Проникновение новаторских идей Декарта в нидерландские университеты навлекло на него ожесточенные преследования протестанских богословов. Поэтому в 1649 году он принял приглашение шведской королевы Христины и переселился в Стокгольм, где вскоре умер.
Вопросы физики и космологии, так же как и вопросы математики Декарт разрабатывал не только как философ, но и как крупнейший ученый. В математике Декарт — один из творцов аналитической геометрии, в которой он уже владел новым в математике понятием о функции. Он разработал аналитический способ выражения геометрических объектов и их отношений посредством уравнений алгебры. От Декарта также ведет начало система алгебраических обозначений, перешедшая с небольшими изменениями в наше время. Декарт открыл путь к признанию отрицательных корней и к оперированию ими^
В механике Декарт указал на относительность движения и покоя, сформулировал общий закон действия и противодействия, а также закон сохранения количества движения при ударе двух неупругих тел.
В оптике обосновал (независимо от Снеллиуса) закон постоянного отношения синусов при преломлении света. Он развил материалистическую теорию радугами разгадал причину ее возникновения. Новаторской была разработанная Декартом космогония, в основе которой лежала идея естественного развития Солнечной системы, обусловленного свойствами материи и движением ее разнородных частиц.
Основной формой движения космической материи Декарт считал вихревое движение ее частиц.
Космогония и физика Декарта завершаются дуалистическим учением о человеке, по Декарту, человек есть реальная связь бездушного и безжизненного телесного механизма с мыслящей душой. Взаимодействие между телом и душой совершается, по предположению Декарта, посредством особого органа — шишковидной железы. По Декарту, тело человека (так же, как и тело животных) есть не что иное, как сложный механизм, созданный из материальных элементов и способный, в силу механического воздействия на него окружающих предметов, совершать сложные движения.
Не ограничиваясь усвоением передовых физиологических теорий своего времени (теория кровообращения Гарвея), Декарт вел самостоятельные исследования в области физиологии, в результате которых установил схему двигательных реакций, представляющих одно из первых научных описаний рефлекторного акта. Декарт предложил также материалистическое объяснение явлений памяти и смерти.
Материалистическая физиология Декарта выступала в противоречивом сочетании с учением о немате-риальности человеческой души. По Декарту, сам Бог соединил душу с телом, отличив тем самым человека от животных. Наличие сознания у животных Декарт отрицал. Будучи автоматами, лишенными души, животные не могут, по Декарту думать. В психологии Декарт, в отличие от своих предшественников, стремился объяснять движения и волнения души не как моралист, а как физик. К автоматическим движениям тела, общим для всех живых существ, у человека присоединяется сознательная жизнь души. Из всех психических функций Декарт на первое место выдвигал волю. Главное действие аффектов, или страстей, состоит по Декарту, в том, что они располагают душу к желанию тех вещей, к каким подготовлено тело.
В кругу вопросов философии, которые разрабатывал Декарт, первостепенное значение имели вопросы о задаче и о методе познания. Вместе с Фрэнсисом Бэконом Декарт видел конечную задачу знания в господстве человека над силами природы, в открытии и изобретении технических средств, в познании причин и действий, в усовершенствовании самой природы человека.
Декарт искал безусловно достоверный исходный тезис для всего знания и метод, посредством которого возможно, опираясь на этот тезис, построить столь же достоверно здание всей науки. Ни одного тезиса, ни этого метода он не нашел в схоластике. Поэтому исходный пункт философских рассуждений Декарта — сомнение в истинности общепризнанного знания, охватывающее все виды знания.
Для доказательства реального существования мира, считал Декарт, необходимо предварительно доказать существование Бога.
Если Бог существует, то этим, по Декарту, исключается возможность того, чтобы он нас обманывал. Поэтому существование объективного мира также достоверно. Заблуждение же возникает в силу способности моего свободного решения или воли. Это решение воли выражается в акте сужденйя. Что касаётся истины, то ее возможность обусловлена, по Декарту, существованием врожденных идей.
В учении о познании Декарт был родоначальником рационализма, который сложился в результате наблюдений над логическим характером математического знания. Его истины он считал совершенно достоверными, обладающими всеобщностью и необходимостью, вытекающей из природы самого интеллекта.