Остяки не поднимались, и на юге русские ратные люди, солдаты и рейтары, били башкирцев и товарищей их везде, где только могли встретить; но преследовать разбитых и не давать им снова собираться было невозможно по малочисленности русских отрядов и по обширности пространств. В конце 1663 года башкирцы Уфимского уезда, ногайской и казанской дорог и ицких (по реке Ику) волостей прислали сказать уфимскому воеводе князю Волконскому, что они хотят быть по-прежнему под рукою великого государя в вечном холопстве, только чтобы аманатов их перевели из Казани на Уфу и чтобы воевода прислал к ним какого-нибудь уфимца обнадежить их милостию великого государя. Волконский обнадежил их, что великий государь, милостивый нежелатель кровей их, вины виноватых милостию награждает, если они бьют челом чистыми душами, без всякого лукавства. По этому обнадеживанию башкирцы прислали в Москву выборных, которые в приказе Казанского дворца перед боярином князем Юрием Алексеевичем Долгоруким и перед дьяками дали шерть на коране – от калмыков и ногайцев отстать, возвратиться тою же зимою в Уфимский уезд на прежние свои жилища, служить великому государю верою и правдою и отдать всех пленников и все пограбленное. По принесении шерти башкирские выборные видели великого государя очи, «аки пресветлое солнце», и получили жалованную грамоту на двух листах, русским и татарским письмом. Уфимский воевода от себя писал башкирцам, что вперед им от уфимцев, служилых и торговых людей, никаких обид не будет и подвод лишних, кроме государевых дел, никто с них не возьмет и в вотчинах их никто ничем владеть не станет.
Волконский писал уфимским башкирцам, чтобы они уговаривали к покорности и башкирцев сибирской и осинской дорог. Но эти уговоры, если они были, не подействовали. В июле 1664 года башкирцы явились под Невьянским острогом (на реке Нейве, впадающей в Туру), сожгли монастырь и соседние деревни. За разбойниками погнались рейтары и солдаты, но за полднище пути от Уфы-реки успели настичь только ничтожный отряд в 20 человек, а большое башкирское войско, послыша за собою ратных людей, разбежалось за Камень (Уральские горы), по лесам и по болотам врознь на переменных конях налегке, а солдатам и рейтарам гоняться за ними было нельзя, потому что лошади их устали и от прежней гоньбы. В следующем году в тех же местах, на притоках реки Туры, явились воровские татары. Но и эти разбойники, как скоро увидали за собою погоню солдат и рейтар, «отопились болотами и речками топкими и ушли, побросав все свое платье, седла, котлы и топоры». Далее на восток большой опасности подвергался украинный город Кузнецк, отрезываемый с северо-запада от русских поселений непокорными телеутами, или белыми калмыками. В 1636 году он выдержал осаду от телеутов, соединившихся с калмыками. Не брала сила – действовали хитростию: так, однажды телеуты пришли под Кузнецк и предложили его жителям обычный торг за городом; те, ничего не подозревая, вышли на торговище и были перебиты. Телеутские князьки присягали великому государю, присылали ясак и потом опять восставали, опустошая Кузнецкий уезд вместе с калмыками и так называемыми саянскими татарами. Красноярск еще более терпел от киргизов, чем Кузнецк от телеутов, так что жители не смели показаться за город и просили в Москве, если им не пришлют большего числа ратных людей, то пусть позволят покинуть несчастный город. Все инородцы, жившие около Красноярска и платившие дань, или разбегались, не вынося положения между двумя огнями, или возмущались и били русских людей. Наконец, в последние годы царствования Михаила Феодоровича правительство приняло сильные меры, собраны были служилые люди из разных сибирских городов, и киргизы были сдержаны. Теснимые в свою очередь русскими, требовавшими покорности, дани, киргизы обратились за помощию к калмыкам и монголам. Монгольский хан, или, как его обыкновенно тогда называли, Алтын-хан, дал шерть на подданство царю Михаилу, но для того только, чтобы выманивать богатые подарки; теперь он не прочь был от подания помощи киргизам, но небескорыстно; он хотел также покорить киргизов себе. Киргизы и другие ясачные инородцы – тубинцы, алтырцы, керельцы, населявшие Красноярский уезд, – стали между двух огней. В 1652 году Алтын-хан нагрянул на них, требуя послушания и ясака. Красноярский воевода послал к нему с угрозою, что идут на него государевы ратные люди из четырех городов с огненным боем. Хан испугался и ушел, не отказываясь, однако, от своих требований относительно инородцев. Но как скоро монголы стали убираться в свои кочевья, к инородцам явились посланцы красноярского воеводы с требованием, чтобы стояли крепко и неподвижно на своей правде, к Алтыну-царю не отъезжали.