Но в то время как Лазарь Баранович принял на себя посредничество между козаками и великим государем, что делал другой архиерей, бывший до сих пор на первом плане, Мефодий, блюститель митрополии Киевской? Он так же обманулся в своих расчетах, как и сват его, Брюховецкий, гибель которого неминуемо влекла за собою и беду Мефодию: ибо если Дорошенко не мог терпеть подле себя Брюховецкого, то Иосиф Тукальский не мог терпеть Мефодия. Сперва держали его за караулом в разных местах на восточном берегу, потом перевезли за Днепр и посадили в Чигиринском монастыре. Сюда прислал к нему Тукальский отобрать архиерейскую мантию. «Недостоин ты быть в епископах, потому что принял рукоположение от московского митрополита», – велел сказать ему Иосиф. Из Чигирина перевезли его в Уманьский монастырь, но здесь он напоил караульных монахов и ушел в Киев. По приезде в этот город первым его делом было обвинить перед боярином Шереметевым киевских архимандритов и игуменов в сношениях с Дорошенком, Тукальским и Брюховецким: архимандрит печерский Иннокентий Гизель отвечал на допрос, что Брюховецкий присылал за ним для того, чтобы он помирил его с Мефодием, приезда которого гетман опасался: оправдывая себя, Гизель рассказал, как Мефодий в Нежине бесчестил вельмож и архиереев московских: на обвинение в сношениях с Дорошенком Гизель отвечал, что действительно писал к чигиринскому гетману, просил запретить козакам грабить маетности Печерского монастыря, о том же писал и к Тукальскому. Николопустынский игумен Алексей Тур оперся на то в своем ответе, что Мефодьевы обвинения голословные, ничем подтвердить их нельзя; игумены – михайловский Феодосий Сафонович, кирилловский Мелетий Дзик, Братского монастыря Варлаам Ясинский, Выдубицкого Феодосий Углицкий, Межигорского Иван Станиславский – подали сказки, что они сносились с Чигирином с ведома боярина Шереметева, все в один голос объявили, что, пока Мефодий был в Москве, все было тихо, а как он приехал в Малороссию и породнился с Брюховецким, то и начались бунты. С теми же речами приходили к Шереметеву и мещане киевские; Дорошенко также прислал обвинительную грамоту на Мефодия, прислал письмо, которое тот писал к Брюховецкому, восстановляя его против Москвы.
Положение Мефодия было незавидное: он совсем растерялся, не знал что делать, к кому обратиться? У Шереметева подслуживался доносом на своих; а к Феодосию Сафоновичу писал, что он поссорился с Шереметевым из-за общей пользы, для целости отчизны, церкви божией и вольности народной. Шереметев признал за лучшее отправить Мефодия в Москву, а то, пожалуй, он и в Киеве какие-нибудь бунты заведет. Голова московских стрельцов Иван Мещеринов повез Мефодия Днепром до Лоева, отсюда сухим путем в Старый Быхов. В этом городе пришел к нему комендант Юдицкий и спрашивал, на какие места он поедет и кого это он с собою везет? Когда Мещеринов объявил ему, что везет Мефодия, то Юдицкий начал: «Служа обоим великим государям, не могу тебя не остеречь: на Могилев не езди, там мужики своевольные, взбунтуются и епископа у тебя отобьют, они такие же своевольцы, как и запорожские козаки; за день до твоего приезда пригнали сюда два монаха, сказали, что из Киева, из Печерского монастыря, и в тот же час погнали в Могилев, а там, я знаю подлинно, они мужиков взбунтовали; ступай лучше на Чаусы да на Смоленск». Мещеринов послушался и поехал на Чаусы. В этом городе Мефодий начал бранить сотника. «Бог до вас добр, – говорил он, – что вы на Могилев не поехали: увидали бы, что бы там над вами сделалось!» В Москве на все обвинения епископ отвечал одно, что он об измене Ивашки Брюховецкого не ведал до тех пор, как государевы люди были побиты в Гадяче. Его оставили в московском Новоспасском монастыре под стражею; здесь он и умер.