Киргизы, тубинцы и все иноземцы вспомнили свою шерть, к Алтыну-царю не поехали; но русские при этом случае с ужасом приметили у них тридцать русских винтовок, пятнадцать пищалей калмыцких, также много пороху и свинцу. На вопрос, откуда они это взяли, инородцы отвечали: «Привозят к нам из Томска всякие люди и меняют на товары». Что всего хуже, посланцы заметили, что инородцы стреляют в цель и убивают не хуже русских людей. «Вперед, – писал красноярский воевода томскому, – от киргизов, тубинцев, алтырцев и керельцев добра ждать нечего, потому что они Алтына-царя боятся и слушают; они говорили моим посланцам: с тех нор как мы на своих землях зачались, ни один монгольский царь, ни царевич, ни монгольские, ни калмыцкие тайши войною не бывали и воинских людей не посылали; а теперь Алтын-царь на нашу землю приходил с 5000 человек! И если вперед Алтын-царь или сын его на нас будут приходить, то нам никак в правде своей не устоять, потому что Алтын-царь живет от нас за Саянским камнем (горами) только днищах в десяти пути. И если, – продолжает воевода, – Алтын-царь или сын его с большим войском придет на государевы украйны, то мне не только нельзя послать из Красноярска на выручку государевых иноземцев, но и Красноярского острога уберечь некем, потому что у меня служилых людей только 350 человек, и из тех посылают по развым острожкам на годовые службы за хлебными запасами, в Москву за государевою казною, в ясачные земли для сбору ясака, по вестям в проезжие станицы и на отъезжие караулы, всего посылается с триста человек и больше, в Красноярске остается во все лето только человек 50 и меньше, и у тех оружия нет и у половины, а в государевой казне нет ни одной пищали. От подгородных татар, качинцев, арынцев и ястынцев, которые кочуют под Красноярским, добра ждать нечего, потому что они киргизам и тубинцам в роду и в племени, сами у них женятся и дочерей своих за них выдают и мысль у них с ними одна».
Опасения красноярского воеводы не сбылись, но зато в 1657 году пришла очередь томскому трепетать пред кочевниками. Сын Алтын-хана с 4000 войска напал нечаянно на киргизов, разбил их и заставил покориться себе, после чего царевич направился прямо на татар Томского уезда. Монгольский царевич поступал по примеру предков своих, завоевателей XIII века, всех молодых людей из киргизов и татар набирал в свое войско, которое оттого скоро удвоилось. Он уже заключил договор и с телеутским князьком, чтобы в одно время напасть на Томск, но весть о смерти старика отца заставила царевича возвратиться в свои степи. После того десять лет было мирно: воровал только изменник-киргизский князец Ереняк, но в 1667 году Красноярск должен был выдержать осаду от калмыцкого тайши Сенги, соединившегося с Ереняком. В калмыцкие улусы отправился из Томска сын боярский спросить тайшу: «Ты ли, Сенга-тайша, своих людей посылал, или они сами собою ходили под Красноярск?» Ответа не было, тайша про здоровье великого государя не спрашивал и царское жалованье, сукна и камки, принял не по достоинству, не честно. Ереняк не переставал рассылать по ясачным волостям стрелы с угрозами, что придет опять войною вместе с калмыками, если ясачные не будут платить своего ясака тайше Сенге. Калмыкам удалось утвердить свою власть над телеутами, но некоторые из последних отъехали в Томск. Сенга требовал их выдачи и очень сердился, когда этого требования не исполняли; он говорил посланцу томского воеводы: «Я у великих государей прошу своих людей, белых калмыков, по многие годы, и великие государи меня не жалуют, моих людей мне не отдают; и если вперед не отдадут, то из Томска ко мне послов не посылали бы, Томск я буду воевать». Томск, Енисейск, Красноярск, Кузнецк были в постоянной тревоге, потому что кроме калмыков и киргизов поднялись тубинцы, алтырцы и особенно телеуты, не дававшие покою Кузнецку. Наконец, в 1674 году томский воевода князь Данила Борятинский получил указ соединить силы четырех городов и смирить войною изменников. Начали с телеутов – «и на всех боях государевых изменников побито было много».