда влиятельных государственных чиновников, справедливо видевших в англичанах конкурентов и всевозможных виновников обострения отношений с португальцами, которые играли большую роль в торговле на Индийском океане.
Позиция гуджаратских купцов объясняется следующим. Индийские ремесленники-ткачи обеспечивали хлопчатобумажными тканями, по словам французского путешественника Ф. Пирара, все население «от мысла Доброй Надежды и до Китая». Торговлю же этими тканями осуществляли, главным образом, купцы из Гуджарата; их суда плавали в Сиам и Малакку, на Яву и Сулавеси, на Сумарту и Молукки, в Красное море и Персидский залив. Основные торговые пути связывали порты Гуджарата с портами Красного моря, с Ормузом и Аче, где индийские ткани находили наиболее широкий сбыт.
Купцы Ост-Индской компании уже после первых плаваний поняли, что выгоднее заниматься посреднической торговлей, скупая ткани в Индии, продавая их на островах Архипелага, а уж затем приобретая пряности для европейского рынка. Это посредничество англичан и вызвало протест и беспокойство гуджаратских торговцев.
После того, как «Гектор» ушел в Сурат, Килинг с двумя кораблями продолжал путь к Бантаму. Затем «Дрэгон» (капитан В. Килинг) и «Консент» (капитан Д. Мидлтон) торговали в разное время на Мо-лукках и островах Банда, где англичане убедились в значительном усилении влияния голландцев. Корабль Мидлтона вернулся в Англию в декабре 1608 года отправился из Сурата на юг. В результате все корабли Килинга прибыли домой в разное время.
За это время успело кончиться гибелью обоих кораблей четвертое плавание, а в 1609 году Дэвид Мидлтон возглавил пятое плавание на одном судне «Экспедишн» (к Яве и островам Банда). В 1610 году по прибытии на Банданейру английский капитан «получил приказ» от голландского губернатора: удалиться.
Обе стороны были на грани вооруженного столкновения, но Мидлтон сумел получить большой груз на другом острове и даже оставить там двух агентов для дальнейших закупок. Так как третье и пятое путешествия финансировались вместе, а содержимое трюма «Экспедишн» не обмануло ожидания директоров Компании, прибыль пятой попытки английских ост-индских предпринимателей составила тоже 234 %. Плавания 1607 и 1609 годов были самыми прибыльными из ранних предприятий Компании.
Первые успехи английской Ост-Индской компании побудили некоторых купцов и кораблевладельцев сделать попытки торговать в бассейне Индийского океана в обход монопольных прав Компании, в документах которой эти люди назывались «частными торговцами». Яков I, нуждавшийся в пополнении своей казны, также пошел на нарушение хартии, данной Компании 31 декабря 1600 года.
Беспокойство их усилилось в связи с фактами обострения отношения с голландцами в ост-индской торговле — Компания почувствовала, что ей не хватает постоянной и твердой поддержки своего правительства, чем пользовалась ее голландская соперница. Первая неудачная попытка утвердиться в Индии тоже наводила на мысль о необходимости чувствовать себя тверже в Индийском океане. Все это и вызвало обращение Ост-Индской компании к королю с просьбой о возобновлении хартии (хотя пятнадцать лет еще не прошло).
Хартия Якова I была получена 31 мая 1609 года. В ней повторялась хартия Елизаветы I, но вместо ограничения монопольных прав Компании пятнадцатью годами ей было дано право, полное и исключительное, на торговлю с «Ост-Индиями» навсегда. Всем иным лицам запрещалось торговать в пределах районов деятельности Компании, кроме как по лицензии, полученной от самой Компании и за ее печатью. Компания могла быть лишена своих привилегий, если ее торговля будет признана невыгодной для королевства, о чем руководство Компании должно быть предупреждено за 3 года.